More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2393 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2393  response regulator receiver  100 
 
 		 172 aa  344  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.820012  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4442  response regulator receiver domain-containing protein  84.3 
 
 		 172 aa  288  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.591595 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1676  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.78 
 
 		 228 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3789  response regulator receiver  57.78 
 
 		 228 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0916709 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4035  two component LuxR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 228 aa  201  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4449  two component LuxR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 230 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.683214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2401  response regulator receiver  58.52 
 
 		 230 aa  193  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0808908 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3790  two component LuxR family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 226 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3079  two component LuxR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 233 aa  188  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3423  two component transcriptional regulator, LuxR family  63.36 
 
 		 235 aa  174  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2019  two component transcriptional regulator, LuxR family  59.69 
 
 		 223 aa  159  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3747  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.03 
 
 		 221 aa  143  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 222 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5717  two component LuxR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.61 
 
 		 217 aa  121  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0855  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.78 
 
 		 223 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.082304  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 213 aa  115  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3988  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.64 
 
 		 228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0354189  normal  0.736565 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0682  LuxR family DNA-binding response regulator  41.09 
 
 		 215 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.874366  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4860  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.142587 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2780  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 226 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 218 aa  111  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 219 aa  111  5e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 218 aa  110  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 218 aa  110  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 218 aa  110  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.69 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 213 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 216 aa  108  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 216 aa  108  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.52 
 
 		 236 aa  108  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.41 
 
 		 224 aa  108  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 213 aa  107  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5893  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.61 
 
 		 218 aa  107  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0851  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.95 
 
 		 232 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2055  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.24 
 
 		 220 aa  107  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  39.68 
 
 		 224 aa  107  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 214 aa  107  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 214 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.12 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4712  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.54 
 
 		 236 aa  106  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 224 aa  106  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4343  response regulator receiver  42.54 
 
 		 236 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 213 aa  106  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 220 aa  106  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1239  two component LuxR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0482404  normal  0.916816 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1691  two component LuxR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 208 aa  105  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  38.89 
 
 		 224 aa  105  4e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  38.89 
 
 		 224 aa  105  4e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 219 aa  105  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.9 
 
 		 216 aa  104  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 218 aa  104  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  45.6 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  35.66 
 
 		 214 aa  104  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0651  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.53 
 
 		 241 aa  104  8e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 211 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 237 aa  103  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 237 aa  103  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3696  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.75 
 
 		 217 aa  103  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  35.61 
 
 		 220 aa  103  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  35.21 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 212 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  33.12 
 
 		 216 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  37.4 
 
 		 223 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  34.51 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  36.43 
 
 		 216 aa  102  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  38.57 
 
 		 212 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 234 aa  102  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  42.11 
 
 		 221 aa  102  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  34.51 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 212 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 213 aa  102  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.37 
 
 		 213 aa  102  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  34.51 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  34.51 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  34.51 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3672  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309643  hitchhiker  0.000000290511 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  34.51 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  33.33 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  34.51 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.21 
 
 		 215 aa  102  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  40.32 
 
 		 215 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  40.32 
 
 		 215 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 303 aa  102  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  40.32 
 
 		 215 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  36.92 
 
 		 213 aa  101  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  36.92 
 
 		 213 aa  101  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  39.52 
 
 		 215 aa  101  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0346  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 210 aa  101  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0205277  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 216 aa  101  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.04 
 
 		 220 aa  101  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  32.47 
 
 		 214 aa  101  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.42 
 
 		 222 aa  101  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 212 aa  101  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5330  two component LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 215 aa  101  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0615  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 216 aa  101  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  34.03 
 
 		 214 aa  101  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  33.1 
 
 		 226 aa  100  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>