132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0390 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0390  transport-associated  100 
 
 
217 aa  432  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2300  transport-associated  53.95 
 
 
217 aa  226  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.53534  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1200  transport-associated  54.38 
 
 
217 aa  213  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.649848  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1220  transport-associated protein  52.09 
 
 
214 aa  209  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5578  transport-associated  49.31 
 
 
217 aa  209  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00026661  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2264  transport-associated  45.79 
 
 
216 aa  192  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1226  transport-associated protein  45.12 
 
 
217 aa  190  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.528686  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4429  transport-associated  45.58 
 
 
215 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4562  transport-associated  45.58 
 
 
215 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.266043 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0189  hypothetical protein  44.19 
 
 
215 aa  184  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1111  transport-associated  49.77 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5932  transport-associated protein  45.58 
 
 
216 aa  182  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3604  hypothetical protein  45.28 
 
 
215 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.984998  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0204  hypothetical protein  42.4 
 
 
219 aa  179  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0139  transport-associated protein  45.79 
 
 
223 aa  176  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4432  transport-associated  45.07 
 
 
217 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4565  transport-associated  45.07 
 
 
217 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6189  transport-associated  42.59 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.551844  normal  0.435123 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5912  transport-associated protein  42.59 
 
 
216 aa  168  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.203256  normal  0.355197 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1108  transport-associated  43.52 
 
 
216 aa  167  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0186  hypothetical protein  44.39 
 
 
217 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.117611 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3328  transport-associated  40.57 
 
 
217 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.686073  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1870  periplasmic phospholipid binding protein  45.58 
 
 
216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388852  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0353  phospholipid binding protein  43.72 
 
 
216 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4234  transport-associated  42.06 
 
 
215 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.855371  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7783  putative osmotically-inducible protein Y (precursor)  41.2 
 
 
220 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.379132  normal  0.155349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  38.14 
 
 
217 aa  162  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3634  transport-associated  42.4 
 
 
228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000681524 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2622  transport-associated  39.62 
 
 
215 aa  161  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1101  transport-associated  38.14 
 
 
216 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2456  transport-associated  40.38 
 
 
215 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262468  normal  0.570841 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1664  hypothetical protein  40.74 
 
 
215 aa  158  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0800901  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5562  transport-associated  46.51 
 
 
216 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221455  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1909  transport-associated  41.59 
 
 
215 aa  151  8.999999999999999e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3808  transport-associated  37.96 
 
 
216 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1491  transport-associated  38.6 
 
 
216 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6897  transport-associated  36.57 
 
 
217 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35821  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5544  transport-associated  37.56 
 
 
216 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.078197  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1063  OsmY domain-containing protein  40.47 
 
 
215 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0414  OsmY domain-containing protein  40.47 
 
 
215 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2660  putative phospholipid-binding protein  40.47 
 
 
237 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0116  OsmY domain-containing protein  40.47 
 
 
215 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.567152  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1280  OsmY domain-containing protein  40.47 
 
 
215 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84893  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2802  putative phospholipid-binding protein  40.47 
 
 
215 aa  148  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0140  putative phospholipid-binding protein  40.47 
 
 
237 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2881  transport-associated  42.18 
 
 
216 aa  148  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1868  transport-associated  39.07 
 
 
216 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.882392  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0431  transport-associated  38.68 
 
 
215 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390186  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3859  transport-associated protein  38.43 
 
 
216 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2613  transport-associated  39.62 
 
 
214 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.574258  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6209  transport-associated  39.07 
 
 
215 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716513 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5879  transport-associated protein  38.14 
 
 
215 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1899  periplasmic phospholipid binding protein  37.62 
 
 
233 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7784  putative osmotically inducible protein Y precursor  43.26 
 
 
217 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0602659  normal  0.220051 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4061  transport-associated  43.13 
 
 
213 aa  139  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.221026  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1892  putative phophoslipid binding protein  35.35 
 
 
216 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.953866 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0425  transport-associated  38.68 
 
 
214 aa  136  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379914  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2606  transport-associated  41.71 
 
 
216 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0213477  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0417  transport-associated  41.23 
 
 
216 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.421605  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3886  transport-associated  39.15 
 
 
214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.121  normal  0.085803 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0155  OsmY domain-containing protein  40.28 
 
 
216 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1324  OsmY domain-containing protein  40.28 
 
 
216 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2759  putative phospholipid-binding protein  40.28 
 
 
216 aa  121  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2616  putative phospholipid-binding protein  40.28 
 
 
216 aa  121  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0180  OsmY domain-containing protein  40.28 
 
 
216 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6133  transport-associated  41.43 
 
 
178 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0453  OsmY domain-containing protein  40.1 
 
 
197 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584382  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1025  OsmY domain-containing protein  39.59 
 
 
197 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1151  transport-associated protein  39.57 
 
 
141 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6056  transport-associated  31.28 
 
 
226 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.822447  hitchhiker  0.00012166 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2966  periplasmic or secreted lipoprotein OsmY  30.5 
 
 
219 aa  83.6  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7774  hypothetical protein  24.1 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.194796  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6692  transport-associated  28.38 
 
 
543 aa  69.3  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1784  transport-associated  22.83 
 
 
275 aa  58.9  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2956  transport-associated protein  25.88 
 
 
295 aa  57.4  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3008  transport-associated  35.82 
 
 
106 aa  54.7  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.845377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2553  hypothetical protein  23.39 
 
 
278 aa  53.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2827  transport-associated  44.44 
 
 
76 aa  53.1  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  28 
 
 
202 aa  52.8  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  28.48 
 
 
202 aa  52.4  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2077  transport-associated  28.87 
 
 
307 aa  52  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.735501  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3809  transport-associated  42.42 
 
 
108 aa  52  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.810583  normal  0.967769 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  26.53 
 
 
204 aa  51.6  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  26.53 
 
 
204 aa  51.6  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3502  transport-associated  40.91 
 
 
108 aa  51.6  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260556  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  26.53 
 
 
204 aa  51.6  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5271  transport-associated  44.93 
 
 
86 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.833634 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0826  transport-associated  26.32 
 
 
245 aa  50.4  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0362569 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0727  transport-associated protein  27.92 
 
 
240 aa  50.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0908  transport-associated  33.6 
 
 
177 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324141  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1317  transport-associated  28.1 
 
 
181 aa  48.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0134  transport-associated protein  28.12 
 
 
273 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.892998  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3707  transport-associated  26.4 
 
 
181 aa  47.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.101636  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2185  transport-associated  23.61 
 
 
255 aa  46.2  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  28.19 
 
 
204 aa  46.2  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1415  transport-associated  27.27 
 
 
184 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1405  transport-associated protein  30 
 
 
184 aa  45.4  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0149  transport-associated  27.5 
 
 
273 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.798997 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2261  transport-associated  24.32 
 
 
282 aa  44.3  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1441  transport-associated  30 
 
 
184 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>