More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2360 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2360  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 263 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.123058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 272 aa  95.1  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  29.31 
 
 		 255 aa  92.8  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  28.28 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  29.67 
 
 		 254 aa  91.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 259 aa  89.4  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 283 aa  89  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  27.48 
 
 		 254 aa  88.6  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  30.13 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4369  IclR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 266 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4416  transcriptional regulator, IclR family  28.38 
 
 		 251 aa  87  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 256 aa  86.7  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4884  transcriptional regulator, IclR family  30.28 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574165  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 264 aa  85.5  8e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  27 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1381  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0265697  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2257  transcriptional regulator, IclR family  30.32 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000173115 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4411  regulatory proteins, IclR  30.08 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.547579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2520  IclR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  27.71 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  34.5 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 270 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 270 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1092  IclR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0515709 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  23.75 
 
 		 261 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  27.71 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  27.71 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  27.71 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3534  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.40867  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  35.62 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 275 aa  80.1  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  28.68 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0496  regulatory protein, IclR  27.83 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 269 aa  79.3  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4434  transcriptional regulator, IclR family  26.73 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0001758  normal  0.639145 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  29.64 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5080  transcriptional regulator, IclR family  31.88 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  27.92 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0364  IclR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  29.33 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6906  IclR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  30.3 
 
 		 273 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0439  transcriptional regulator IclR  26.56 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  30.7 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  27.73 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1018  regulatory proteins, IclR  27.92 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.069044  normal  0.18825 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  28.11 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4608  IclR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.249268  normal  0.348784 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4038  transcriptional regulator, IclR family  28.22 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  27.52 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  27.52 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  27.52 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  27.2 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  25.4 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08730  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00649547  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0155  regulatory proteins, IclR  33.19 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.269234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  27.13 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  21.49 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  29.24 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0645  transcriptional regulator, IclR family  30.77 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  27.13 
 
 		 266 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  27.49 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1477  transcriptional regulator, IclR family  31.46 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.958166  normal  0.570733 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  26.43 
 
 		 271 aa  74.3  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1062  IclR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.154207  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3479  regulatory proteins, IclR  27.43 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0476526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  26.88 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5126  transcriptional regulator, IclR family  28.89 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6106  IclR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 280 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5704 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0184  transcriptional regulator, IclR family  30.23 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  28.75 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2134  regulatory proteins, IclR  31.72 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2889  regulatory proteins, IclR  29.8 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.457395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0681  regulatory proteins, IclR  27.19 
 
 		 256 aa  73.2  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18570  transcriptional regulator, IclR family  29.39 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.424296  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  28.75 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 		 266 aa  72.8  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 		 266 aa  72.8  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>