188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6278 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_6278  nitrite reductase, copper-containing  100 
 
 
376 aa  771    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  0.19336 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0236  nitrite reductase, copper-containing  78.4 
 
 
376 aa  610  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4379  nitrite reductase, copper-containing  79.79 
 
 
376 aa  595  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0260  copper-containing nitrite reductase  78.13 
 
 
376 aa  585  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4623  nitrite reductase, copper-containing  67.39 
 
 
370 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2243  nitrite reductase, copper-containing  69.38 
 
 
367 aa  522  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6826  copper-containing nitrite reductase (NO-forming) nirK  72.95 
 
 
364 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4273  nitrite reductase, copper-containing  70.65 
 
 
366 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3727  nitrite reductase, copper-containing  71.08 
 
 
369 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557608  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3482  nitrite reductase, copper containing  62.2 
 
 
391 aa  471  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3335  nitrite reductase, copper-containing  58.98 
 
 
392 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2681  nitrite reductase (NO-forming)  58.36 
 
 
393 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1595  nitrite reductase, copper-containing  63.9 
 
 
374 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0089  nitrite reductase (NO-forming)  60.9 
 
 
372 aa  413  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1208  nitrite reductase, copper-containing  31.71 
 
 
355 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.400053  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  34.23 
 
 
534 aa  162  7e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  34.5 
 
 
510 aa  153  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1009  nitrite reductase, copper-containing  34.63 
 
 
350 aa  152  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  36.45 
 
 
499 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  36.45 
 
 
499 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3087  nitrite reductase, copper-containing  34.42 
 
 
352 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  34.5 
 
 
520 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  34.5 
 
 
520 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  34.5 
 
 
520 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  34.5 
 
 
520 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  34.5 
 
 
520 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  34.5 
 
 
516 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  34.5 
 
 
520 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  37.11 
 
 
516 aa  150  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1796  nitrite reductase, copper-containing  38.38 
 
 
348 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00424702  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  34.56 
 
 
481 aa  146  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1326  nitrite reductase, copper-containing  35.04 
 
 
466 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.852268  normal  0.995257 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  33.33 
 
 
479 aa  142  9e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1998  nitrite reductase (NO-forming)  33.56 
 
 
451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1016  nitrite reductase, copper-containing  29.92 
 
 
364 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.552057 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1108  nitrite reductase, copper-containing  36.43 
 
 
358 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0035  nitrite reductase, copper-containing  31.86 
 
 
362 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.208873  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3489  multicopper oxidase, type 3  34.38 
 
 
857 aa  113  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70701  normal  0.0660618 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2351  nitrite reductase  31.62 
 
 
912 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.76545 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1417  multicopper oxidase type 3  29.1 
 
 
314 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4752  Nitrite reductase (NO-forming)  29.19 
 
 
455 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1259  hypothetical protein  27.79 
 
 
470 aa  98.6  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  31.02 
 
 
535 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0150  Nitrite reductase (NO-forming)  30.86 
 
 
952 aa  95.5  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.684511 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1295  nitrite reductase (NO-forming)  29.82 
 
 
463 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  31.02 
 
 
535 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  30.66 
 
 
487 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.16 
 
 
487 aa  94.4  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3281  multicopper oxidase, type 3  29.39 
 
 
316 aa  94.4  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.181317  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1667  hypothetical protein  29.65 
 
 
470 aa  93.2  7e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1793  multicopper oxidase, type 3  31.15 
 
 
307 aa  92.8  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  29.93 
 
 
535 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  29.93 
 
 
487 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  29.93 
 
 
535 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  29.93 
 
 
535 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2794  hypothetical protein  29.07 
 
 
471 aa  90.5  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2648  multicopper oxidase  28.42 
 
 
323 aa  89  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2101  multicopper oxidase, type 3  27.04 
 
 
911 aa  88.2  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0503  multicopper oxidase, type 3  30.68 
 
 
479 aa  87.8  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.16251 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1768  Nitrite reductase (NO-forming)  28.73 
 
 
876 aa  84.3  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0968219  decreased coverage  0.0045264 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1019  nitrite reductase (NO-forming)  31.42 
 
 
526 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3626  multicopper oxidase, type 3  29.29 
 
 
856 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227058  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4252  Nitrite reductase (NO-forming)  27.08 
 
 
878 aa  79.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.622613  normal  0.180427 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09060  predicted multicopper oxidase  28.76 
 
 
969 aa  75.1  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.65293  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2381  multicopper oxidase type 3  34.75 
 
 
576 aa  71.6  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0890594  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0083  twin-arginine translocation pathway signal  29.95 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00000323423  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1652  blue (type 1) copper domain protein  26.84 
 
 
486 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373533  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1105  multicopper oxidase type 3  36.3 
 
 
565 aa  68.2  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4869  Putative multicopper oxidase-like protein  34.84 
 
 
592 aa  66.6  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778273  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2511  multicopper oxidase, type 3  30.81 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00579899  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1641  multicopper oxidase type 3  27.47 
 
 
526 aa  64.7  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1354  multicopper oxidase type 3  24.54 
 
 
444 aa  60.8  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3416  CopA family copper resistance protein  24.6 
 
 
605 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1663  multicopper oxidase type 3  29.08 
 
 
353 aa  57.8  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3284  multicopper oxidase, type 3  31.25 
 
 
358 aa  57  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2574  multicopper oxidase type 3  27.14 
 
 
355 aa  55.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2651  multicopper oxidase3  31.82 
 
 
358 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0831  twin-arginine translocation pathway signal  30.83 
 
 
331 aa  54.7  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288801  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1375  copper-resistance protein, CopA family  28.22 
 
 
621 aa  53.9  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.431573  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1324  copper-resistance protein CopA  29.93 
 
 
561 aa  53.9  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210638  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3471  multicopper oxidase type 3  29.1 
 
 
336 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.593576  normal  0.361735 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1927  multicopper oxidase type 3  29.49 
 
 
334 aa  53.5  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4419  multicopper oxidase  28.68 
 
 
376 aa  53.1  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.768242  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1091  multicopper oxidase type 3  29.3 
 
 
460 aa  52.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1790  multicopper oxidase, type 3  34.62 
 
 
364 aa  53.1  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1947  putative copper resistance transmembrane protein  25 
 
 
627 aa  52.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.809096 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3257  CopA family copper resistance protein  25.88 
 
 
581 aa  52.8  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202502  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1680  multicopper oxidase type 3  30.59 
 
 
317 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1473  multicopper oxidase type 3  24.83 
 
 
333 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.904299 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1111  multicopper oxidase type 3  33.59 
 
 
330 aa  51.6  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.471204  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1573  copper-resistance protein CopA  27.22 
 
 
664 aa  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2116  copper-resistance protein CopA  26.63 
 
 
666 aa  51.6  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2238  multicopper oxidase type 3  28.3 
 
 
505 aa  51.6  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.468125  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1447  multicopper oxidase type 3  24.5 
 
 
333 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2455  multicopper oxidase type 3  29.94 
 
 
359 aa  51.6  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0382  copper-resistance protein, CopA family  27.27 
 
 
638 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3914  copper resistance protein A  28.14 
 
 
589 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4422  multicopper oxidase, type 3  30.71 
 
 
375 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3971  multicopper oxidase type 3  31.5 
 
 
312 aa  50.8  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.372355 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1414  multicopper oxidase type 3  28.79 
 
 
360 aa  50.8  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.611512  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>