232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4089 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4625  thymidine phosphorylase  76.94 
 
 		 514 aa  791    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4089  thymidine phosphorylase  100 
 
 		 513 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0836613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1443  thymidine phosphorylase  76.14 
 
 		 514 aa  786    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0271925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1900  thymidine phosphorylase  77.06 
 
 		 530 aa  808    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3062  thymidine phosphorylase  79.71 
 
 		 485 aa  773    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1717  thymidine phosphorylase  55.34 
 
 		 516 aa  556  1e-157  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.124603  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3581  thymidine phosphorylase  57.29 
 
 		 495 aa  536  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2497  thymidine phosphorylase  54.91 
 
 		 509 aa  515  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000364151 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3541  thymidine phosphorylase  53.91 
 
 		 526 aa  510  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2241  thymidine phosphorylase  52.27 
 
 		 522 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0807352  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2359  thymidine phosphorylase  46.38 
 
 		 517 aa  401  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4510  thymidine phosphorylase  45.71 
 
 		 518 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00125183  normal  0.427324 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4378  thymidine phosphorylase  45.71 
 
 		 518 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0204  thymidine phosphorylase  47.12 
 
 		 507 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.61192 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1194  thymidine phosphorylase  46.63 
 
 		 511 aa  387  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2690  thymidine phosphorylase  48.42 
 
 		 513 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.44946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3880  thymidine phosphorylase  44.58 
 
 		 509 aa  375  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1507  thymidine phosphorylase  45.72 
 
 		 511 aa  364  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2473  thymidine phosphorylase  44.38 
 
 		 514 aa  363  6e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.29997 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1709  thymidine phosphorylase  43.97 
 
 		 504 aa  357  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5323  thymidine phosphorylase  43.97 
 
 		 504 aa  357  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4704  thymidine phosphorylase  43.92 
 
 		 512 aa  356  6.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0864687  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0191  thymidine phosphorylase  43.51 
 
 		 519 aa  341  1e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3461  thymidine phosphorylase  41.02 
 
 		 505 aa  334  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592088 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4015  thymidine phosphorylase  45.72 
 
 		 492 aa  330  3e-89  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1338  thymidine phosphorylase  38.95 
 
 		 505 aa  330  3e-89  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.620213  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3746  thymidine phosphorylase  43.45 
 
 		 450 aa  330  4e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0126676  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1346  thymidine phosphorylase  38.29 
 
 		 505 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1329  thymidine phosphorylase  38.29 
 
 		 505 aa  327  3e-88  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.237717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0624  thymidine phosphorylase  38.29 
 
 		 505 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.751254  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0618  thymidine phosphorylase  38.16 
 
 		 504 aa  326  7e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0255  thymidine phosphorylase  38.94 
 
 		 506 aa  316  7e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.456015  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0093  putative thymidine phosphorylase  39.38 
 
 		 520 aa  316  8e-85  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543018  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3188  thymidine phosphorylase  39.48 
 
 		 506 aa  299  1e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0024826 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2125  thymidine phosphorylase  39.9 
 
 		 509 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0462  thymidine phosphorylase  39.6 
 
 		 512 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0332  thymidine phosphorylase  36.44 
 
 		 506 aa  276  7e-73  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0523  thymidine phosphorylase  38.94 
 
 		 508 aa  273  4.0000000000000004e-72  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.205816 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0551  thymidine phosphorylase  36.69 
 
 		 507 aa  273  8.000000000000001e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.000734459  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2262  thymidine phosphorylase  39.49 
 
 		 516 aa  269  1e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0067  thymidine phosphorylase  38.85 
 
 		 505 aa  264  3e-69  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000469248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2275  thymidine phosphorylase  33.33 
 
 		 435 aa  152  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000178657  hitchhiker  0.000000323962 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1775  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.16 
 
 		 441 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2180  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  32.63 
 
 		 435 aa  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.571226 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5934  thymidine phosphorylase  32.87 
 
 		 444 aa  150  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0130951 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08120  thymidine phosphorylase  31.28 
 
 		 433 aa  149  8e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.80887  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6093  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.55 
 
 		 438 aa  149  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0759218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2054  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.15 
 
 		 438 aa  147  6e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1744  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.85 
 
 		 433 aa  143  7e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3238  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.84 
 
 		 435 aa  143  8e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06970  thymidine phosphorylase  30 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1750  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.22 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13345  thymidine phosphorylase  30.31 
 
 		 427 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.194332 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1176  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.7 
 
 		 434 aa  141  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.246422  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4182  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.93 
 
 		 434 aa  141  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0370  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  32.13 
 
 		 439 aa  141  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1665  thymidine phosphorylase  30.09 
 
 		 444 aa  140  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477565  normal  0.134735 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1471  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.06 
 
 		 434 aa  140  7e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.606282  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1138  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.47 
 
 		 434 aa  140  7.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122674  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3234  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.83 
 
 		 431 aa  139  8.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4154  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.64 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00147082  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4109  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.64 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.99872e-53 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3842  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.64 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00792291  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4218  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.64 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000180142  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3995  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.64 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0822094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3826  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.64 
 
 		 434 aa  139  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000962839  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4307  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.64 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00037416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3447  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.29 
 
 		 430 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0609  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.81 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2191  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.64 
 
 		 443 aa  137  4e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2784  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.11 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3916  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.39 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00156356  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1042  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.39 
 
 		 434 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00204257  decreased coverage  0.0000153983 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4730  thymidine phosphorylase  30.5 
 
 		 433 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4195  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.39 
 
 		 434 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00109232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0756  thymidine phosphorylase  30.02 
 
 		 426 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0537084 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1488  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.5 
 
 		 434 aa  134  5e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.023549  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0678  thymidine phosphorylase  29.26 
 
 		 433 aa  133  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1232  thymidine phosphorylase  27.73 
 
 		 448 aa  133  9e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1249  thymidine phosphorylase  27.73 
 
 		 448 aa  133  9e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0959988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0651  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  32.41 
 
 		 435 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0877  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  26.41 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0834684  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2210  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.06 
 
 		 433 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2591  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.08 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2172  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.06 
 
 		 433 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1357  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.47 
 
 		 424 aa  131  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1318  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.78 
 
 		 433 aa  131  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1258  thymidine phosphorylase  27.74 
 
 		 439 aa  131  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1280  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  32.1 
 
 		 441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf238  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.92 
 
 		 431 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.01595  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0409  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.26 
 
 		 431 aa  130  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2062  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.95 
 
 		 433 aa  130  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4842  thymidine phosphorylase  26.65 
 
 		 443 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0682  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29 
 
 		 428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.390934 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0737  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.9 
 
 		 582 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1776  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.48 
 
 		 433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0812  thymidine phosphorylase  30.14 
 
 		 426 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.376923 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1318  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.33 
 
 		 429 aa  128  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.615956 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0113  thymidine phosphorylase  29.8 
 
 		 432 aa  127  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000787887  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0651  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  32.18 
 
 		 435 aa  127  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>