More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0336 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0336  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  520  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.780836 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4215  IclR family transcriptional regulator  71.91 
 
 		 279 aa  358  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0425  IclR family transcriptional regulator  64.13 
 
 		 296 aa  306  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000742162  normal  0.768795 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4053  IclR family transcriptional regulator  65.48 
 
 		 269 aa  305  6e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0738351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7212  transcriptional regulator, IclR family  63.9 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.858542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1712  IclR family transcriptional regulator  62.45 
 
 		 549 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3216  IclR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 547 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4302  IclR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 551 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4064  IclR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 551 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3720  IclR family transcriptional regulator  61.3 
 
 		 554 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.261625 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4304  IclR family transcriptional regulator  61.83 
 
 		 569 aa  270  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.443184 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4196  IclR family transcriptional regulator  61.39 
 
 		 576 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.858157  normal  0.133552 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4674  putative transcriptional regulatory protein  42.91 
 
 		 263 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4298  IclR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 279 aa  186  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0293  transcriptional regulator, IclR family  41.13 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.689557  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4052  IclR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000104088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0848  transcriptional regulator, IclR family  41.76 
 
 		 275 aa  161  9e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130407  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4216  IclR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 264 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4533  IclR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 276 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000115279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7213  transcriptional regulator, IclR family  42.8 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.33644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0581  IclR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 297 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0161  transcriptional regulator, IclR family  36.54 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.567451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0804  regulatory proteins, IclR  34.87 
 
 		 266 aa  133  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542062  unclonable  0.0000000637978 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0154  transcriptional regulator, IclR family  35.69 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0113  IclR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 277 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0448  IclR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0082  IclR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0163  transcriptional regulator, IclR family  33.46 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01745  transcription regulator protein  35.02 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.264626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0439  transcriptional regulator, IclR family  36.54 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.545927  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4236  IclR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.375859 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4527  transcriptional regulator, IclR family  33.73 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0675359  normal  0.540679 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1125  IclR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 259 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4659  transcriptional regulator, IclR family  33.73 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.880576  normal  0.215321 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0337  IclR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0481  transcriptional regulator, IclR family  32.31 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.121608 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0078  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.493125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0437  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0599  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.125658  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0246  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1348  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.102339  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0361  IclR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3215  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0417  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0156  transcriptional regulator, IclR family  32.84 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0741  IclR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 260 aa  115  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0195  IclR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0300  transcription regulator protein  33.71 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.9672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0426  IclR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000895626  normal  0.732187 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0689  IclR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.933931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2962  IclR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6256  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2928  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2299  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2825  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.619636 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2913  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0384  IclR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 265 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0235844  hitchhiker  0.00703834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0391  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.797378  normal  0.0181315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0302  transcription regulator protein  31.5 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3598  transcriptional regulator, IclR family  32.54 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0445  IclR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 287 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.915056 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5276  regulatory protein, IclR  31.46 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.945753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1516  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.371505  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5959  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0527246 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0724  IclR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 303 aa  99.4  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.778685  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4930  putative IclR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 271 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.622933 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1458  transcriptional regulator, IclR family  30.98 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38500  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 267 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4622  IclR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3632  putative transcription regulator protein  33.59 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.266279 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3279  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 267 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4482  IclR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 277 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1632  transcriptional regulator, IclR family  34.65 
 
 		 297 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.854664  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0909  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0169  regulatory proteins, IclR  29.84 
 
 		 275 aa  83.6  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2311  IclR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.986469  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4606  IclR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0481261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0816  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3394  regulatory protein, IclR  30.22 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101533  normal  0.0303831 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3148  IclR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174875  hitchhiker  0.0000000981116 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0735  regulatory protein, IclR  32.48 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000567454 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  24.78 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3528  regulatory proteins, IclR  29.65 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4086  regulatory protein IclR  31.43 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.406824  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3552  transcriptional regulator, IclR family  24.91 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3889  IclR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0628146  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2285  transcriptional regulator, IclR family  28.85 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1802  IclR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10190  putative transcriptional regulator  31.17 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.413507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  22.09 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4742  regulatory proteins, IclR  26.36 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25.49 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1239  IclR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  23.41 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0920  IclR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687031  normal  0.0182204 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2380  IclR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.610686  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2381  IclR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>