More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2398 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2398  dihydrolipoamide dehydrogenase  100 
 
 
458 aa  912    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  hitchhiker  0.00000373105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1352  dihydrolipoamide dehydrogenase  79.91 
 
 
455 aa  734    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0145  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.38 
 
 
465 aa  344  2e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.709282  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3245  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.3 
 
 
466 aa  329  6e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0114174  hitchhiker  0.00583811 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1486  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.21 
 
 
473 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1491  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.5 
 
 
469 aa  311  2e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3487  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.75 
 
 
479 aa  305  9.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0240  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  40.3 
 
 
497 aa  296  4e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2245  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.96 
 
 
470 aa  293  3e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1629  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.18 
 
 
470 aa  294  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361871  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2075  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.93 
 
 
500 aa  291  2e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0140167  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0121  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.06 
 
 
474 aa  291  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1181  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.04 
 
 
469 aa  291  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.1714  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2433  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.8 
 
 
470 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.284173  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1254  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.32 
 
 
489 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2215  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.74 
 
 
484 aa  279  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1974  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.75 
 
 
479 aa  279  8e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4018  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.17 
 
 
474 aa  276  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0680162  normal  0.329313 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0826  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.18 
 
 
489 aa  273  5.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002318  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.54 
 
 
490 aa  269  8.999999999999999e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4888  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.15 
 
 
480 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226887  normal  0.0615049 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0135  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.31 
 
 
487 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4081  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.31 
 
 
487 aa  267  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4777  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.91 
 
 
482 aa  267  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000411672 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3889  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.31 
 
 
487 aa  267  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.523756 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00037  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.67 
 
 
490 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2712  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.14 
 
 
488 aa  266  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4451  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.94 
 
 
466 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5354  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.73 
 
 
464 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.624928 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3949  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.76 
 
 
464 aa  263  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.479691 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2524  dihydrolipoamide dehydrogenase  37 
 
 
481 aa  258  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.698329  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4080  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.97 
 
 
460 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.546306  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4561  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.44 
 
 
456 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.198826  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4448  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.33 
 
 
460 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0645  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.32 
 
 
462 aa  247  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3471  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.54 
 
 
483 aa  245  9e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.654288  normal  0.739502 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0181  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.68 
 
 
484 aa  243  6e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0774  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.85 
 
 
511 aa  240  4e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0768  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.42 
 
 
511 aa  228  1e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3724  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.98 
 
 
461 aa  229  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.859961  normal  0.138612 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1769  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.02 
 
 
515 aa  224  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0454  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.66 
 
 
470 aa  176  7e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4228  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.19 
 
 
482 aa  153  7e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5924  mercuric reductase  29.85 
 
 
461 aa  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184883  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3348  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  29.67 
 
 
473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.602817  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1805  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.12 
 
 
616 aa  147  5e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4533  mercuric reductase  30.79 
 
 
546 aa  146  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3460  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.07 
 
 
458 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0962  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.96 
 
 
462 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4668  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.18 
 
 
482 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2622  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.96 
 
 
462 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0654  mercuric reductase  30.75 
 
 
468 aa  140  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.87809e-24 
 
 
-
 
NC_003296  RS02078  mercuric reductase  27.12 
 
 
459 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3669  mercuric reductase  30.57 
 
 
459 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3185  mercuric reductase  31.24 
 
 
546 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0142  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.65 
 
 
475 aa  138  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.262371  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2086  mercuric reductase  29.6 
 
 
550 aa  138  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00764416  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0797  mercuric reductase  30.98 
 
 
767 aa  137  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1254  mercuric reductase  29.21 
 
 
546 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2023  mercuric reductase  29.21 
 
 
546 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0936  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  26.91 
 
 
475 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2683  mercuric reductase MerA  30.45 
 
 
475 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1070  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  30.22 
 
 
482 aa  136  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0074  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.87 
 
 
462 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.490103  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2903  mercuric reductase  30.98 
 
 
767 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3488  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  29.52 
 
 
478 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.531012  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1652  mercuric reductase  26.11 
 
 
459 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3897  mercuric reductase  24.84 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.423332 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0283  mercuric reductase  26.17 
 
 
590 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4011  mercuric reductase  24.84 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0854657  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2671  dihydrolipoamide dehydrogenase  27.62 
 
 
470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000595879  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0194  mercuric reductase  26.11 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1035  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.92 
 
 
593 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.356313  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0640  mercuric reductase  30.32 
 
 
468 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2108  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.3 
 
 
484 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288637  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0963  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  26.7 
 
 
475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.335815  normal  0.311479 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2011  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.14 
 
 
478 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.156976  normal  0.369181 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5878  mycothione reductase  29.14 
 
 
460 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2038  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.09 
 
 
484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4269  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.48 
 
 
462 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.170998  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4636  mercuric reductase  27.66 
 
 
458 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.295825 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3504  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.96 
 
 
465 aa  134  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.305711 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1822  dihydrolipoamide dehydrogenase  27.82 
 
 
484 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.154015  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0551  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.82 
 
 
464 aa  133  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3234  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.94 
 
 
475 aa  132  9e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.056831  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0683  dihydrolipoamide dehydrogenase  27.16 
 
 
468 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2886  dihydrolipoyl dehydrogenase  29.78 
 
 
464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0945112  normal  0.240271 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19781  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.1 
 
 
489 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0364363 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3360  dihydrolipoyl dehydrogenanse  27.44 
 
 
466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0306833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0421  dihydrolipoamide dehydrogenase  26.42 
 
 
475 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000187748  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6299  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.6 
 
 
625 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0179219 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3872  mercuric reductase  26.91 
 
 
459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.429317 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3880  dihydrolipoamide dehydrogenase  25.7 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3728  dihydrolipoamide dehydrogenase  25.86 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3984  dihydrolipoamide dehydrogenase  25.7 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3429  dihydrolipoamide dehydrogenase  26.14 
 
 
475 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0358795  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4181  dihydrolipoamide dehydrogenase  25.7 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.321449  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2206  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.37 
 
 
459 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.041685  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3551  mercuric reductase  25.92 
 
 
458 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.895988  normal  0.343975 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0321  dihydrolipoamide dehydrogenase  26.72 
 
 
476 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0683294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>