More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2125 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 
261 aa  524  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1199  IclR family transcriptional regulator  48.79 
 
 
274 aa  245  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.960653  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1769  IclR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
278 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.697095 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1173  IclR family transcriptional regulator  48.79 
 
 
274 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0673646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  49 
 
 
278 aa  245  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  48.03 
 
 
274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0720  IclR family transcriptional regulator  48.39 
 
 
274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2103  IclR family transcriptional regulator  47.58 
 
 
274 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
274 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2865  transcriptional regulator, putative  46.77 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1502  IclR family transcriptional regulator  46.77 
 
 
275 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.142531  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1370  IclR family transcriptional regulator  46.77 
 
 
275 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557476  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1366  IclR family transcriptional regulator  46.77 
 
 
275 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0501945  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1081  IclR family transcriptional regulator  49.51 
 
 
230 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  41.46 
 
 
280 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2596  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
268 aa  199  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.800266  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4308  IclR family transcriptional regulator  52.84 
 
 
211 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000933237  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0530  regulatory protein, IclR  39.27 
 
 
265 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0227  transcriptional regulator, IclR family  37.9 
 
 
291 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.580267  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1787  transcriptional regulator, putative  55.33 
 
 
180 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000180393  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3170  IclR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
284 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1231  IclR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
281 aa  162  8.000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.418488 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0201  IclR family transcriptional regulator  37.9 
 
 
284 aa  159  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0221  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
284 aa  158  9e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.200996  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1134  regulatory proteins, IclR  39.45 
 
 
313 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.458638 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2437  IclR family transcriptional regulator  36.25 
 
 
274 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.404783  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1174  IclR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
281 aa  156  4e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0720169  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1055  IclR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
281 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55328  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4239  transcriptional regulator, IclR family  34.25 
 
 
288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3643  putative transcriptional regulator  35.55 
 
 
284 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1745  IclR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
292 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622838  normal  0.0427002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43430  IclR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
288 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1596  transcriptional regulator, IclR family  39.09 
 
 
312 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3554  IclR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
292 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.537366  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0806  IclR family transcriptional regulator  39.35 
 
 
267 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1391  IclR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
263 aa  145  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4086  transcriptional regulator, IclR family  32.54 
 
 
283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3903  IclR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
272 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0979619 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3221  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
267 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00625745  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2063  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
263 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3235  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
312 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3183  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
267 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2680  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
267 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0847  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
267 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1929  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
267 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2652  IclR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
274 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0777  transcriptional regulator, IclR family  34.69 
 
 
261 aa  142  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.866752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7075  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
273 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2225  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
292 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0093457  normal  0.42104 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4732  IclR family transcriptional regulator family  35.74 
 
 
274 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0612254  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3981  IclR family transcriptional regulator family  33.06 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.010992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0267  IclR family transcriptional regulator  32 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0814  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
263 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0783  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
263 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0331  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
263 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1082  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.400531  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  30.34 
 
 
267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3907  IclR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7316  IclR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
289 aa  129  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0022  transcriptional regulator, IclR family  30.34 
 
 
267 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0695  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
263 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2569  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459905  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0712  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326731  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3662  regulatory protein, IclR  32.11 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7626  IclR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
277 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  0.825014 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3880  regulatory protein, IclR  32.22 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0773  transcriptional regulator, IclR family  36.59 
 
 
275 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.424221  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0707  transcriptional regulator, IclR family  36.69 
 
 
274 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0780605 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0757  putative transcription regulator protein  36.36 
 
 
273 aa  122  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1817  IclR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109987  normal  0.0137761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1756  IclR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
262 aa  115  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7585  IclR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
567 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1216  IclR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2498  regulatory proteins, IclR  32.37 
 
 
635 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0532192  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0362  IclR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1818  IclR family transcriptional regulator  27.67 
 
 
264 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  0.0123424 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7315  IclR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
262 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0111  regulatory proteins, IclR  29.09 
 
 
262 aa  106  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.905367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0128  transcriptional regulator, IclR family  28.64 
 
 
262 aa  105  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.812702  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7143  IclR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
290 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.396253  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1670  regulatory protein, IclR  30.23 
 
 
274 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0894994  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1215  IclR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
270 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.39348  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6216  transcriptional regulator, IclR family  30.08 
 
 
260 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121884  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6215  transcriptional regulator, IclR family  29.46 
 
 
259 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0754  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
275 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498263  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0752  transcriptional regulator, IclR family  27.92 
 
 
291 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238531  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6045  IclR family transcriptional regulator  33 
 
 
268 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.820447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0691  IclR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
260 aa  96.7  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0340  IclR family transcriptional regulator  24.49 
 
 
260 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  29.09 
 
 
257 aa  95.9  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  25.22 
 
 
264 aa  95.5  7e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  25.68 
 
 
257 aa  95.5  8e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2760  hypothetical protein  28.7 
 
 
271 aa  93.6  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.202707  normal  0.0135051 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3915  transcriptional regulator  28.16 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504106  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4222  IclR family transcriptional regulator family  30.23 
 
 
266 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3572  IclR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
328 aa  90.5  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
268 aa  89.7  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3701  regulatory protein, IclR  27.46 
 
 
268 aa  89.4  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.228275  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1537  regulatory protein, IclR  29.84 
 
 
315 aa  88.6  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  25.3 
 
 
256 aa  87  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>