More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2147 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2601  IclR family transcriptional regulator  87.6 
 
 		 258 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0687199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  87.98 
 
 		 258 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3242  IclR family transcriptional regulator  87.6 
 
 		 258 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.524532 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4910  IclR family transcriptional regulator  74.32 
 
 		 258 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30240  IclR family regulatory protein  73.15 
 
 		 258 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0296  IclR family transcriptional regulator  63.71 
 
 		 260 aa  330  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5724  transcriptional regulator, IclR family  50.99 
 
 		 260 aa  250  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  52.14 
 
 		 284 aa  251  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6106  IclR family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 280 aa  247  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2088  transcriptional regulator, IclR family  53.28 
 
 		 273 aa  246  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4108  transcriptional regulator, IclR family  51.08 
 
 		 260 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4650  IclR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.455658 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2707  regulatory protein IclR  50.4 
 
 		 292 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2426  IclR family transcriptional regulator  53.39 
 
 		 269 aa  226  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.172825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5781  transcriptional regulator, IclR family  45.24 
 
 		 271 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5789  transcriptional regulator, IclR family  39.43 
 
 		 268 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5796  IclR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  31.51 
 
 		 280 aa  115  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  29.06 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  28.86 
 
 		 277 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  29.55 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 277 aa  105  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 268 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  31.82 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  27.87 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  28.74 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 257 aa  102  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  28.16 
 
 		 277 aa  102  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2575  transcriptional regulator, IclR family  31.69 
 
 		 262 aa  102  8e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  28.34 
 
 		 275 aa  102  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 274 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  29.27 
 
 		 259 aa  101  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  27.76 
 
 		 276 aa  101  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  27.94 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  27.94 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  27.94 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  27.94 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  27.94 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  31.22 
 
 		 258 aa  99.8  4e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 284 aa  99.4  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  31.02 
 
 		 251 aa  99.4  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  27.64 
 
 		 260 aa  99.4  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  30.38 
 
 		 251 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 275 aa  97.8  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5574  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 263 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 263 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 263 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  28.4 
 
 		 263 aa  96.3  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  26.42 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4694  transcriptional regulator, IclR family  30.1 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.116545  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  29.18 
 
 		 275 aa  95.5  7e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 260 aa  95.5  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  27.35 
 
 		 260 aa  95.1  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 268 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  27.64 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2326  IclR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00931512  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 283 aa  92.4  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  32.1 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 263 aa  92  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 260 aa  92  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  31.78 
 
 		 256 aa  91.7  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0099  transcriptional regulator, IclR family  27.46 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 		 253 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 267 aa  91.3  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  31.33 
 
 		 263 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.2 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  31.2 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  31.2 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  31.2 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  31.2 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  31.2 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  28.34 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 267 aa  90.1  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  27.46 
 
 		 257 aa  90.1  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  31.2 
 
 		 263 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  32.02 
 
 		 266 aa  89.7  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  32.02 
 
 		 266 aa  89.7  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0822  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 		 258 aa  89.7  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3711  transcriptional regulator, IclR family  30.49 
 
 		 257 aa  90.1  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.498866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  31.85 
 
 		 262 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  28.45 
 
 		 254 aa  89.4  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 260 aa  89  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>