More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1752 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  100 
 
 
254 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  69.6 
 
 
258 aa  325  4.0000000000000003e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  65.22 
 
 
254 aa  322  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  67.59 
 
 
254 aa  322  3e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  65.22 
 
 
254 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2263  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 
255 aa  321  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00829126  normal  0.0703688 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  65.22 
 
 
254 aa  321  8e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  66.27 
 
 
255 aa  316  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  63.64 
 
 
254 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  61.81 
 
 
255 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  62.2 
 
 
255 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  63.6 
 
 
253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3234  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 
257 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.458923  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2587  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 
257 aa  294  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  63.14 
 
 
256 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  60.89 
 
 
249 aa  279  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  56.92 
 
 
254 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1734  short chain dehydrogenase  58.87 
 
 
249 aa  268  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.747593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  55.12 
 
 
254 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  58.23 
 
 
252 aa  263  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0751  short chain dehydrogenase  56.57 
 
 
250 aa  238  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.450614  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2039  short chain dehydrogenase  56.18 
 
 
250 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
248 aa  178  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
282 aa  176  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
255 aa  175  5e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.43 
 
 
256 aa  175  6e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
267 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  38.25 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
253 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
249 aa  170  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
257 aa  169  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
252 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  168  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
257 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
258 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4828  glucose-1-dehydrogenase  37.45 
 
 
261 aa  168  9e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
249 aa  167  1e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
267 aa  167  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
258 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
258 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
261 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  42.35 
 
 
269 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  37.85 
 
 
261 aa  166  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
251 aa  165  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0368  glucose-1-dehydrogenase  38.65 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0342914  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
269 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
250 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.06 
 
 
251 aa  161  8.000000000000001e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.4 
 
 
249 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
269 aa  160  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
255 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
265 aa  160  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
269 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  41.86 
 
 
257 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
250 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
258 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  159  4e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
252 aa  159  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
252 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
277 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
253 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
249 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  37.9 
 
 
257 aa  158  6e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
251 aa  158  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.5 
 
 
262 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
251 aa  158  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
254 aa  157  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
257 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
257 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
253 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
249 aa  156  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
249 aa  156  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.27 
 
 
252 aa  156  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
250 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
257 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
252 aa  156  4e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2753  short chain dehydrogenase  40 
 
 
265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.26681  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
235 aa  155  7e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
251 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
250 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
252 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>