More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5565 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_5565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
281 aa  544  1e-154  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
250 aa  253  3e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
248 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
253 aa  159  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
256 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.08 
 
 
255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
252 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
266 aa  149  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.222452  hitchhiker  0.00811883 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
255 aa  149  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.21 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  37.65 
 
 
257 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 
256 aa  145  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
253 aa  145  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
255 aa  145  6e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
257 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
252 aa  145  8.000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.5 
 
 
256 aa  144  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 
253 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
251 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
250 aa  142  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
270 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
256 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
248 aa  139  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
256 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
276 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  35.1 
 
 
253 aa  139  6e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
253 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
254 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
254 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
257 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
254 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
251 aa  138  1e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
261 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
262 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  38.59 
 
 
262 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
255 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
260 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
263 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  33.88 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 
254 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
252 aa  136  4e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 
254 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
254 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
262 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
255 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
321 aa  135  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
254 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
254 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
258 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
253 aa  135  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
267 aa  135  8e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.092297  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
263 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
249 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
272 aa  135  9e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
258 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
255 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.74 
 
 
245 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.74 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
262 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  133  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
253 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
255 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 
252 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 
253 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
253 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
258 aa  133  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
257 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
254 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>