163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2112 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2112  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  541  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15090  DNA-binding transcriptional activator MhpR  33.46 
 
 		 273 aa  96.3  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774699  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1294  IclR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 256 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2608  regulatory protein, IclR  29.01 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56430  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 256 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3992  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 272 aa  92.4  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4911  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 256 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.803448  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0897  DNA-binding transcriptional activator MhpR  30.27 
 
 		 278 aa  89.4  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000478423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2750  IclR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 257 aa  89  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337487 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0269  DNA-binding transcriptional activator MhpR  30.19 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.615423  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1863  IclR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.020859  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0421  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.16 
 
 		 281 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.455857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3279  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.16 
 
 		 281 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000040145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0377  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.16 
 
 		 281 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000713598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0410  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.16 
 
 		 315 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000385619  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0370  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.16 
 
 		 315 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000653427  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00300  DNA-binding transcriptional activator, 3HPP-binding  27.76 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000821038  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3260  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 281 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000124832  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00304  hypothetical protein  27.76 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000752199  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2330  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.52 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.497147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2678  transcriptional regulator for mhp operon  30.62 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.712892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1685  transcriptional regulator, IclR family  31.32 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.857691  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2552  IclR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 257 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4534  DNA-binding transcriptional activator MhpR  30.34 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0931  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.68 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0834  DNA-binding transcriptional activator MhpR  30.19 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7402  Transcriptional regulator  27.83 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0839  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1978  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25.61 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.184195  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3062  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.24 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  0.0344191 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0926  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.56 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7409  Transcriptional regulator  29.68 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  23.74 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  26.67 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 324 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2125  transcriptional regulator, IclR family  25.22 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 283 aa  53.9  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  26.54 
 
 		 265 aa  53.5  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3948  IclR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 288 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.026727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  26.32 
 
 		 272 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  22.81 
 
 		 324 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  26.32 
 
 		 272 aa  53.5  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  25.35 
 
 		 280 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  25.11 
 
 		 264 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  26.52 
 
 		 248 aa  52.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  24.89 
 
 		 257 aa  52.4  0.000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1055  IclR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1497  IclR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0201  IclR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4432  transcriptional regulator, IclR family  30.24 
 
 		 292 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560872  normal  0.259471 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1231  IclR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 281 aa  51.2  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.418488 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6032  IclR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0221  IclR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.200996  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0751  IclR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 292 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4726  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 300 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3637  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 300 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792944  normal  0.338947 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2069  hypothetical protein  30.51 
 
 		 138 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6631  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 281 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000095727  normal  0.978308 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1332  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 284 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2498  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 284 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 294 aa  50.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0315  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 284 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301467  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0591  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 284 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1311  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 284 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512593  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1238  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 284 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.159312  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0976  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 284 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5378  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 295 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.60703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3542  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 295 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 264 aa  49.7  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1062  IclR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 255 aa  48.9  0.00008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.154207  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 286 aa  48.9  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5057  IclR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 292 aa  48.9  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.864293  normal  0.0584294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  28.03 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  25.1 
 
 		 277 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3643  putative transcriptional regulator  28.05 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0569  transcriptional regulator, IclR family  21.37 
 
 		 251 aa  47  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1109  IclR family transcriptional regulator  20.45 
 
 		 285 aa  47  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0131457  normal  0.23204 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  25.43 
 
 		 277 aa  47.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19700  transcriptional regulator, IclR family  24.66 
 
 		 272 aa  47.4  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.089385  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  20.08 
 
 		 267 aa  46.6  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1991  regulatory proteins, IclR  25.29 
 
 		 269 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0527624  normal  0.0427076 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2170  IclR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 252 aa  47  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  25.3 
 
 		 266 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  24.9 
 
 		 251 aa  46.6  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  26.32 
 
 		 266 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  21.96 
 
 		 275 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  26.32 
 
 		 266 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  26.32 
 
 		 266 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  21.96 
 
 		 275 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  26.32 
 
 		 266 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5595  IclR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 285 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.328221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3662  IclR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 285 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.115277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0051  DNA-binding transcriptional activator MhpR  25.47 
 
 		 272 aa  46.2  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4099  IclR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 285 aa  45.8  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.313873 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4705  IclR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 285 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0690054  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  24.6 
 
 		 278 aa  46.2  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>