More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2601 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2601  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0687199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  98.45 
 
 		 258 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3242  IclR family transcriptional regulator  94.96 
 
 		 258 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.524532 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  87.6 
 
 		 258 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4910  IclR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 258 aa  377  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30240  IclR family regulatory protein  71.21 
 
 		 258 aa  359  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  68.22 
 
 		 259 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0296  IclR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 260 aa  328  7e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2088  transcriptional regulator, IclR family  53.67 
 
 		 273 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5724  transcriptional regulator, IclR family  50.59 
 
 		 260 aa  248  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4108  transcriptional regulator, IclR family  51.72 
 
 		 260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6106  IclR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 280 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5704 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  48.72 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4650  IclR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 273 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.455658 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2707  regulatory protein IclR  50 
 
 		 292 aa  227  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2426  IclR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 269 aa  219  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.172825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5781  transcriptional regulator, IclR family  43.65 
 
 		 271 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5789  transcriptional regulator, IclR family  36.95 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5796  IclR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 245 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  29.06 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  29.53 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  29.83 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  29.08 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  28.46 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 251 aa  102  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  28.34 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  28.34 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  28.34 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  28.34 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  28.34 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  27.71 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  28.05 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  27.76 
 
 		 276 aa  99.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  28.46 
 
 		 259 aa  99.8  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  32.92 
 
 		 251 aa  98.6  8e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  28.97 
 
 		 274 aa  98.6  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2575  transcriptional regulator, IclR family  32.23 
 
 		 262 aa  97.8  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  28.51 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.91 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  27.76 
 
 		 277 aa  96.7  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 283 aa  95.9  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5574  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 274 aa  95.9  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 257 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  32.52 
 
 		 264 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  30.71 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  27.94 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4694  transcriptional regulator, IclR family  30.73 
 
 		 255 aa  92  9e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.116545  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  29.6 
 
 		 279 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  29.18 
 
 		 275 aa  90.5  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 275 aa  90.5  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 267 aa  90.9  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 260 aa  90.1  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  31.85 
 
 		 262 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0416  regulatory proteins, IclR  26.21 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000505949  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  26.42 
 
 		 260 aa  90.1  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  28.8 
 
 		 263 aa  90.5  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1381  transcriptional regulator, IclR family  31.45 
 
 		 259 aa  89.7  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0265697  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0822  transcriptional regulator, IclR family  32.79 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 263 aa  88.6  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  31.56 
 
 		 258 aa  89  8e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 263 aa  88.6  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 263 aa  88.6  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2369  regulatory proteins, IclR  30.4 
 
 		 287 aa  88.6  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  28.92 
 
 		 253 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  31.84 
 
 		 277 aa  87.8  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  31.56 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  29.67 
 
 		 248 aa  88.6  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  31.45 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 263 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3532  transcriptional regulator, IclR family  31.02 
 
 		 256 aa  87.8  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 268 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  29.15 
 
 		 251 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  30.59 
 
 		 263 aa  86.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.47 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  30.47 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  30.47 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  30.47 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  31.97 
 
 		 276 aa  86.3  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  30.47 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  30.47 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  29.2 
 
 		 251 aa  85.9  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  30.47 
 
 		 263 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  26.12 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>