212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4623 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4623  nitrite reductase, copper-containing  100 
 
 		 370 aa  764    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3727  nitrite reductase, copper-containing  80.81 
 
 		 369 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6826  copper-containing nitrite reductase (NO-forming) nirK  79.46 
 
 		 364 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2243  nitrite reductase, copper-containing  72.8 
 
 		 367 aa  568  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4273  nitrite reductase, copper-containing  71.51 
 
 		 366 aa  524  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6278  nitrite reductase, copper-containing  67.39 
 
 		 376 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  0.19336 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0236  nitrite reductase, copper-containing  70.15 
 
 		 376 aa  512  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4379  nitrite reductase, copper-containing  72.11 
 
 		 376 aa  495  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0260  copper-containing nitrite reductase  70.15 
 
 		 376 aa  489  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1595  nitrite reductase, copper-containing  70.11 
 
 		 374 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3335  nitrite reductase, copper-containing  62.53 
 
 		 392 aa  474  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3482  nitrite reductase, copper containing  62.26 
 
 		 391 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2681  nitrite reductase (NO-forming)  59.38 
 
 		 393 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0089  nitrite reductase (NO-forming)  61.99 
 
 		 372 aa  430  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1208  nitrite reductase, copper-containing  36.25 
 
 		 355 aa  170  4e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.400053  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1009  nitrite reductase, copper-containing  33.33 
 
 		 350 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  33.04 
 
 		 534 aa  159  5e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  36.92 
 
 		 520 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  36.92 
 
 		 516 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  35.47 
 
 		 481 aa  159  8e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  36.92 
 
 		 520 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  36.92 
 
 		 520 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  36.92 
 
 		 520 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  36.92 
 
 		 520 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  36.92 
 
 		 520 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  35.39 
 
 		 510 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  37.38 
 
 		 516 aa  156  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  35.9 
 
 		 499 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  35.9 
 
 		 499 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  32.01 
 
 		 479 aa  152  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3087  nitrite reductase, copper-containing  34.12 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1796  nitrite reductase, copper-containing  36.92 
 
 		 348 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00424702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1326  nitrite reductase, copper-containing  33.33 
 
 		 466 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.852268  normal  0.995257 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1016  nitrite reductase, copper-containing  31.96 
 
 		 364 aa  143  5e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.552057 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0035  nitrite reductase, copper-containing  32.47 
 
 		 362 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.208873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1998  nitrite reductase (NO-forming)  31.2 
 
 		 451 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1108  nitrite reductase, copper-containing  35.38 
 
 		 358 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  32.97 
 
 		 535 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1417  multicopper oxidase type 3  32.37 
 
 		 314 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  32.97 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  32.6 
 
 		 487 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2351  nitrite reductase  31.14 
 
 		 912 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.76545 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  32.23 
 
 		 487 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3489  multicopper oxidase, type 3  32.48 
 
 		 857 aa  103  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70701  normal  0.0660618 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.87 
 
 		 535 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.87 
 
 		 487 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.87 
 
 		 535 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  31.87 
 
 		 535 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2101  multicopper oxidase, type 3  32.97 
 
 		 911 aa  101  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2794  hypothetical protein  30 
 
 		 471 aa  98.2  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3281  multicopper oxidase, type 3  29.11 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.181317  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1295  nitrite reductase (NO-forming)  30.29 
 
 		 463 aa  94.4  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2648  multicopper oxidase  28.72 
 
 		 323 aa  94  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0150  Nitrite reductase (NO-forming)  30.82 
 
 		 952 aa  94  4e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.684511 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4752  Nitrite reductase (NO-forming)  28.97 
 
 		 455 aa  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1667  hypothetical protein  29.88 
 
 		 470 aa  92  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1259  hypothetical protein  28.44 
 
 		 470 aa  90.9  3e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1793  multicopper oxidase, type 3  32.11 
 
 		 307 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4252  Nitrite reductase (NO-forming)  28.85 
 
 		 878 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.622613  normal  0.180427 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1652  blue (type 1) copper domain protein  27.21 
 
 		 486 aa  86.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1019  nitrite reductase (NO-forming)  28.52 
 
 		 526 aa  84.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1768  Nitrite reductase (NO-forming)  28.67 
 
 		 876 aa  84.3  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0968219  decreased coverage  0.0045264 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0503  multicopper oxidase, type 3  29.7 
 
 		 479 aa  82.8  0.000000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.16251 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3626  multicopper oxidase, type 3  28.27 
 
 		 856 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09060  predicted multicopper oxidase  29.43 
 
 		 969 aa  80.1  0.00000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.65293  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1641  multicopper oxidase type 3  27.92 
 
 		 526 aa  77  0.0000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2511  multicopper oxidase, type 3  31.69 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00579899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0083  twin-arginine translocation pathway signal  26.51 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00000323423  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1354  multicopper oxidase type 3  27.06 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4422  multicopper oxidase, type 3  24.58 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2651  multicopper oxidase3  35.38 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3284  multicopper oxidase, type 3  35.66 
 
 		 358 aa  65.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1105  multicopper oxidase type 3  34.07 
 
 		 565 aa  64.3  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3971  multicopper oxidase type 3  32.31 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.372355 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2574  multicopper oxidase type 3  31.39 
 
 		 355 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4419  multicopper oxidase  29.41 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.768242  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1663  multicopper oxidase type 3  26.79 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1414  multicopper oxidase type 3  30.83 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.611512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2381  multicopper oxidase type 3  30.56 
 
 		 576 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0890594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3257  CopA family copper resistance protein  25.81 
 
 		 581 aa  61.2  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202502  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1790  multicopper oxidase, type 3  34.35 
 
 		 364 aa  60.1  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1571  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  31.25 
 
 		 592 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.402228  normal  0.015663 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1947  putative copper resistance transmembrane protein  28.78 
 
 		 627 aa  58.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.809096 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4869  Putative multicopper oxidase-like protein  29.08 
 
 		 592 aa  58.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778273  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0450  CopA family copper resistance protein  33.33 
 
 		 633 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1131  multicopper oxidase type 3  29.77 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.207497 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1680  multicopper oxidase type 3  31.97 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1235  CopA family copper resistance protein  32.21 
 
 		 630 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6291  multicopper oxidase type 3  24.86 
 
 		 431 aa  57  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.126651 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1091  multicopper oxidase type 3  25.09 
 
 		 460 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2204  copper-resistance protein, CopA family  30.66 
 
 		 579 aa  56.2  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4634  twin-arginine translocation pathway signal  25.34 
 
 		 462 aa  56.2  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.294072  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5671  copper resistance protein A  30.38 
 
 		 605 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.561345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2338  CopA family copper resistance protein  32.26 
 
 		 626 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3914  copper resistance protein A  34.86 
 
 		 589 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3416  CopA family copper resistance protein  28.38 
 
 		 605 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3231  copper resistance protein A precursor  30.34 
 
 		 607 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.100159  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6112  multi-Cu(II) oxidase CopA  29.17 
 
 		 614 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0215079  normal  0.483267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00250  Copper-resistance protein A precursor CopA family  30.77 
 
 		 621 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0267708  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37790  copper resistance protein A precursor  30.14 
 
 		 606 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00238596  normal  0.267032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>