108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3939 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3939  beta-lactamase-like  100 
 
 		 263 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4676  cyclic-AMP phosphodiesterase  77.57 
 
 		 263 aa  437  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5186  beta-lactamase domain protein  67.56 
 
 		 267 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544063  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0190  beta-lactamase domain-containing protein  54.17 
 
 		 258 aa  259  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2128  beta-lactamase-like protein  50.42 
 
 		 254 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0066  cAMP phosphodiesterase  47.18 
 
 		 267 aa  231  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3358  Beta-lactamase-like  48.95 
 
 		 255 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0960  cyclic-AMP phosphodiesterase  46.03 
 
 		 267 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.160022 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0922  beta-lactamase domain protein  45.99 
 
 		 259 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0298  cyclic-AMP phosphodiesterase  43.46 
 
 		 256 aa  196  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.344796  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0844  cyclic-AMP phosphodiesterase  43.93 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0134  cyclic-AMP phosphodiesterase  39.5 
 
 		 259 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0984  cyclic-AMP phosphodiesterase  41.6 
 
 		 254 aa  183  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2634  beta-lactamase domain protein  38.35 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70234 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1579  beta-lactamase domain protein  40.25 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1897  beta-lactamase domain-containing protein  33.47 
 
 		 252 aa  155  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1966  beta-lactamase domain protein  37.75 
 
 		 262 aa  148  8e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4089  beta-lactamase domain-containing protein  34.57 
 
 		 255 aa  148  9e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.923622  normal  0.269344 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0930  metal dependent phosphohydrolase  36.84 
 
 		 796 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0426  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.144124  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0402  hypothetical protein  32.08 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.424061  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_367  metallo-beta-lactamase  30.3 
 
 		 258 aa  93.2  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.523669  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3587  3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase  26.75 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1164  cyclic-AMP phosphodiesterase  26.75 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.476348  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1113  3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase  26.22 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000266448  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3257  beta-lactamase domain-containing protein  25.73 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1224  cyclic-AMP phosphodiesterase  24.8 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00829  cAMP-specific phosphodiesterase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14890)  37.21 
 
 		 561 aa  55.8  0.0000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2736  beta-lactamase domain protein  28.79 
 
 		 265 aa  55.5  0.0000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.234606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3142  metal dependent hydrolase  26.12 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.961345  normal  0.361163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2260  beta-lactamase domain protein  27.43 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2311  beta-lactamase domain protein  27.43 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.519081 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1067  ribonuclease Z  31.61 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.222642 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3215  beta-lactamase domain-containing protein  22.83 
 
 		 295 aa  53.5  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1257  ElaC, metal-dependent hydrolase of the beta- lactamase superfamily  26.82 
 
 		 294 aa  53.1  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5649  beta-lactamase domain-containing protein  29.35 
 
 		 248 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.704721  normal  0.90669 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0871  beta-lactamase-like  28.71 
 
 		 270 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1104  beta-lactamase domain-containing protein  25.82 
 
 		 249 aa  52.4  0.000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.342626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1253  cyclic-AMP phosphodiesterase  26.91 
 
 		 326 aa  52  0.000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0807083  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2095  Metal-dependent hydrolase of the beta-lactamase superfamily III-like protein  21.83 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4027  beta-lactamase domain protein  23.7 
 
 		 296 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.961759 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2117  Beta-lactamase-like  23.89 
 
 		 298 aa  50.4  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1926  hypothetical protein  25.65 
 
 		 327 aa  49.7  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1424  ribonuclease Z  27.69 
 
 		 308 aa  49.3  0.00006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2865  beta-lactamase-like  26.14 
 
 		 304 aa  49.3  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.627483  normal  0.13634 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1324  hypothetical protein  27.8 
 
 		 262 aa  49.3  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.588841  hitchhiker  0.00279452 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1000  metal-dependant hydrolase  28.41 
 
 		 244 aa  48.1  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1916  hypothetical protein  27.18 
 
 		 327 aa  48.1  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4637  beta-lactamase-like  23.12 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0713  ribonuclease Z  23.97 
 
 		 314 aa  48.5  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4229  beta-lactamase domain protein  26.39 
 
 		 309 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1016  hypothetical protein  28.41 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1088  hypothetical protein  28.41 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0338  cyclic-AMP phosphodiesterase  24.28 
 
