More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1294 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1294  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 256 aa  520  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2750  IclR family transcriptional regulator  82.42 
 
 		 257 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2552  IclR family transcriptional regulator  81.57 
 
 		 257 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2608  regulatory protein, IclR  81.64 
 
 		 257 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56430  putative transcriptional regulator  66.8 
 
 		 256 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4911  putative transcriptional regulator  64.84 
 
 		 256 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.803448  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2112  IclR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 268 aa  95.9  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1863  IclR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.020859  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3992  transcriptional regulator, IclR family  28.06 
 
 		 272 aa  69.7  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  31.12 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2147  IclR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0897  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.74 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000478423  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  32.34 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  30.23 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0839  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199028 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3260  transcriptional regulator, IclR family  26.38 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000124832  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  30.38 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  24.5 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00300  DNA-binding transcriptional activator, 3HPP-binding  26.29 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000821038  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00304  hypothetical protein  26.38 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000752199  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2601  IclR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0687199 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7402  Transcriptional regulator  24.62 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  26.38 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0421  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25.96 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.455857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0377  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25.96 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000713598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  24.68 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  25.75 
 
 		 254 aa  58.5  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  34.62 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  27.44 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3279  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.16 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000040145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0370  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.16 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000653427  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  29.09 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  23.85 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0410  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.16 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000385619  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2267  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  26.81 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3242  IclR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.524532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1685  transcriptional regulator, IclR family  25.19 
 
 		 273 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.857691  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  27.04 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  30.05 
 
 		 264 aa  57  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  26.16 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0318  regulatory proteins, IclR  28.4 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000583044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  25.33 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25.31 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3062  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.54 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  0.0344191 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  25.86 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2404  regulatory proteins, IclR  30 
 
 		 275 aa  55.5  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  29.65 
 
 		 274 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  23.43 
 
 		 263 aa  55.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  26.82 
 
 		 250 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6236  IclR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  30.3 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  30.23 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  31 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2369  regulatory proteins, IclR  29.63 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  25.68 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1978  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.73 
 
 		 273 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.184195  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15090  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.73 
 
 		 273 aa  53.9  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774699  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3407  transcriptional regulator, IclR family  25.97 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.351965  normal  0.802524 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0951  IclR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  24.59 
 
 		 267 aa  54.3  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  24.76 
 
 		 263 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  27.5 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  28.09 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3492  regulatory proteins, IclR  26.58 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 250 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2875  IclR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102982  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3940  transcriptional regulator, IclR family  28.45 
 
 		 256 aa  53.5  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  23.58 
 
 		 263 aa  53.5  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4434  transcriptional regulator, IclR family  24.68 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0001758  normal  0.639145 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7517  transcriptional regulator, IclR family  25.79 
 
 		 281 aa  53.1  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  23.01 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  23.01 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  23.01 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  23.01 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  31.1 
 
 		 261 aa  53.1  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  23.01 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  26.78 
 
 		 267 aa  52.8  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 263 aa  52.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02910  IclR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186754 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 291 aa  52.8  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  23.58 
 
 		 263 aa  52.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2678  transcriptional regulator for mhp operon  27.16 
 
 		 299 aa  52.8  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.712892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0822  transcriptional regulator, IclR family  26.79 
 
 		 258 aa  52.4  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>