More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0082 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0082  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
285 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0113  IclR family transcriptional regulator  82.62 
 
 
277 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0161  transcriptional regulator, IclR family  63.43 
 
 
290 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.567451  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0154  transcriptional regulator, IclR family  63.3 
 
 
292 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.351671 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2825  IclR family transcriptional regulator  62.45 
 
 
291 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.619636 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2962  IclR family transcriptional regulator  62.06 
 
 
291 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0599  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
315 aa  310  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.125658  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3215  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
317 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2913  IclR family transcriptional regulator  62.06 
 
 
290 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0078  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
315 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.493125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0437  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
317 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6256  IclR family transcriptional regulator  62.06 
 
 
288 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0246  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
317 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2928  IclR family transcriptional regulator  62.06 
 
 
288 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1348  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
317 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.102339  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2299  IclR family transcriptional regulator  62.06 
 
 
288 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0417  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
308 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0361  IclR family transcriptional regulator  60.98 
 
 
340 aa  309  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0391  IclR family transcriptional regulator  61.66 
 
 
288 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.797378  normal  0.0181315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0195  IclR family transcriptional regulator  58.33 
 
 
296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4236  IclR family transcriptional regulator  57.68 
 
 
299 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.375859 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0481  transcriptional regulator, IclR family  57.69 
 
 
300 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.121608 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0300  transcription regulator protein  61.11 
 
 
290 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.9672 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1125  IclR family transcriptional regulator  56.64 
 
 
259 aa  285  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4527  transcriptional regulator, IclR family  54.58 
 
 
295 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0675359  normal  0.540679 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4659  transcriptional regulator, IclR family  54.58 
 
 
295 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.880576  normal  0.215321 
 
 
-
 
NC_003296  RS01745  transcription regulator protein  55.78 
 
 
311 aa  275  7e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.264626  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0448  IclR family transcriptional regulator  54.3 
 
 
262 aa  264  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0741  IclR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
260 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0439  transcriptional regulator, IclR family  53.91 
 
 
262 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.545927  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0445  IclR family transcriptional regulator  54.83 
 
 
287 aa  248  9e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.915056 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0804  regulatory proteins, IclR  44.62 
 
 
266 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542062  unclonable  0.0000000637978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4674  putative transcriptional regulatory protein  45.42 
 
 
263 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4298  IclR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
279 aa  210  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0848  transcriptional regulator, IclR family  46.95 
 
 
275 aa  206  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130407  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0384  IclR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
265 aa  202  5e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0235844  hitchhiker  0.00703834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4533  IclR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
276 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000115279  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0293  transcriptional regulator, IclR family  40.71 
 
 
287 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.689557  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0302  transcription regulator protein  42.29 
 
 
295 aa  185  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3632  putative transcription regulator protein  47.64 
 
 
274 aa  182  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.266279 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1516  transcriptional regulator, IclR family  38.34 
 
 
271 aa  178  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.371505  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5959  IclR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
271 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0527246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0909  IclR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4482  IclR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0163  transcriptional regulator, IclR family  38.81 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0156  transcriptional regulator, IclR family  39.16 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3279  putative transcriptional regulator  38.02 
 
 
267 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3598  transcriptional regulator, IclR family  42.05 
 
 
273 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4622  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
277 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5276  regulatory protein, IclR  41.86 
 
 
271 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.945753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38500  IclR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
267 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3889  IclR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
268 aa  163  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0628146  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0816  IclR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
260 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4606  IclR family transcriptional regulator  37.26 
 
 
262 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0481261  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4052  IclR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
281 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000104088  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3552  transcriptional regulator, IclR family  37.4 
 
 
263 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1712  IclR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
549 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4304  IclR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
569 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.443184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4930  putative IclR family transcriptional regulator  40.32 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.622933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0581  IclR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
297 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3327  regulatory proteins, IclR  37.55 
 
 
263 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4215  IclR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
279 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0724  IclR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.778685  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4196  IclR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
576 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.858157  normal  0.133552 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4302  IclR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
551 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3216  IclR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
547 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4064  IclR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
551 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3720  IclR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
554 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.261625 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0689  IclR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
274 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.933931  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4053  IclR family transcriptional regulator  37.69 
 
 
269 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0738351  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1458  transcriptional regulator, IclR family  33.86 
 
 
262 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7213  transcriptional regulator, IclR family  38.25 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.33644  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4216  IclR family transcriptional regulator  33.96 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4742  regulatory proteins, IclR  34.39 
 
 
281 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0425  IclR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
296 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000742162  normal  0.768795 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7212  transcriptional regulator, IclR family  34.46 
 
 
295 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.858542  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0169  regulatory proteins, IclR  32.71 
 
 
275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3394  regulatory protein, IclR  36.61 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101533  normal  0.0303831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1632  transcriptional regulator, IclR family  35.19 
 
 
297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.854664  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3528  regulatory proteins, IclR  32.46 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0336  IclR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.780836 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2311  IclR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
262 aa  124  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.986469  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0735  regulatory protein, IclR  35.07 
 
 
277 aa  124  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000567454 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0337  IclR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
261 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1560  regulatory proteins, IclR  31.65 
 
 
286 aa  108  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1802  IclR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
285 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4086  regulatory protein IclR  29.36 
 
 
291 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.406824  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10190  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 
262 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.413507  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3148  IclR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
263 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174875  hitchhiker  0.0000000981116 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0426  IclR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
289 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000895626  normal  0.732187 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  24.51 
 
 
275 aa  91.3  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  28.8 
 
 
265 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1109  IclR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
108 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
284 aa  87  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  25.2 
 
 
257 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  23.53 
 
 
256 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  26.77 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 
270 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>