More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2750 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2750  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2608  regulatory protein, IclR  94.16 
 
 		 257 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2552  IclR family transcriptional regulator  89.41 
 
 		 257 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1294  IclR family transcriptional regulator  82.42 
 
 		 256 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56430  putative transcriptional regulator  68 
 
 		 256 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4911  putative transcriptional regulator  64.8 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.803448  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2112  IclR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 268 aa  89  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3992  transcriptional regulator, IclR family  29.37 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1863  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 266 aa  73.2  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.020859  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  34.32 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  31.18 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0839  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199028 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25.41 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  26.51 
 
 		 256 aa  62  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  24.4 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  34.55 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7517  transcriptional regulator, IclR family  25.47 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1685  transcriptional regulator, IclR family  26.12 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.857691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  30.96 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  27.92 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2678  transcriptional regulator for mhp operon  28.14 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.712892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  25.42 
 
 		 278 aa  58.5  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0410  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.66 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000385619  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  28.35 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0370  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.66 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000653427  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0897  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.75 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000478423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7402  Transcriptional regulator  28.31 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0318  regulatory proteins, IclR  28.4 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000583044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2369  regulatory proteins, IclR  27.04 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3279  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.23 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000040145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  28.65 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  29.17 
 
 		 280 aa  57  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0421  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.81 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.455857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0377  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.81 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000713598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  27.23 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  29.5 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00300  DNA-binding transcriptional activator, 3HPP-binding  26.29 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000821038  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  29.52 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1978  DNA-binding transcriptional activator MhpR  26.78 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.184195  normal  0.111389 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3260  transcriptional regulator, IclR family  26.38 
 
 		 281 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000124832  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00304  hypothetical protein  26.38 
 
 		 277 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000752199  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3103  transcriptional regulator, IclR family  27.63 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  27.67 
 
 		 252 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4434  transcriptional regulator, IclR family  26.72 
 
 		 261 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0001758  normal  0.639145 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  30.57 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3111  hypothetical protein  81.82 
 
 		 34 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.702735  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  25.76 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  25.16 
 
 		 261 aa  54.3  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2850  IclR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.526346  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  29.34 
 
 		 257 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15090  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.69 
 
 		 273 aa  54.3  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774699  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 273 aa  53.9  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  25.9 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1930  IclR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3492  regulatory proteins, IclR  27.33 
 
 		 258 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3062  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.69 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  0.0344191 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  25.21 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  25.93 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  32.69 
 
 		 249 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  27.59 
 
 		 251 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  26.97 
 
 		 258 aa  53.9  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  25.93 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  24.46 
 
 		 263 aa  53.5  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  25.93 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  25.93 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  22.67 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  25.93 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2883  IclR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 250 aa  53.1  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0306717  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0822  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 258 aa  53.1  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3098  IclR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 250 aa  53.1  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0903257  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1081  IclR family transcriptional regulator  32 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1022  IclR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 257 aa  53.5  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.767316  normal  0.65898 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  25.79 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2705  regulatory proteins, IclR  26.14 
 
 		 284 aa  53.1  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.393671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0269  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25.42 
 
 		 260 aa  52.8  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.615423  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5773  transcriptional regulator, IclR family  26.95 
 
 		 263 aa  52.8  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.501857 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0501  transcriptional regulator, IclR family  25.94 
 
 		 254 aa  52.8  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4534  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.57 
 
 		 296 aa  52.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 294 aa  52.4  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 274 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2252  transcriptional regulator, IclR family  25.66 
 
 		 263 aa  52.4  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.128917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>