105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3859 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3859  transport-associated protein  100 
 
 		 216 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1491  transport-associated  92.59 
 
 		 216 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1868  transport-associated  84.26 
 
 		 216 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.882392  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3808  transport-associated  78.6 
 
 		 216 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1909  transport-associated  64.81 
 
 		 215 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2264  transport-associated  47.93 
 
 		 216 aa  206  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2622  transport-associated  46.3 
 
 		 215 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0431  transport-associated  46.08 
 
 		 215 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3604  hypothetical protein  46.3 
 
 		 215 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.984998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2881  transport-associated  49.77 
 
 		 216 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3886  transport-associated  45.37 
 
 		 214 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.121  normal  0.085803 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1664  hypothetical protein  44.29 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0800901  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0417  transport-associated  50.23 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.421605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2606  transport-associated  50.7 
 
 		 216 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0213477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0425  transport-associated  41.67 
 
 		 214 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4234  transport-associated  41.47 
 
 		 215 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.855371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2613  transport-associated  41.67 
 
 		 214 aa  169  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.574258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1226  transport-associated protein  41.47 
 
 		 217 aa  169  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.528686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2456  transport-associated  43.98 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262468  normal  0.570841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  41.47 
 
 		 217 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1220  transport-associated protein  44.13 
 
 		 214 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0189  hypothetical protein  41.59 
 
 		 215 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4429  transport-associated  43.46 
 
 		 215 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4562  transport-associated  43.46 
 
 		 215 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.266043 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5578  transport-associated  43.38 
 
 		 217 aa  150  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00026661  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2300  transport-associated  42.59 
 
 		 217 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.53534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0139  transport-associated protein  40.37 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6189  transport-associated  41.2 
 
 		 216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.551844  normal  0.435123 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0390  transport-associated  38.43 
 
 		 217 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5912  transport-associated protein  41.2 
 
 		 216 aa  144  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.203256  normal  0.355197 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1111  transport-associated  41.67 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0204  hypothetical protein  36.87 
 
 		 219 aa  142  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1870  periplasmic phospholipid binding protein  42.4 
 
 		 216 aa  138  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5932  transport-associated protein  40 
 
 		 216 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7783  putative osmotically-inducible protein Y (precursor)  36.57 
 
 		 220 aa  136  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.379132  normal  0.155349 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1108  transport-associated  41.2 
 
 		 216 aa  136  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3328  transport-associated  35.94 
 
 		 217 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.686073  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0186  hypothetical protein  37.04 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.117611 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0353  phospholipid binding protein  40.37 
 
 		 216 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6133  transport-associated  41.56 
 
 		 178 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3634  transport-associated  36.41 
 
 		 228 aa  124  8.000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000681524 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4432  transport-associated  36.15 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4565  transport-associated  36.15 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4061  transport-associated  39.35 
 
 		 213 aa  123  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.221026  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1892  putative phophoslipid binding protein  38.81 
 
 		 216 aa  122  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.953866 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1200  transport-associated  37.5 
 
 		 217 aa  121  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.649848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6897  transport-associated  33.8 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7784  putative osmotically inducible protein Y precursor  37.04 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0602659  normal  0.220051 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1101  transport-associated  37.33 
 
 		 216 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5544  transport-associated  39.42 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.078197  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5562  transport-associated  39.35 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221455  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0155  OsmY domain-containing protein  42.2 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1324  OsmY domain-containing protein  42.2 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2759  putative phospholipid-binding protein  42.2 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2616  putative phospholipid-binding protein  42.2 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0180  OsmY domain-containing protein  42.2 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0453  OsmY domain-containing protein  44.39 
 
 		 197 aa  103  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584382  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0414  OsmY domain-containing protein  36.28 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1025  OsmY domain-containing protein  43.88 
 
 		 197 aa  99  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1063  OsmY domain-containing protein  35.81 
 
 		 215 aa  98.2  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2660  putative phospholipid-binding protein  35.81 
 
 		 237 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0116  OsmY domain-containing protein  35.81 
 
 		 215 aa  97.4  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.567152  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1280  OsmY domain-containing protein  35.81 
 
 		 215 aa  97.4  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84893  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2802  putative phospholipid-binding protein  35.81 
 
 		 215 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0140  putative phospholipid-binding protein  35.81 
 
 		 237 aa  97.4  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1151  transport-associated protein  42.55 
 
 		 141 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5879  transport-associated protein  32.87 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6209  transport-associated  32.41 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.716513 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1899  periplasmic phospholipid binding protein  33.16 
 
 		 233 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.60597 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6056  transport-associated  30.05 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.822447  hitchhiker  0.00012166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7774  hypothetical protein  29.23 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.194796  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6692  transport-associated  25.93 
 
 		 543 aa  64.3  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3809  transport-associated  41.03 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.810583  normal  0.967769 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3502  transport-associated  40.85 
 
 		 108 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5271  transport-associated  40 
 
 		 86 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.833634 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  28 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0826  transport-associated  31.09 
 
 		 245 aa  50.1  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0362569 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0535  periplasmic protein  27.89 
 
 		 205 aa  48.5  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388761  hitchhiker  0.00819185 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  26.67 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1978  transport-associated protein  30.16 
 
 		 241 aa  47.8  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  27.27 
 
 		 204 aa  47.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1784  transport-associated  25.31 
 
 		 275 aa  46.2  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010501  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2966  periplasmic or secreted lipoprotein OsmY  27.97 
 
 		 219 aa  45.8  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2956  transport-associated protein  22.68 
 
 		 295 aa  45.8  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4919  periplasmic protein  28.91 
 
 		 201 aa  45.4  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.618733  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0141  transport-associated  40 
 
 		 309 aa  45.1  0.0009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4917  periplasmic protein  27.27 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4969  periplasmic protein  27.27 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4815  periplasmic protein  27.27 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4882  periplasmic protein  27.27 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715597  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4976  periplasmic protein  27.27 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.163142  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04251  periplasmic protein  28.12 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3623  transport-associated  28.12 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4610  periplasmic protein  28.12 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0762495  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3681  periplasmic protein  28.12 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261916  hitchhiker  0.00179473 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4923  periplasmic protein  28.12 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.497608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04217  hypothetical protein  28.12 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1047  hypothetical protein  30.08 
 
 		 184 aa  43.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.202465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0177  transport-associated  28.76 
 
 		 276 aa  42  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4973  periplasmic protein  27.34 
 
 		 201 aa  42.4  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00297721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>