More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2552 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2552  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2750  IclR family transcriptional regulator  89.41 
 
 		 257 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2608  regulatory protein, IclR  87.06 
 
 		 257 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1294  IclR family transcriptional regulator  81.57 
 
 		 256 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56430  putative transcriptional regulator  69.6 
 
 		 256 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4911  putative transcriptional regulator  67.2 
 
 		 256 aa  332  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.803448  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2112  IclR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1863  IclR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.020859  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3992  transcriptional regulator, IclR family  28.17 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  35.93 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  36.53 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  29.55 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0839  IclR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199028 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  26.45 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  32.7 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  28.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  29.72 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3279  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.45 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000040145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  26.05 
 
 		 255 aa  59.3  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7517  transcriptional regulator, IclR family  25.47 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0410  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.45 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000385619  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0377  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.45 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000713598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0421  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.45 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.455857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0370  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.45 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000653427  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00300  DNA-binding transcriptional activator, 3HPP-binding  28.38 
 
 		 315 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000821038  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3260  transcriptional regulator, IclR family  28.45 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000124832  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00304  hypothetical protein  28.45 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000752199  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  26.25 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7402  Transcriptional regulator  23.46 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11734  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3711  transcriptional regulator, IclR family  26.07 
 
 		 257 aa  57.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.498866 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2678  transcriptional regulator for mhp operon  30.2 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.712892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1685  transcriptional regulator, IclR family  26.02 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.857691  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0897  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.34 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000478423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  30.72 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6236  IclR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 304 aa  57  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0318  regulatory proteins, IclR  30.32 
 
 		 287 aa  57  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000583044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  31.65 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  33.96 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15090  DNA-binding transcriptional activator MhpR  29.89 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774699  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  26.67 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  31.97 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  25.48 
 
 		 261 aa  55.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 286 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  29.32 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2369  regulatory proteins, IclR  25.77 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1537  regulatory protein, IclR  28 
 
 		 315 aa  53.9  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  29.45 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6477  regulatory protein, IclR  29.49 
 
 		 351 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 272 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  29.23 
 
 		 251 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 261 aa  54.3  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3492  regulatory proteins, IclR  27.32 
 
 		 258 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 273 aa  53.9  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  25.64 
 
 		 267 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25.21 
 
 		 259 aa  53.5  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  29.32 
 
 		 256 aa  53.5  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  26.14 
 
 		 284 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  28 
 
 		 269 aa  53.1  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 280 aa  53.1  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 		 259 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  25.58 
 
 		 281 aa  52.8  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4434  transcriptional regulator, IclR family  25.99 
 
 		 261 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0001758  normal  0.639145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2601  IclR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 258 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0687199 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1930  IclR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 261 aa  52.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  29.45 
 
 		 266 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  26.69 
 
 		 254 aa  52.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  27.04 
 
 		 252 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 270 aa  52  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  29.66 
 
 		 270 aa  52.4  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  29.45 
 
 		 266 aa  52.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 282 aa  52  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 270 aa  52  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 258 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  24.44 
 
 		 265 aa  52  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0931  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.03 
 
 		 266 aa  52  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.830414 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  29.66 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  29.66 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3940  transcriptional regulator, IclR family  37.25 
 
 		 256 aa  51.6  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  26.9 
 
 		 272 aa  51.6  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  25.76 
 
 		 274 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  29.45 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  24.79 
 
 		 278 aa  52  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  28.66 
 
 		 267 aa  52  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7409  Transcriptional regulator  22.17 
 
 		 285 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  29.66 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  26.9 
 
 		 272 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  29.45 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  29.45 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5473  regulatory protein IclR  28.74 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0349  IclR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000127041  hitchhiker  0.00000770433 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>