More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4108 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4108  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 260 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  61.24 
 
 		 284 aa  315  7e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5724  transcriptional regulator, IclR family  63.95 
 
 		 260 aa  313  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2426  IclR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 269 aa  276  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.172825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2707  regulatory protein IclR  54.55 
 
 		 292 aa  261  8e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5781  transcriptional regulator, IclR family  51.16 
 
 		 271 aa  259  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6106  IclR family transcriptional regulator  52.12 
 
 		 280 aa  255  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  51.98 
 
 		 258 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 258 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2601  IclR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 258 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0687199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 259 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30240  IclR family regulatory protein  53.97 
 
 		 258 aa  244  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3242  IclR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 258 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.524532 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0296  IclR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 260 aa  234  7e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4910  IclR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 258 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2088  transcriptional regulator, IclR family  52.82 
 
 		 273 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4650  IclR family transcriptional regulator  50.8 
 
 		 273 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.455658 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5796  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 245 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5789  transcriptional regulator, IclR family  33.87 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  29.88 
 
 		 277 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  28.22 
 
 		 280 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  28.22 
 
 		 280 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  28.22 
 
 		 280 aa  106  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  29.55 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  31.4 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  28.1 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  27.39 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 275 aa  97.8  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  26.97 
 
 		 276 aa  96.7  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  27.46 
 
 		 275 aa  96.7  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 267 aa  95.5  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  29.36 
 
 		 280 aa  92.4  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 259 aa  90.5  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  30.12 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4694  transcriptional regulator, IclR family  28 
 
 		 255 aa  90.5  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.116545  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  25.93 
 
 		 265 aa  90.1  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  26.88 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  24.89 
 
 		 256 aa  89  7e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  25.62 
 
 		 261 aa  88.6  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 272 aa  88.6  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4391  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.143749  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  29.63 
 
 		 279 aa  85.9  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  27.94 
 
 		 251 aa  85.5  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  30.87 
 
 		 264 aa  85.9  7e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 263 aa  85.5  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  27.6 
 
 		 275 aa  85.1  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  30.58 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  27.94 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  28.81 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.3 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  28.81 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.3 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.3 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.3 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  27.13 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  28.1 
 
 		 279 aa  82  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4127  IclR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  28.03 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  25.73 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0808  transcriptional regulator, IclR family  28.33 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  25.31 
 
 		 257 aa  79.7  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 276 aa  79.3  0.00000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4416  transcriptional regulator, IclR family  27.64 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  28.07 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  30.09 
 
 		 254 aa  78.6  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 262 aa  78.6  0.00000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4759  transcriptional regulator, IclR family  28.38 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.635938  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  28.1 
 
 		 272 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3416  transcriptional regulator, IclR family  28.22 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>