133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0186 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0186  hypothetical protein  100 
 
 
217 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.117611 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4432  transport-associated  79.26 
 
 
217 aa  345  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4565  transport-associated  79.26 
 
 
217 aa  345  3e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1226  transport-associated protein  47.44 
 
 
217 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.528686  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1220  transport-associated protein  47.89 
 
 
214 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1870  periplasmic phospholipid binding protein  48.15 
 
 
216 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388852  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0189  hypothetical protein  45.07 
 
 
215 aa  170  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0204  hypothetical protein  41.2 
 
 
219 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5912  transport-associated protein  42.72 
 
 
216 aa  168  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.203256  normal  0.355197 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6189  transport-associated  41.78 
 
 
216 aa  168  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.551844  normal  0.435123 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0390  transport-associated  44.39 
 
 
217 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2300  transport-associated  43.06 
 
 
217 aa  166  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.53534  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4562  transport-associated  45.54 
 
 
215 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.266043 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4429  transport-associated  45.54 
 
 
215 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5578  transport-associated  43.19 
 
 
217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00026661  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1111  transport-associated  44.44 
 
 
226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5932  transport-associated protein  40.47 
 
 
216 aa  160  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1108  transport-associated  43.66 
 
 
216 aa  159  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5562  transport-associated  46.76 
 
 
216 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221455  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0139  transport-associated protein  43.75 
 
 
223 aa  157  8e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1200  transport-associated  42.13 
 
 
217 aa  155  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.649848  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1899  periplasmic phospholipid binding protein  45.95 
 
 
233 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  39.23 
 
 
217 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1892  putative phophoslipid binding protein  42.59 
 
 
216 aa  148  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.953866 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6897  transport-associated  40.78 
 
 
217 aa  147  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35821  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0353  phospholipid binding protein  41.67 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1101  transport-associated  38.89 
 
 
216 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3604  hypothetical protein  38.21 
 
 
215 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.984998  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7784  putative osmotically inducible protein Y precursor  41.27 
 
 
217 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0602659  normal  0.220051 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3328  transport-associated  38.57 
 
 
217 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.686073  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1063  OsmY domain-containing protein  43.26 
 
 
215 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2660  putative phospholipid-binding protein  43.26 
 
 
237 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0116  OsmY domain-containing protein  43.26 
 
 
215 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.567152  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1280  OsmY domain-containing protein  43.26 
 
 
215 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84893  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2802  putative phospholipid-binding protein  43.26 
 
 
215 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0140  putative phospholipid-binding protein  43.26 
 
 
237 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2264  transport-associated  36.74 
 
 
216 aa  141  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0414  OsmY domain-containing protein  42.33 
 
 
215 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4234  transport-associated  38.97 
 
 
215 aa  139  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.855371  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5544  transport-associated  39.51 
 
 
216 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.078197  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1909  transport-associated  38.21 
 
 
215 aa  135  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3634  transport-associated  39.53 
 
 
228 aa  135  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000681524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7783  putative osmotically-inducible protein Y (precursor)  34.58 
 
 
220 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.379132  normal  0.155349 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2622  transport-associated  36.67 
 
 
215 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3808  transport-associated  36.74 
 
 
216 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1491  transport-associated  37.67 
 
 
216 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1664  hypothetical protein  36.15 
 
 
215 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0800901  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0431  transport-associated  37.56 
 
 
215 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390186  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3859  transport-associated protein  37.04 
 
 
216 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5879  transport-associated protein  39.81 
 
 
215 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6209  transport-associated  39.81 
 
 
215 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716513 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1868  transport-associated  37.04 
 
 
216 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.882392  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2881  transport-associated  38.86 
 
 
216 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0425  transport-associated  36.19 
 
 
214 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379914  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4061  transport-associated  42.06 
 
 
213 aa  124  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.221026  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2613  transport-associated  37.14 
 
 
214 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.574258  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0155  OsmY domain-containing protein  41.78 
 
 
216 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1324  OsmY domain-containing protein  41.78 
 
 
216 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2759  putative phospholipid-binding protein  41.78 
 
 
216 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2616  putative phospholipid-binding protein  41.78 
 
 
216 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0180  OsmY domain-containing protein  41.78 
 
 
216 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2456  transport-associated  32.86 
 
 
215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262468  normal  0.570841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3886  transport-associated  36.97 
 
 
214 aa  115  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.121  normal  0.085803 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2606  transport-associated  36.97 
 
 
216 aa  104  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0213477  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0453  OsmY domain-containing protein  41.45 
 
 
197 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584382  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0417  transport-associated  36.49 
 
 
216 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.421605  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1025  OsmY domain-containing protein  40.41 
 
 
197 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6133  transport-associated  36.31 
 
 
178 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1151  transport-associated protein  40.97 
 
 
141 aa  98.2  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6056  transport-associated  34.29 
 
 
226 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.822447  hitchhiker  0.00012166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7774  hypothetical protein  31.38 
 
 
203 aa  94.4  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.194796  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6692  transport-associated  29.82 
 
 
543 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0826  transport-associated  31.13 
 
 
245 aa  65.1  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0362569 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2077  transport-associated  30.71 
 
 
307 aa  63.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.735501  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2185  transport-associated  24.12 
 
 
255 aa  63.2  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2966  periplasmic or secreted lipoprotein OsmY  29.29 
 
 
219 aa  62.4  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1784  transport-associated  25.32 
 
 
275 aa  62.4  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2956  transport-associated protein  27.13 
 
 
295 aa  58.9  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3008  transport-associated  43.08 
 
 
106 aa  53.9  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.845377  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2437  CBS domain containing protein  32.41 
 
 
628 aa  53.1  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000875184  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2827  transport-associated  46.88 
 
 
76 aa  52.8  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5271  transport-associated  43.08 
 
 
86 aa  52.4  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.833634 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4370  transport-associated protein  32.62 
 
 
243 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1310  transport-associated  29.63 
 
 
179 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0905482  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2553  hypothetical protein  23.85 
 
 
278 aa  49.3  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01237  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  29.73 
 
 
175 aa  49.3  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.315155  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0141  transport-associated  42.25 
 
 
309 aa  48.9  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0177  transport-associated  24.76 
 
 
276 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  27.74 
 
 
202 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0264  transport-associated  30.66 
 
 
187 aa  47.4  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.47721  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2261  transport-associated  25.52 
 
 
282 aa  47  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  28.29 
 
 
204 aa  47  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  28.29 
 
 
204 aa  47  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0932  transport-associated  31.62 
 
 
131 aa  47  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  28.29 
 
 
204 aa  47  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13110  hypothetical protein  28.35 
 
 
161 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4872  hypothetical protein  30.15 
 
 
271 aa  46.6  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4133  transport-associated  28.19 
 
 
188 aa  46.6  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1317  transport-associated  29.75 
 
 
181 aa  46.6  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3707  transport-associated  32.04 
 
 
181 aa  46.2  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.101636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>