More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2608 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2608  regulatory protein, IclR  100 
 
 		 257 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2750  IclR family transcriptional regulator  94.16 
 
 		 257 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2552  IclR family transcriptional regulator  87.06 
 
 		 257 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1294  IclR family transcriptional regulator  81.64 
 
 		 256 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56430  putative transcriptional regulator  66.8 
 
 		 256 aa  328  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4911  putative transcriptional regulator  62.75 
 
 		 256 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.803448  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2112  IclR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1863  IclR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.020859  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3992  transcriptional regulator, IclR family  28.97 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  32.84 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0839  IclR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199028 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  35.48 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  26.1 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  28.75 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  29.89 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3111  hypothetical protein  90.91 
 
 		 34 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.702735  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0897  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25.94 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000478423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3062  DNA-binding transcriptional activator MhpR  29.66 
 
 		 255 aa  58.9  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  0.0344191 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7517  transcriptional regulator, IclR family  26.71 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  33.54 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25.21 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  26.2 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3492  regulatory proteins, IclR  28.14 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  25.63 
 
 		 255 aa  57  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  25.86 
 
 		 294 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  25.58 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  26.12 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2678  transcriptional regulator for mhp operon  29.58 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.712892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1685  transcriptional regulator, IclR family  26.59 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.857691  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  29.3 
 
 		 276 aa  55.5  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 273 aa  54.7  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  25.75 
 
 		 267 aa  54.7  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 294 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3940  transcriptional regulator, IclR family  29.7 
 
 		 256 aa  53.9  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4434  transcriptional regulator, IclR family  27.23 
 
 		 261 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0001758  normal  0.639145 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  29.59 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  27.78 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1930  IclR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 261 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0318  regulatory proteins, IclR  28.99 
 
 		 287 aa  53.9  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000583044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  28.92 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 268 aa  53.5  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0410  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.5 
 
 		 315 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000385619  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0931  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25.19 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1978  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.97 
 
 		 273 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.184195  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0370  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.5 
 
 		 315 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000653427  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  35.26 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  23.21 
 
 		 254 aa  53.5  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0822  transcriptional regulator, IclR family  26.62 
 
 		 258 aa  52.8  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  26.4 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3279  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.2 
 
 		 281 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000040145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15090  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.29 
 
 		 273 aa  52.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774699  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 260 aa  52.8  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5574  IclR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 274 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3751  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.92 
 
 		 278 aa  52.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5773  transcriptional regulator, IclR family  27.54 
 
 		 263 aa  52.4  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.501857 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0421  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.2 
 
 		 281 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.455857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  25.21 
 
 		 261 aa  52.4  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 267 aa  52.4  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 274 aa  52.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0377  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.2 
 
 		 281 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000713598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  29.94 
 
 		 257 aa  52  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7402  Transcriptional regulator  23.75 
 
 		 299 aa  52  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 268 aa  52  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3407  transcriptional regulator, IclR family  24.58 
 
 		 255 aa  52  0.000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.351965  normal  0.802524 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  27.61 
 
 		 257 aa  52  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  25.85 
 
 		 254 aa  52  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00300  DNA-binding transcriptional activator, 3HPP-binding  25.54 
 
 		 315 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000821038  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3260  transcriptional regulator, IclR family  25.97 
 
 		 281 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000124832  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  26.42 
 
 		 252 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00304  hypothetical protein  25.97 
 
 		 277 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000752199  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3024  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.92 
 
 		 278 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3673  transcriptional regulator, IclR family  25.22 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.146603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0276  IclR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  28.83 
 
 		 250 aa  52  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 259 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1173  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0673646 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1199  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.960653  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  25.73 
 
 		 284 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2369  regulatory proteins, IclR  26.02 
 
 		 287 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2404  regulatory proteins, IclR  28.45 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1081  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1344  IclR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 262 aa  50.8  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.491684  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 259 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  34.51 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0720  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6045  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.820447 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  27.97 
 
 		 251 aa  51.2  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 250 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  29.9 
 
 		 257 aa  50.4  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 263 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0269  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25 
 
 		 260 aa  50.4  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.615423  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>