143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3438 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3438  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 188 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.259362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4111  Endoribonuclease L-PSP  76 
 
 		 127 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.745875  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6227  hypothetical protein  67 
 
 		 128 aa  137  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.138993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03190  lipoprotein  39.6 
 
 		 158 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 129 aa  54.3  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  37.23 
 
 		 129 aa  53.9  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 123 aa  53.9  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  39.24 
 
 		 127 aa  53.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  38.46 
 
 		 125 aa  52.8  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  40.28 
 
 		 127 aa  52.8  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 127 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 127 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  42.31 
 
 		 129 aa  52.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 127 aa  52.4  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 127 aa  52.4  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  39.76 
 
 		 135 aa  52.4  0.000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  36.26 
 
 		 129 aa  51.6  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  37.18 
 
 		 125 aa  51.6  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  39.19 
 
 		 126 aa  51.2  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 127 aa  51.2  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 127 aa  51.2  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 127 aa  51.2  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 127 aa  51.2  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  33.7 
 
 		 126 aa  51.2  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 127 aa  50.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 131 aa  50.8  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  40.28 
 
 		 127 aa  50.4  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  42.11 
 
 		 127 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  34.35 
 
 		 128 aa  50.1  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5003  Endoribonuclease L-PSP  35.05 
 
 		 123 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  40.51 
 
 		 129 aa  50.1  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  38.89 
 
 		 126 aa  50.4  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  32.67 
 
 		 140 aa  49.3  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 127 aa  49.3  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  34.69 
 
 		 125 aa  48.9  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  34.69 
 
 		 125 aa  48.9  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  38.16 
 
 		 123 aa  48.9  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0937  endoribonuclease L-PSP  37.66 
 
 		 171 aa  48.9  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  34 
 
 		 138 aa  48.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  44.44 
 
 		 128 aa  47.4  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  37.33 
 
 		 126 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  38.57 
 
 		 129 aa  47.8  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 151 aa  47.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 124 aa  47.4  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  32.89 
 
 		 131 aa  47.4  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  36.26 
 
 		 129 aa  47.4  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  36 
 
 		 126 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  42.86 
 
 		 128 aa  46.6  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  31.52 
 
 		 130 aa  46.6  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0250  endoribonuclease L-PSP  34.67 
 
 		 173 aa  47  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  31.52 
 
 		 127 aa  46.6  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1494  endoribonuclease L-PSP  35.44 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  47  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 128 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07040  conserved hypothetical protein  32.93 
 
 		 134 aa  45.8  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  41.89 
 
 		 127 aa  45.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  38.67 
 
 		 130 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  34.62 
 
 		 131 aa  45.8  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  33 
 
 		 125 aa  45.8  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  36.62 
 
 		 126 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  36.62 
 
 		 126 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2625  endoribonuclease L-PSP  34.18 
 
 		 134 aa  45.1  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318955  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  36.62 
 
 		 126 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  36.62 
 
 		 126 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  34.18 
 
 		 124 aa  44.7  0.0007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  36.62 
 
 		 126 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  34.72 
 
 		 127 aa  44.7  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  36.62 
 
 		 126 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02980  predicted L-PSP (mRNA) endoribonuclease  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0590  endoribonuclease L-PSP  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02931  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  38.46 
 
 		 124 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  30.43 
 
 		 130 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4426  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305727 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 125 aa  43.9  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  38.55 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  30.91 
 
 		 128 aa  43.9  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2416  putative endoribonuclease L-PSP  34.94 
 
 		 130 aa  44.3  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.769165 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23720  putative translation initiation inhibitor  36.05 
 
 		 125 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0143605 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 131 aa  43.9  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  32.91 
 
 		 127 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3244  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.536174  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2009  endoribonuclease  36.05 
 
 		 125 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.634719  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 136 aa  43.9  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 117 aa  44.3  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  36.27 
 
 		 128 aa  44.3  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3301  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3587  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  32.47 
 
 		 125 aa  43.9  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0585  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3409  hypothetical protein  31.43 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3120  endoribonuclease L-PSP  32.47 
 
 		 116 aa  43.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  38.57 
 
 		 128 aa  43.5  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  35.53 
 
 		 125 aa  43.5  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  35.23 
 
 		 140 aa  43.5  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 130 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  27.37 
 
 		 129 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 128 aa  43.5  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  27.59 
 
 		 129 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 127 aa  43.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>