More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3552 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3552  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 263 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3327  regulatory proteins, IclR  88.85 
 
 		 263 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736955 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4622  IclR family transcriptional regulator  58.98 
 
 		 277 aa  293  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4482  IclR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 277 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0909  IclR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 264 aa  292  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3279  putative transcriptional regulator  60.56 
 
 		 267 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38500  IclR family transcriptional regulator  60.89 
 
 		 267 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0816  IclR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 260 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4606  IclR family transcriptional regulator  59.61 
 
 		 262 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0481261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0082  IclR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0113  IclR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 277 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3598  transcriptional regulator, IclR family  36.19 
 
 		 273 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0302  transcription regulator protein  36.03 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5276  regulatory protein, IclR  35.09 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.945753  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4930  putative IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.622933 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0804  regulatory proteins, IclR  32.14 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542062  unclonable  0.0000000637978 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0448  IclR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3215  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0078  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.493125  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0599  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 315 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.125658  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0246  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1348  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.102339  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0437  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0417  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 308 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4236  IclR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 299 aa  145  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.375859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0689  IclR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.933931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0361  IclR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 340 aa  145  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5959  IclR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 271 aa  143  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0527246 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1516  transcriptional regulator, IclR family  36.61 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.371505  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0195  IclR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 296 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0391  IclR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 288 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.797378  normal  0.0181315 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0481  transcriptional regulator, IclR family  34.7 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.121608 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0384  IclR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 265 aa  142  8e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0235844  hitchhiker  0.00703834 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0163  transcriptional regulator, IclR family  36.29 
 
 		 302 aa  141  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0156  transcriptional regulator, IclR family  36.29 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0724  IclR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 303 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.778685  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0439  transcriptional regulator, IclR family  37.77 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.545927  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2962  IclR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01745  transcription regulator protein  37.99 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.264626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2825  IclR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 291 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.619636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4674  putative transcriptional regulatory protein  34.12 
 
 		 263 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2928  IclR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2913  IclR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6256  IclR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2299  IclR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4298  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0848  transcriptional regulator, IclR family  36.8 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130407  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4659  transcriptional regulator, IclR family  34.69 
 
 		 295 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.880576  normal  0.215321 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4527  transcriptional regulator, IclR family  34.69 
 
 		 295 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0675359  normal  0.540679 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3889  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0628146  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1125  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0154  transcriptional regulator, IclR family  34.08 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351671 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1458  transcriptional regulator, IclR family  30.24 
 
 		 262 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0161  transcriptional regulator, IclR family  34.08 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.567451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1632  transcriptional regulator, IclR family  34.7 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.854664  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0581  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0293  transcriptional regulator, IclR family  29.81 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.689557  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4742  regulatory proteins, IclR  32.55 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4533  IclR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 276 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000115279  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0300  transcription regulator protein  33.85 
 
 		 290 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.9672 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0741  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 260 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2311  IclR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 262 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.986469  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0445  IclR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.915056 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0169  regulatory proteins, IclR  31.66 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2258  transcriptional regulator, IclR family  26.23 
 
 		 280 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4052  IclR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 281 aa  99.8  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000104088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3632  putative transcription regulator protein  31.89 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.266279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1802  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 285 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3394  regulatory protein, IclR  30.54 
 
 		 265 aa  95.1  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101533  normal  0.0303831 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4086  regulatory protein IclR  24.03 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.406824  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  28.46 
 
 		 280 aa  92.4  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3528  regulatory proteins, IclR  25.51 
 
 		 265 aa  92.4  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 272 aa  92.4  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3148  IclR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174875  hitchhiker  0.0000000981116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10190  putative transcriptional regulator  25.23 
 
 		 262 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.413507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 257 aa  90.1  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6634  IclR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 283 aa  90.1  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0992864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4053  IclR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 269 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0738351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  26.12 
 
 		 275 aa  88.6  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0735  regulatory protein, IclR  29.86 
 
 		 277 aa  88.2  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000567454 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 260 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1560  regulatory proteins, IclR  30.19 
 
 		 286 aa  85.5  8e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4216  IclR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7213  transcriptional regulator, IclR family  28.35 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.33644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  28.98 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  27.73 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  24.51 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4304  IclR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 569 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.443184 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4196  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 576 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.858157  normal  0.133552 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  27.36 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  24.1 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3720  IclR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 554 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.261625 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  23.05 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4215  IclR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0425  IclR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000742162  normal  0.768795 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 267 aa  77  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  27.8 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1712  IclR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 549 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>