More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6227 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6227  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  256  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.138993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4111  Endoribonuclease L-PSP  75.59 
 
 		 127 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.745875  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3438  endoribonuclease L-PSP  67 
 
 		 188 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.259362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03190  lipoprotein  48.41 
 
 		 158 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  44.53 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  42.24 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  41.38 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3120  endoribonuclease L-PSP  41.28 
 
 		 116 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  37.82 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  39.45 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07040  conserved hypothetical protein  36.64 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5003  Endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 123 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 117 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 150 aa  63.5  0.0000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  38.84 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 143 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  35.71 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  32.8 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 129 aa  62  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  36.54 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  35.85 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  34.86 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2416  putative endoribonuclease L-PSP  34.29 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.769165 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6129  endoribonuclease L-PSP  37.76 
 
 		 117 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409916  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  35.14 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  35.85 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  36.89 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1494  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  31.53 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  39.09 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  33.62 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3572  Endoribonuclease L-PSP  36.96 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.65097  normal  0.188207 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  34.4 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5010  endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1523  endoribonuclease L-PSP  31.45 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  35.35 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  33.64 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  39.17 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1674  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  36.7 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  32.67 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  31.78 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2625  endoribonuclease L-PSP  39.56 
 
 		 134 aa  57  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318955  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 125 aa  57.4  0.00000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 127 aa  57  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 126 aa  57  0.00000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 129 aa  57  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  36.08 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01013  hypothetical protein  29.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2632  Endoribonuclease L-PSP  29.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.763803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1125  rutC protein  29.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2115  rutC protein  29.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1300  YjgF-like protein  32.74 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00325157  normal  0.10412 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01020  hypothetical protein  29.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2585  endoribonuclease L-PSP  29.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0607666 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  32 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  30.33 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2931  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1128  rutC protein  29.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1473  endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>