More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2426 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2426  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  533  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.172825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4108  transcriptional regulator, IclR family  60.38 
 
 		 260 aa  292  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  58.46 
 
 		 284 aa  288  5.0000000000000004e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5724  transcriptional regulator, IclR family  57.92 
 
 		 260 aa  279  3e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6106  IclR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 280 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5704 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2707  regulatory protein IclR  53.73 
 
 		 292 aa  258  8e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 258 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0296  IclR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 260 aa  245  6e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 259 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 258 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5781  transcriptional regulator, IclR family  46.04 
 
 		 271 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30240  IclR family regulatory protein  51.18 
 
 		 258 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2601  IclR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 258 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0687199 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4910  IclR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 258 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2088  transcriptional regulator, IclR family  51.41 
 
 		 273 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3242  IclR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 258 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.524532 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4650  IclR family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 273 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.455658 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5789  transcriptional regulator, IclR family  40.24 
 
 		 268 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5796  IclR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  28.7 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  28.76 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  30.43 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  28.76 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  28.76 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  28.33 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  30.9 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  28.33 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  29.61 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  28.29 
 
 		 275 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 276 aa  105  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  28.51 
 
 		 261 aa  105  9e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 256 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  25.88 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 283 aa  99.8  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  31.17 
 
 		 275 aa  96.7  4e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  30.49 
 
 		 279 aa  96.3  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0416  regulatory proteins, IclR  25.4 
 
 		 246 aa  95.5  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000505949  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 259 aa  95.5  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 253 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  28.85 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  26.64 
 
 		 260 aa  93.6  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 273 aa  91.3  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 280 aa  90.5  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  26.64 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 275 aa  90.5  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  29.63 
 
 		 248 aa  90.5  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  27.52 
 
 		 251 aa  89  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 272 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  26.86 
 
 		 265 aa  87  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  26.32 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  26.1 
 
 		 273 aa  86.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 263 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 263 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 263 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  23.65 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 257 aa  85.9  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  30.2 
 
 		 269 aa  85.9  7e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0822  transcriptional regulator, IclR family  29.11 
 
 		 258 aa  85.1  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 269 aa  84.3  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0099  transcriptional regulator, IclR family  27.54 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  27.8 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  30.21 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  31.15 
 
 		 276 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  26.91 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  26.29 
 
 		 262 aa  83.2  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  28.69 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0481  transcriptional regulator IclR  29.27 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  29.48 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  26.81 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  24.8 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  24.8 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.8 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.8 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.8 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.8 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 263 aa  82  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  24.8 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>