More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4111 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4111  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 127 aa  257  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.745875  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6227  hypothetical protein  75.59 
 
 		 128 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.138993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3438  endoribonuclease L-PSP  76 
 
 		 188 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.259362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03190  lipoprotein  45.24 
 
 		 158 aa  97.8  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 128 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  45.31 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  38.1 
 
 		 125 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  42 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  38.84 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  37.07 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  38.84 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  39.05 
 
 		 129 aa  67  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 143 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 117 aa  66.2  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07040  conserved hypothetical protein  39 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  41.28 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5003  Endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  34.92 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  36.21 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  40 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1494  endoribonuclease L-PSP  39.62 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  37.93 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  38.79 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 131 aa  62  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  38.33 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3120  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 116 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  34.51 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  41.28 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  41.74 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  37.61 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 143 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  30.09 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  37.19 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2625  endoribonuclease L-PSP  38.71 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318955  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  39.52 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  39.67 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  36.13 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  37.29 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  34.43 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  36.51 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  36.51 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  37.01 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6129  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409916  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  36.04 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  31.86 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  37.36 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  35.83 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  38 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  34.45 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  35.29 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>