More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2992 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2992  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 		 269 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.772268  normal  0.459259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3775  Alpha/beta hydrolase fold  57.99 
 
 		 273 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0763681  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1604  hydrolase, putative  58.96 
 
 		 273 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.626551  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3182  alpha/beta hydrolase fold  60.84 
 
 		 267 aa  338  7e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.44747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1312  putative hydrolase  59.85 
 
 		 267 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718757  normal  0.106288 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5295  alpha/beta hydrolase fold  59.54 
 
 		 267 aa  334  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6440  alpha/beta hydrolase fold  54.58 
 
 		 268 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0618  alpha/beta hydrolase fold protein  55.51 
 
 		 263 aa  307  1.0000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4078  alpha/beta hydrolase fold  56.27 
 
 		 267 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3813  alpha/beta hydrolase fold protein  55.51 
 
 		 264 aa  299  4e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.580817  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2642  alpha/beta hydrolase fold protein  52.09 
 
 		 288 aa  290  1e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554493  normal  0.31164 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0620  alpha/beta hydrolase fold protein  51.91 
 
 		 263 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118573  normal  0.0593878 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2631  alpha/beta hydrolase fold protein  50.38 
 
 		 268 aa  287  2e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.794805 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3851  alpha/beta hydrolase fold protein  51.14 
 
 		 272 aa  280  1e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.827885  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2922  alpha/beta hydrolase fold  49.62 
 
 		 266 aa  278  5e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.194736 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2892  alpha/beta hydrolase fold  49.62 
 
 		 266 aa  278  5e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.360305  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2936  alpha/beta hydrolase fold  49.62 
 
 		 266 aa  278  5e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2309  alpha/beta hydrolase fold  49.62 
 
 		 270 aa  276  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.118678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2854  alpha/beta hydrolase fold protein  51.15 
 
 		 276 aa  271  9e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0447  hydrolase  47.91 
 
 		 269 aa  265  5.999999999999999e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3346  alpha/beta hydrolase fold protein  50.38 
 
 		 274 aa  265  8e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3625  alpha/beta hydrolase fold  50.38 
 
 		 274 aa  263  2e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3856  alpha/beta hydrolase fold  46.95 
 
 		 266 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.76945  normal  0.0647678 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1987  alpha/beta hydrolase fold  47.08 
 
 		 268 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01668  alpha/beta hydrolase  45.42 
 
 		 245 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.367344  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2097  alpha/beta hydrolase fold  46.77 
 
 		 281 aa  232  5e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.421865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1822  alpha/beta hydrolase fold  44.02 
 
 		 267 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0693506  normal  0.197549 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2929  alpha/beta hydrolase fold  40.44 
 
 		 287 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.912564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4363  alpha/beta hydrolase fold  44.23 
 
 		 282 aa  199  3.9999999999999996e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5274  alpha/beta hydrolase fold protein  34.98 
 
 		 268 aa  181  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5821  alpha/beta hydrolase fold protein  32.83 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.726094  decreased coverage  0.00151832 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  25.9 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2420  alpha/beta hydrolase fold  25.3 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0232728  decreased coverage  0.0000010023 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0832  alpha/beta hydrolase fold  24.9 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3429  alpha/beta hydrolase fold protein  24.42 
 
 		 270 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.210707 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0318  bioH protein  24.41 
 
 		 259 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1131  bioH protein  23.19 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  24.52 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3924  bioH protein  25.2 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.936  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2628  non-heme peroxidase, putative  25.3 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  22.85 
 
 		 277 aa  75.5  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  25 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2792  alpha/beta hydrolase fold protein  24.71 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.377437 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3779  cyclic nucleotide-binding protein  25.38 
 
 		 453 aa  72.4  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0440455  normal  0.0476196 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0392  alpha/beta hydrolase fold  23.57 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  23.75 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0236  bioH protein  22.44 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  25.2 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0493  alpha/beta hydrolase fold  23.72 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.5355  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4279  alpha/beta hydrolase fold  24.56 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0429244  normal  0.222336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0565  alpha/beta hydrolase fold protein  24.32 
 
 		 270 aa  68.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.441314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4117  bioH protein  24.03 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  22.76 
 
 		 284 aa  68.9  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4632  bioH protein  22.93 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  24.31 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0537  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  24.23 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.169084  normal  0.40861 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4681  alpha/beta hydrolase fold protein  23.66 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1227  alpha/beta hydrolase fold protein  22.31 
 
 		 387 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1299  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  22.14 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2308  alpha/beta fold family hydrolase  24.53 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2092  alpha/beta hydrolase fold  23.2 
 
 		 275 aa  66.2  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.168465  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4002  alpha/beta hydrolase fold protein  24.47 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1989  alpha/beta hydrolase fold  25.68 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2065  cyclic nucleotide-binding protein  23.85 
 
 		 462 aa  65.9  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6134  alpha/beta hydrolase fold  26.14 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.639564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1620  alpha/beta hydrolase fold  25.29 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2186  alpha/beta hydrolase fold  23.74 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  normal  0.0104455 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3857  hydrolase, alpha/beta fold family  23.11 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2626  alpha/beta hydrolase fold  22.01 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0626174  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2284  2-hydroxy-6-oxohepta-24-dienoate hydrolase  25.38 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.29683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0531  alpha/beta hydrolase fold  25.55 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1811  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  23.74 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00537081  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3307  alpha/beta fold family hydrolase  22.81 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0353  alpha/beta hydrolase fold  23.25 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  23.62 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  22.63 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3245  alpha/beta hydrolase fold  22.35 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2456  alpha/beta hydrolase fold  22.76 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0153839  normal  0.505758 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0199  carboxylesterase BioH  23.32 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.701098  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3527  alpha/beta hydrolase fold  23.08 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425595  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0226  alpha/beta hydrolase fold  23.79 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0829  alpha/beta hydrolase fold  21.57 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.41609  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2696  putative hydrolase  22.9 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1030  alpha/beta hydrolase fold  23.05 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.999949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  23.64 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  24.37 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1988  alpha/beta hydrolase superfamily protein  24.45 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.150126 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3014  alpha/beta hydrolase fold protein  24.43 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  22.4 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1786  cyclic nucleotide-binding protein  25.19 
 
 		 462 aa  62.8  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00355982 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2613  alpha/beta hydrolase  21.7 
 
 		 270 aa  62.4  0.000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.101876  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0725  alpha/beta hydrolase fold protein  20.99 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03993  putative bioH protein  23.6 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.39714  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3893  alpha/beta hydrolase fold protein  25.19 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3601  alpha/beta fold family hydrolase  22.71 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3768  hydrolase, alpha/beta fold family  22.71 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000504294 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3887  alpha/beta fold family hydrolase  22.71 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3361  alpha/beta hydrolase fold  24.05 
 
 		 340 aa  62  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.013073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2629  alpha/beta hydrolase fold protein  24.61 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000794828  hitchhiker  0.00279844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3783  carboxylesterase BioH  23.19 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>