 		 339 aa  47.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2093  beta-lactamase domain-containing protein  25.29 
 
 		 240 aa  48.1  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000753461  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1166  metallo-beta-lactamase family protein  28.41 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1003  metal-dependant hydrolase  28.41 
 
 		 244 aa  47  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02190  conserved hypothetical protein  26.78 
 
 		 549 aa  47  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.464356  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_2719  predicted protein  25.84 
 
 		 413 aa  47  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.127667  hitchhiker  0.00814758 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1247  metallo-beta-lactamase family protein  28 
 
 		 244 aa  47  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4186  metallo-beta-lactamase family protein  27.43 
 
 		 244 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.167335  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1188  hypothetical protein  28 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1985  beta-lactamase-like  25.41 
 
 		 295 aa  46.6  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1242  mRNA degradation ribonuclease J1/J2enzyme  29.65 
 
 		 573 aa  46.6  0.0004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.752598  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3913  beta-lactamase domain-containing protein  26.82 
 
 		 283 aa  46.6  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4352  cyclic-AMP phosphodiesterase  23.67 
 
 		 316 aa  46.6  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0524869  normal  0.0439524 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1460  beta-lactamase domain protein  27.22 
 
 		 566 aa  46.2  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4141  beta-lactamase domain protein  25.53 
 
 		 556 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1865  beta-lactamase-like  25 
 
 		 305 aa  45.8  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.523835  normal  0.165286 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3155  beta-lactamase-like protein  25.71 
 
 		 244 aa  45.8  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000166272  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3238  beta-lactamase domain protein  25.25 
 
 		 556 aa  45.8  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.015572  normal  0.303561 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1120  metallo-beta-lactamase family protein  27.84 
 
 		 244 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2119  beta-lactamase domain protein  26.5 
 
 		 256 aa  45.8  0.0008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329371  normal  0.846308 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1727  metallo-beta-lactamase superfamily hydrolase  26.19 
 
 		 570 aa  45.4  0.0009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0681  beta-lactamase-like protein  26.29 
 
 		 250 aa  44.7  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.142415  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1420  hypothetical protein  29.38 
 
 		 547 aa  45.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.128957  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_84281  3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase (PDEase) (3':5'-CNP)  32.08 
 
 		 384 aa  45.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.292629  normal  0.400104 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1749  ribonuclease Z  25.79 
 
 		 308 aa  45.1  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4405  beta-lactamase domain-containing protein  27.52 
 
 		 557 aa  45.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.465391  normal  0.32787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0866  beta-lactamase domain protein  28.18 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11444  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2296  beta-lactamase domain protein  23.3 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.557207 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2383  beta-lactamase domain-containing protein  20.09 
 
 		 320 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09800  metal-dependent hydrolase, beta-lactamase superfamily III  30.56 
 
 		 266 aa  45.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.559051 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0550  beta-lactamase domain protein  24.22 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.145975 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0838  beta-lactamase domain-containing protein  30.06 
 
 		 244 aa  44.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  24.9 
 
 		 454 aa  43.9  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0655  beta-lactamase domain protein  25.79 
 
 		 244 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000122219  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1623  mRNA degradation ribonuclease J1/J2enzyme  25 
 
 		 560 aa  43.9  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0796  hypothetical protein  27.27 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030667 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0153  ribonuclease Z  25.16 
 
 		 310 aa  43.9  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.585164  normal  0.015686 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3415  beta-lactamase domain protein  26.14 
 
 		 593 aa  43.5  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1607  3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase  25.3 
 
 		 330 aa  43.9  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.964421  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2271  beta-lactamase domain protein  30.29 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20060  metal-dependent hydrolase, beta-lactamase superfamily III  26.47 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.204616  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6025  beta-lactamase domain-containing protein  25.36 
 
 		 310 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.706578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5781  beta-lactamase domain-containing protein  25.36 
 
 		 310 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0789  beta-lactamase-like  30.23 
 
 		 244 aa  42.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.514573 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0019  beta-lactamase-like protein  39.19 
 
 		 813 aa  43.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1625  3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase  22.22 
 
 		 331 aa  43.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0207595  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0076  ribonuclease Z  34.78 
 
 		 310 aa  42.7  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.887393  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>