More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5724 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5724  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 260 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4108  transcriptional regulator, IclR family  63.95 
 
 		 260 aa  317  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5781  transcriptional regulator, IclR family  59.3 
 
 		 271 aa  315  5e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  59.49 
 
 		 284 aa  301  7.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2707  regulatory protein IclR  55.73 
 
 		 292 aa  271  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2426  IclR family transcriptional regulator  57.92 
 
 		 269 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.172825 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6106  IclR family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 280 aa  250  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 258 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 258 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2601  IclR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 258 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0687199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 259 aa  240  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4910  IclR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 258 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30240  IclR family regulatory protein  51.78 
 
 		 258 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0296  IclR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 260 aa  236  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3242  IclR family transcriptional regulator  50.44 
 
 		 258 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.524532 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2088  transcriptional regulator, IclR family  50.21 
 
 		 273 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4650  IclR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 273 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.455658 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5796  IclR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 245 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5789  transcriptional regulator, IclR family  39.3 
 
 		 268 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  33.77 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 275 aa  118  9e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  29.55 
 
 		 259 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  30.24 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  30.24 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  30.24 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  28.4 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  28.4 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  28.4 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  28.4 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  28.4 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  28.4 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  28.4 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  28.4 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  28.92 
 
 		 265 aa  109  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  31.3 
 
 		 277 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  29.15 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  28 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  29.15 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  29.15 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  29.15 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  31.15 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  29.6 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 263 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  29.6 
 
 		 275 aa  105  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 268 aa  105  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  29.03 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  29.6 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  29.41 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  28.8 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  28.8 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  28.8 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  30.16 
 
 		 273 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  29.09 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  28.8 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  28.8 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  24.89 
 
 		 256 aa  102  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  29.08 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 267 aa  102  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  29.22 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 259 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  29.22 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  24.79 
 
 		 260 aa  99.4  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  24.68 
 
 		 261 aa  99  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 276 aa  99  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  31.06 
 
 		 256 aa  97.8  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  30.33 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  24.08 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4694  transcriptional regulator, IclR family  28.44 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.116545  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  29.53 
 
 		 251 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  32 
 
 		 258 aa  96.3  5e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  24.9 
 
 		 260 aa  96.3  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 269 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  27.07 
 
 		 263 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  27.94 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  31 
 
 		 261 aa  92.4  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 260 aa  92.4  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  32.75 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  31.4 
 
 		 264 aa  91.7  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  30.71 
 
 		 248 aa  90.9  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 284 aa  90.9  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  26.98 
 
 		 251 aa  90.5  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  25 
 
 		 291 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  27.63 
 
 		 275 aa  90.1  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  25 
 
 		 291 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 260 aa  89.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 262 aa  89  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 272 aa  88.6  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  29.91 
 
 		 294 aa  88.6  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>