223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3482 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3482  nitrite reductase, copper containing  100 
 
 		 391 aa  813    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2681  nitrite reductase (NO-forming)  77.55 
 
 		 393 aa  642    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3335  nitrite reductase, copper-containing  78.92 
 
 		 392 aa  654    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2243  nitrite reductase, copper-containing  65.07 
 
 		 367 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4623  nitrite reductase, copper-containing  66.47 
 
 		 370 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6826  copper-containing nitrite reductase (NO-forming) nirK  65.17 
 
 		 364 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6278  nitrite reductase, copper-containing  62.2 
 
 		 376 aa  463  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  0.19336 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0236  nitrite reductase, copper-containing  65.24 
 
 		 376 aa  454  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4379  nitrite reductase, copper-containing  67.38 
 
 		 376 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3727  nitrite reductase, copper-containing  64.86 
 
 		 369 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557608  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0260  copper-containing nitrite reductase  65.55 
 
 		 376 aa  434  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0089  nitrite reductase (NO-forming)  62.84 
 
 		 372 aa  432  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4273  nitrite reductase, copper-containing  57.6 
 
 		 366 aa  422  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1595  nitrite reductase, copper-containing  58.52 
 
 		 374 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  33.68 
 
 		 510 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1208  nitrite reductase, copper-containing  31.64 
 
 		 355 aa  170  4e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.400053  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  36.73 
 
 		 516 aa  169  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  36.31 
 
 		 499 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  36.31 
 
 		 499 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  36.42 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  36.42 
 
 		 520 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  36.42 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  36.42 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  36.42 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  36.42 
 
 		 516 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  36.42 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1016  nitrite reductase, copper-containing  31.61 
 
 		 364 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.552057 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  32.34 
 
 		 534 aa  163  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  34.52 
 
 		 479 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0035  nitrite reductase, copper-containing  31.91 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.208873  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  34.89 
 
 		 481 aa  157  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1009  nitrite reductase, copper-containing  32.19 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3087  nitrite reductase, copper-containing  34.2 
 
 		 352 aa  150  5e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1796  nitrite reductase, copper-containing  36.58 
 
 		 348 aa  149  8e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00424702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1326  nitrite reductase, copper-containing  31.7 
 
 		 466 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.852268  normal  0.995257 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1998  nitrite reductase (NO-forming)  31.27 
 
 		 451 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1108  nitrite reductase, copper-containing  32.34 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3489  multicopper oxidase, type 3  30.91 
 
 		 857 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70701  normal  0.0660618 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4752  Nitrite reductase (NO-forming)  27.91 
 
 		 455 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2351  nitrite reductase  27.87 
 
 		 912 aa  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.76545 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0150  Nitrite reductase (NO-forming)  28.53 
 
 		 952 aa  100  6e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.684511 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  28.07 
 
 		 535 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2794  hypothetical protein  27.8 
 
 		 471 aa  97.1  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.8 
 
 		 487 aa  95.9  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.72 
 
 		 487 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1793  multicopper oxidase, type 3  31.43 
 
 		 307 aa  94  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  27.37 
 
 		 535 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.37 
 
 		 535 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.37 
 
 		 487 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  27.37 
 
 		 535 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  27.37 
 
 		 535 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1417  multicopper oxidase type 3  29.88 
 
 		 314 aa  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1768  Nitrite reductase (NO-forming)  29.59 
 
 		 876 aa  90.1  6e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0968219  decreased coverage  0.0045264 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3281  multicopper oxidase, type 3  27.34 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.181317  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1295  nitrite reductase (NO-forming)  26.58 
 
 		 463 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2101  multicopper oxidase, type 3  27.64 
 
 		 911 aa  88.2  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3626  multicopper oxidase, type 3  27.34 
 
 		 856 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2648  multicopper oxidase  26.22 
 
 		 323 aa  87  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1019  nitrite reductase (NO-forming)  29.62 
 
 		 526 aa  87  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4252  Nitrite reductase (NO-forming)  26.88 
 
 		 878 aa  86.3  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.622613  normal  0.180427 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1667  hypothetical protein  26.52 
 
 		 470 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1259  hypothetical protein  26.45 
 
 		 470 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0503  multicopper oxidase, type 3  26.46 
 
 		 479 aa  78.6  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.16251 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1652  blue (type 1) copper domain protein  27.95 
 
 		 486 aa  76.3  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1354  multicopper oxidase type 3  31.45 
 
 		 444 aa  70.5  0.00000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1641  multicopper oxidase type 3  25.81 
 
 		 526 aa  70.1  0.00000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2511  multicopper oxidase, type 3  27.87 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00579899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6291  multicopper oxidase type 3  26.35 
 
 		 431 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.126651 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0083  twin-arginine translocation pathway signal  30.43 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00000323423  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2381  multicopper oxidase type 3  31.47 
 
 		 576 aa  64.3  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0890594  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09060  predicted multicopper oxidase  25.26 
 
 		 969 aa  64.3  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.65293  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6070  multicopper oxidase type 3  26.57 
 
 		 431 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.947276  normal  0.0665889 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2294  multicopper oxidase  26.14 
 
 		 431 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.198018  normal  0.111548 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2040  multicopper oxidase type 3  28.91 
 
 		 431 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4026  multicopper oxidase type 3  26.47 
 
 		 432 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0144717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1680  multicopper oxidase type 3  36.27 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3912  multicopper oxidase type 3  26.47 
 
 		 432 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.48249  normal  0.887693 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1414  multicopper oxidase type 3  30.3 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.611512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1696  multicopper oxidase type 3  27.41 
 
 		 527 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2764  multicopper oxidase, type 3  26.35 
 
 		 431 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4602  multicopper oxidase type 3  24.57 
 
 		 467 aa  58.9  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.437612  normal  0.307335 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3257  CopA family copper resistance protein  31.68 
 
 		 581 aa  58.9  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202502  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0117  twin-arginine translocation pathway signal; putative copper resistance protein (copA)  27.15 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3353  multicopper oxidase type 3  25.78 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2574  multicopper oxidase type 3  33.59 
 
 		 355 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4869  Putative multicopper oxidase-like protein  29.37 
 
 		 592 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778273  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5190  multicopper oxidase, type 2; multicopper oxidase, type 3  25.78 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3284  multicopper oxidase, type 3  33.33 
 
 		 358 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1105  multicopper oxidase type 3  25.58 
 
 		 565 aa  57.4  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4102  multicopper oxidase type 3  25.42 
 
 		 431 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.356721 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4753  twin-arginine translocation pathway signal  25.42 
 
 		 431 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.209254  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3414  multicopper oxidase, type 2; multicopper oxidase, type 3  25.42 
 
 		 431 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4825  multicopper oxidase type 3  24.46 
 
 		 467 aa  57  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.355944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2651  multicopper oxidase3  35.48 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0272  copper-resistance protein, CopA family  24.57 
 
 		 656 aa  56.6  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2456  copper-resistance protein CopA  31.75 
 
 		 564 aa  56.6  0.0000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.441362  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0496  multicopper oxidase, type 3  30.77 
 
 		 467 aa  56.6  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4419  multicopper oxidase  29.03 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.768242  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1947  putative copper resistance transmembrane protein  28.26 
 
 		 627 aa  56.6  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.809096 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2204  copper-resistance protein, CopA family  28.57 
 
 		 579 aa  56.6  0.0000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>