More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2039 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2039  short chain dehydrogenase  100 
 
 
250 aa  497  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0751  short chain dehydrogenase  99.6 
 
 
250 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.450614  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  62.25 
 
 
252 aa  285  7e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  56.75 
 
 
254 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  55.95 
 
 
254 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
255 aa  278  6e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  55.95 
 
 
254 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  55.56 
 
 
254 aa  274  9e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  59.68 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  58.96 
 
 
258 aa  272  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2263  short chain dehydrogenase  58.89 
 
 
255 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00829126  normal  0.0703688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  56.18 
 
 
254 aa  266  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  56 
 
 
254 aa  263  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  53.57 
 
 
253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  52.38 
 
 
255 aa  250  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3234  short chain dehydrogenase  56.4 
 
 
257 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.458923  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  56.25 
 
 
256 aa  244  6.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2587  short chain dehydrogenase  56.8 
 
 
257 aa  239  5e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 
254 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  50.6 
 
 
254 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1734  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 
249 aa  235  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.747593  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  52.42 
 
 
249 aa  234  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
330 aa  171  6.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
252 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
250 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
255 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.56 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
251 aa  163  3e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  40.08 
 
 
256 aa  162  3e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  160  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
282 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
248 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.75 
 
 
246 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
246 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
265 aa  158  7e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
253 aa  158  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.75 
 
 
246 aa  158  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
281 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
253 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
251 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
255 aa  156  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
250 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
251 aa  155  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
250 aa  155  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
252 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.82 
 
 
246 aa  155  7e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
252 aa  155  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
250 aa  154  9e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
272 aa  154  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
250 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
257 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
257 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
251 aa  152  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
265 aa  152  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
321 aa  151  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 
249 aa  151  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
262 aa  151  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
267 aa  150  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  150  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
252 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
261 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
261 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  40.31 
 
 
257 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.98 
 
 
259 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
253 aa  149  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  149  4e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
252 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
252 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
251 aa  149  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
252 aa  148  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
257 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
252 aa  148  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.52 
 
 
251 aa  148  7e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
239 aa  148  8e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  39.11 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 
269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 
263 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.240811 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  35.1 
 
 
247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>