248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1443 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4625  thymidine phosphorylase  88.91 
 
 		 514 aa  934    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3062  thymidine phosphorylase  76.16 
 
 		 485 aa  730    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4089  thymidine phosphorylase  76.14 
 
 		 513 aa  786    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0836613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1443  thymidine phosphorylase  100 
 
 		 514 aa  1032    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0271925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1900  thymidine phosphorylase  74.5 
 
 		 530 aa  759    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1717  thymidine phosphorylase  54.16 
 
 		 516 aa  533  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.124603  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2497  thymidine phosphorylase  53.98 
 
 		 509 aa  529  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000364151 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3581  thymidine phosphorylase  56.16 
 
 		 495 aa  531  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2241  thymidine phosphorylase  53.06 
 
 		 522 aa  521  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0807352  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3541  thymidine phosphorylase  52.27 
 
 		 526 aa  512  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2359  thymidine phosphorylase  46.27 
 
 		 517 aa  411  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1194  thymidine phosphorylase  49.6 
 
 		 511 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2690  thymidine phosphorylase  48.76 
 
 		 513 aa  395  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.44946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3880  thymidine phosphorylase  46.2 
 
 		 509 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4378  thymidine phosphorylase  44.85 
 
 		 518 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0204  thymidine phosphorylase  46.86 
 
 		 507 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.61192 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4510  thymidine phosphorylase  44.85 
 
 		 518 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00125183  normal  0.427324 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1507  thymidine phosphorylase  46.23 
 
 		 511 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1709  thymidine phosphorylase  45.01 
 
 		 504 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4704  thymidine phosphorylase  45.07 
 
 		 512 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0864687  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5323  thymidine phosphorylase  45.01 
 
 		 504 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0191  thymidine phosphorylase  45.64 
 
 		 519 aa  370  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2473  thymidine phosphorylase  44.44 
 
 		 514 aa  362  7.0000000000000005e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.29997 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3461  thymidine phosphorylase  43.12 
 
 		 505 aa  360  3e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592088 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0618  thymidine phosphorylase  41.92 
 
 		 504 aa  359  5e-98  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1346  thymidine phosphorylase  40.16 
 
 		 505 aa  346  6e-94  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1338  thymidine phosphorylase  39.96 
 
 		 505 aa  345  1e-93  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.620213  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0624  thymidine phosphorylase  39.96 
 
 		 505 aa  344  2e-93  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.751254  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1329  thymidine phosphorylase  39.96 
 
 		 505 aa  343  4e-93  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.237717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3746  thymidine phosphorylase  44.5 
 
 		 450 aa  342  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0126676  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4015  thymidine phosphorylase  42.22 
 
 		 492 aa  327  2.0000000000000001e-88  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0255  thymidine phosphorylase  39.24 
 
 		 506 aa  316  5e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.456015  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0462  thymidine phosphorylase  41.1 
 
 		 512 aa  312  7.999999999999999e-84  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3188  thymidine phosphorylase  40.65 
 
 		 506 aa  309  6.999999999999999e-83  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0024826 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0093  putative thymidine phosphorylase  38.85 
 
 		 520 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543018  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0332  thymidine phosphorylase  39.29 
 
 		 506 aa  295  2e-78  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2125  thymidine phosphorylase  40.88 
 
 		 509 aa  293  5e-78  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0523  thymidine phosphorylase  40.61 
 
 		 508 aa  292  1e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.205816 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0551  thymidine phosphorylase  40.18 
 
 		 507 aa  281  1e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.000734459  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2262  thymidine phosphorylase  38.8 
 
 		 516 aa  280  3e-74  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0067  thymidine phosphorylase  39.43 
 
 		 505 aa  269  7e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000469248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2275  thymidine phosphorylase  33.17 
 
 		 435 aa  164  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000178657  hitchhiker  0.000000323962 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3234  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.57 
 
 		 431 aa  152  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6093  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.63 
 
 		 438 aa  150  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0759218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1176  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.53 
 
 		 434 aa  149  8e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.246422  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2054  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.5 
 
 		 438 aa  148  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08120  thymidine phosphorylase  30.71 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.80887  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1488  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.32 
 
 		 434 aa  147  5e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.023549  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0969  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.14 
 
 		 432 aa  144  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.880368  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5934  thymidine phosphorylase  30.12 
 
 		 444 aa  143  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0130951 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06970  thymidine phosphorylase  30.54 
 
 		 434 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13345  thymidine phosphorylase  29.79 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.194332 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1775  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.13 
 
 		 441 aa  139  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1750  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.67 
 
 		 440 aa  139  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1138  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.57 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122674  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3238  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.68 
 
 		 435 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0651  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.83 
 
 		 435 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0651  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  32.07 
 
 		 435 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1357  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.02 
 
 		 424 aa  137  5e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1665  thymidine phosphorylase  28.15 
 
 		 444 aa  136  8e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477565  normal  0.134735 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1471  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.34 
 
 		 434 aa  136  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.606282  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1318  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.9 
 
 		 433 aa  135  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4842  thymidine phosphorylase  27.77 
 
 		 443 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3447  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.82 
 
 		 430 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2784  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.47 
 
 		 434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4730  thymidine phosphorylase  29.02 
 
 		 433 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2180  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.47 
 
 		 435 aa  134  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.571226 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0617  thymidine phosphorylase  32.93 
 
 		 435 aa  134  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.640469  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4154  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00147082  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4218  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000180142  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0999  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.35 
 
 		 432 aa  133  9e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.182708  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3842  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00792291  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4109  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.99872e-53 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3995  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0822094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3826  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000962839  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4307  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00037416  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4182  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.78 
 
 		 434 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4195  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00109232  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1042  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.73 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00204257  decreased coverage  0.0000153983 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0737  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.58 
 
 		 582 aa  131  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0829  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.24 
 
 		 431 aa  131  4.0000000000000003e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.829074  normal  0.764393 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0609  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.57 
 
 		 434 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1274  Thymidine phosphorylase  28.67 
 
 		 426 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0147  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.16 
 
 		 441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2940  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.12 
 
 		 431 aa  130  8.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0974765  hitchhiker  0.00313698 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0877  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  25.8 
 
 		 441 aa  130  8.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0834684  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1840  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.85 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.166082  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0370  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.64 
 
 		 439 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1232  thymidine phosphorylase  27.89 
 
 		 448 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0607  thymidine phosphorylase  31.5 
 
 		 421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2062  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.39 
 
 		 433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1776  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.27 
 
 		 433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1249  thymidine phosphorylase  27.89 
 
 		 448 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0959988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3916  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.24 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00156356  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1591  thymidine phosphorylase  27.66 
 
 		 433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.038951  normal  0.387396 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3944  thymidine phosphorylase  29.41 
 
 		 428 aa  129  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102744  hitchhiker  0.00269501 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1101  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  32.36 
 
 		 438 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0678  thymidine phosphorylase  27.33 
 
 		 433 aa  128  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1258  thymidine phosphorylase  27.67 
 
 		 439 aa  128  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0830  thymidine phosphorylase  28.4 
 
 		 462 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>