228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1900 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4089  thymidine phosphorylase  77.06 
 
 
513 aa  808    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0836613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1443  thymidine phosphorylase  74.5 
 
 
514 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0271925  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1900  thymidine phosphorylase  100 
 
 
530 aa  1076    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4625  thymidine phosphorylase  76.1 
 
 
514 aa  772    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3062  thymidine phosphorylase  79.48 
 
 
485 aa  753    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1717  thymidine phosphorylase  55.63 
 
 
516 aa  530  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.124603  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2241  thymidine phosphorylase  54.03 
 
 
522 aa  522  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0807352  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3581  thymidine phosphorylase  55.4 
 
 
495 aa  523  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2497  thymidine phosphorylase  54.13 
 
 
509 aa  509  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000364151 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3541  thymidine phosphorylase  54.85 
 
 
526 aa  505  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2359  thymidine phosphorylase  45.91 
 
 
517 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4510  thymidine phosphorylase  45.91 
 
 
518 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00125183  normal  0.427324 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4378  thymidine phosphorylase  45.91 
 
 
518 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1194  thymidine phosphorylase  45.7 
 
 
511 aa  371  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3880  thymidine phosphorylase  43.14 
 
 
509 aa  371  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0204  thymidine phosphorylase  46.27 
 
 
507 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.61192 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2690  thymidine phosphorylase  45.59 
 
 
513 aa  358  9e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.44946 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1709  thymidine phosphorylase  44.06 
 
 
504 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5323  thymidine phosphorylase  44.06 
 
 
504 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393491  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1507  thymidine phosphorylase  45.24 
 
 
511 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4704  thymidine phosphorylase  43.88 
 
 
512 aa  351  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0864687  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0191  thymidine phosphorylase  45.07 
 
 
519 aa  346  5e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2473  thymidine phosphorylase  42.49 
 
 
514 aa  345  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.29997 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3746  thymidine phosphorylase  44.37 
 
 
450 aa  343  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0126676  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3461  thymidine phosphorylase  40.89 
 
 
505 aa  331  3e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.592088 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1338  thymidine phosphorylase  38.77 
 
 
505 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.620213  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0618  thymidine phosphorylase  38.1 
 
 
504 aa  327  3e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0624  thymidine phosphorylase  38.14 
 
 
505 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.751254  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1346  thymidine phosphorylase  37.92 
 
 
505 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1329  thymidine phosphorylase  37.92 
 
 
505 aa  318  1e-85  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.237717  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4015  thymidine phosphorylase  43.78 
 
 
492 aa  313  4.999999999999999e-84  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0093  putative thymidine phosphorylase  39.82 
 
 
520 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543018  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0255  thymidine phosphorylase  36.93 
 
 
506 aa  295  1e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.456015  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3188  thymidine phosphorylase  37.24 
 
 
506 aa  289  8e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.0024826 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2125  thymidine phosphorylase  40.8 
 
 
509 aa  289  8e-77  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0462  thymidine phosphorylase  39.14 
 
 
512 aa  281  2e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0551  thymidine phosphorylase  38.56 
 
 
507 aa  280  4e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.000734459  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0523  thymidine phosphorylase  39.67 
 
 
508 aa  280  5e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.205816 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0067  thymidine phosphorylase  40.72 
 
 
505 aa  278  2e-73  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000469248 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2262  thymidine phosphorylase  40.15 
 
 
516 aa  266  8.999999999999999e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0332  thymidine phosphorylase  34.97 
 
 
506 aa  263  4e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2275  thymidine phosphorylase  32.06 
 
 
435 aa  153  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000178657  hitchhiker  0.000000323962 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6093  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.57 
 
 
438 aa  143  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0759218  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2054  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.5 
 
 
438 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2180  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.87 
 
 
435 aa  143  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.571226 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0678  thymidine phosphorylase  28.84 
 
 
433 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5934  thymidine phosphorylase  30.05 
 
 
444 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0130951 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1176  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.57 
 
 
434 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.246422  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1744  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  27.34 
 
 
433 aa  140  7.999999999999999e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4182  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.23 
 
 
434 aa  139  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1318  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.84 
 
 
433 aa  137  7.000000000000001e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4154  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.3 
 
 
434 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00147082  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3238  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.24 
 
 
435 aa  136  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1138  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  27.8 
 
 
434 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122674  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4218  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000180142  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06970  thymidine phosphorylase  29.6 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3826  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000962839  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3842  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00792291  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4109  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.99872e-53 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2784  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.06 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3995  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0822094  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4307  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00037416  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0651  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.74 
 
 
435 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0370  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  30.3 
 
 
439 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4195  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00109232  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1042  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.43 
 
 
434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00204257  decreased coverage  0.0000153983 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0737  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.92 
 
 
582 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3916  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.06 
 
 
434 aa  134  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00156356  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0651  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.74 
 
 
435 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3234  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.64 
 
 
431 aa  133  9e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1274  Thymidine phosphorylase  28.07 
 
 
426 aa  133  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643295  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1101  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  31.44 
 
 
438 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1775  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.11 
 
 
441 aa  131  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08120  thymidine phosphorylase  28.04 
 
 
433 aa  130  5.0000000000000004e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.80887  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2172  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  27.36 
 
 
433 aa  130  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2210  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  27.36 
 
 
433 aa  130  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1897  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
431 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000548599  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1734  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000258964  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1318  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.18 
 
 
429 aa  129  9.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.615956 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4730  thymidine phosphorylase  29.32 
 
 
433 aa  130  9.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1756  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.212389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1894  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000430221  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1929  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.03249e-46 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0617  thymidine phosphorylase  31.5 
 
 
435 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.640469  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0877  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  25.7 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0834684  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1754  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.06 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000169733  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1977  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0131887  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1705  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0324396  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1471  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  27 
 
 
434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.606282  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3657  thymidine phosphorylase  29.7 
 
 
438 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3449  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0452293  hitchhiker  9.91695e-16 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3447  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  27.36 
 
 
430 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf238  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.12 
 
 
431 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.01595  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2004  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.19 
 
 
433 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000441016  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1840  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  27.67 
 
 
434 aa  128  3e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.166082  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4465  thymidine phosphorylase  28.96 
 
 
435 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.173869  normal  0.54283 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1665  thymidine phosphorylase  28.68 
 
 
444 aa  127  6e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477565  normal  0.134735 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1750  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  29.16 
 
 
440 aa  127  7e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13345  thymidine phosphorylase  29.1 
 
 
427 aa  126  7e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.194332 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2591  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  28.87 
 
 
441 aa  126  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>