More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2145 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2145  sensor histidine kinase  100 
 
 		 311 aa  638    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  35.71 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 392 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  35 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  36.1 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  35.35 
 
 		 371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  34.87 
 
 		 1780 aa  166  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 553 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 537 aa  165  8e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.559504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  35 
 
 		 497 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  33.99 
 
 		 505 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  35.47 
 
 		 681 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 467 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 		 680 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 		 1021 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  34.34 
 
 		 433 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  34.09 
 
 		 708 aa  162  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  34 
 
 		 439 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  32.65 
 
 		 724 aa  162  8.000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 440 aa  162  9e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 		 678 aa  161  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 557 aa  161  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  32.47 
 
 		 524 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 1465 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  33.11 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 		 389 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.07 
 
 		 1795 aa  159  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  33.22 
 
 		 408 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  33.22 
 
 		 408 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 		 699 aa  159  8e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  34.13 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 		 480 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  34.13 
 
 		 389 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  34.13 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  34.13 
 
 		 389 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  34.13 
 
 		 389 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  34.13 
 
 		 389 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 		 919 aa  158  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  31.92 
 
 		 449 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 		 641 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  31.77 
 
 		 1808 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 467 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 		 470 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  32.04 
 
 		 468 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 		 611 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 		 611 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  31.8 
 
 		 785 aa  154  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 		 468 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  33.65 
 
 		 1901 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 594 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  33.11 
 
 		 1850 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0765  histidine kinase  33.33 
 
 		 601 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 		 688 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  33 
 
 		 726 aa  153  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0024  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 390 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.114696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.49 
 
 		 1072 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  32.9 
 
 		 445 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  33 
 
 		 730 aa  152  8e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  29.85 
 
 		 627 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  29.85 
 
 		 627 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  30.45 
 
 		 627 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.85 
 
 		 627 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  29.85 
 
 		 627 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  29.85 
 
 		 627 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  32.08 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  29.85 
 
 		 627 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  33.78 
 
 		 598 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 		 1146 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  31.77 
 
 		 611 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 589 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 		 594 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 		 494 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 		 683 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 		 566 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  32.88 
 
 		 457 aa  150  4e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 928 aa  149  7e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  31.67 
 
 		 715 aa  149  8e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0967  sensor histidine kinase  33.22 
 
 		 401 aa  148  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 443 aa  149  9e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 602 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 		 407 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 437 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0861  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 		 384 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.339041  normal  0.260174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  31.72 
 
 		 406 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 431 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  30.13 
 
 		 626 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  32.13 
 
 		 1187 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 		 715 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 675 aa  146  4.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 		 713 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  32.45 
 
 		 429 aa  145  9e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3946  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  30.58 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 679 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 		 785 aa  145  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 		 439 aa  143  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2176  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 		 551 aa  143  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0344  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 459 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337335  normal  0.899671 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  32.43 
 
 		 1797 aa  142  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 		 1123 aa  142  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>