257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2861 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2861  allophanate hydrolase subunit 1  100 
 
 		 295 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107171  normal  0.480296 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2921  allophanate hydrolase subunit 1  97.28 
 
 		 313 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2771  allophanate hydrolase subunit 1  96.94 
 
 		 295 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2119  allophanate hydrolase subunit 1  94.22 
 
 		 295 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00766127  normal  0.384729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2721  hypothetical protein  92.66 
 
 		 290 aa  547  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.919225  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2935  hypothetical protein  91.96 
 
 		 290 aa  544  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.19158  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0598  hypothetical protein  81.4 
 
 		 292 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06460  hypothetical protein  81.75 
 
 		 292 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000360881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2478  Allophanate hydrolase subunit 1  77.54 
 
 		 294 aa  461  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2382  Allophanate hydrolase subunit 1  74.74 
 
 		 293 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1883  allophanate hydrolase, subunit 1  71.33 
 
 		 291 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1720  allophanate hydrolase, subunit 1  71.33 
 
 		 291 aa  435  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2159  allophanate hydrolase, subunit 1  71.33 
 
 		 291 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0896  allophanate hydrolase, subunit 1  71.33 
 
 		 291 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1182  allophanate hydrolase, subunit 1  71.33 
 
 		 291 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0363  allophanate hydrolase, subunit 1  71.33 
 
 		 291 aa  435  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0271  allophanate hydrolase, subunit 1  70.98 
 
 		 291 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0366  allophanate hydrolase subunit 1  73.33 
 
 		 291 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0127  allophanate hydrolase subunit 1  67.01 
 
 		 294 aa  428  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.821991  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6283  allophanate hydrolase subunit 1  73.68 
 
 		 291 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0008  allophanate hydrolase subunit 1  69.52 
 
 		 303 aa  424  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4580  allophanate hydrolase subunit 1  71.38 
 
 		 311 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.632087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2954  allophanate hydrolase subunit 1  71.93 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.975999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2438  allophanate hydrolase subunit 1  68.07 
 
 		 289 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5869  Allophanate hydrolase subunit 1  63.64 
 
 		 291 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3256  allophanate hydrolase subunit 1  62.46 
 
 		 291 aa  388  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.350388  normal  0.431322 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4043  Allophanate hydrolase subunit 1  49.82 
 
 		 300 aa  293  2e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.797104  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1574  Urea carboxylase  30.6 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.96958  normal  0.273828 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0606  allophanate hydrolase subunit 2  32.16 
 
 		 1197 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0957568  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2606  urea carboxylase  32.52 
 
 		 1172 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0287573 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2188  allophanate hydrolase subunit 2  29.29 
 
 		 1183 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3089  urea carboxylase  27.17 
 
 		 1204 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.176139  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2727  biotin carboxylation domain-containing protein  29.59 
 
 		 1162 aa  97.4  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.321905  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2304  urea carboxylase  27.44 
 
 		 1209 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3722  urea carboxylase  28.83 
 
 		 1176 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.848646  normal  0.673189 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1792  allophanate hydrolase subunit 2  27.8 
 
 		 1206 aa  95.9  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.73882  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4017  urea carboxylase  28.47 
 
 		 1176 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.877001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1892  Urea carboxylase  28.47 
 
 		 1205 aa  94.7  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.434507  normal  0.299649 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  25.27 
 
 		 1822 aa  94  3e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3888  urea amidolyase related protein  29.17 
 
 		 677 aa  93.2  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0446544  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1105  urea carboxylase  28.52 
 
 		 1208 aa  92.8  6e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1594  urea amidolyase related protein  28.57 
 
 		 663 aa  92.4  8e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4531  allophanate hydrolase subunit 2  27.74 
 
 		 1183 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0798  urea carboxylase  27.76 
 
 		 1208 aa  91.3  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.467421  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2502  propionyl-coenzyme A carboxylase alpha polypeptide  27.5 
 
 		 1243 aa  90.5  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3900  urea carboxylase  28.93 
 
 		 1179 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.201135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1588  urea carboxylase  28.87 
 
 		 1182 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6105  urea carboxylase  27.8 
 
 		 1179 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.164711  normal  0.417784 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0943  allophanate hydrolase subunit 2  27.24 
 
 		 1212 aa  90.1  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.648902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2680  urea carboxylase  26.37 
 
 		 1200 aa  89.7  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1358  biotin carboxylation domain-containing protein  26.98 
 
 		 1231 aa  89  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.306676  normal  0.336229 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1595  allophanate hydrolase subunit 1  23.14 
 
 		 243 aa  89  8e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2393  urea carboxylase  26.37 
 
 		 1201 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3977  Urea amidolyase-related protein  28.52 
 
 		 1488 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1222  Urea carboxylase  27.4 
 
 		 1180 aa  87.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1338  allophanate hydrolase subunit 2  27.84 
 
 		 1210 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0387482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6517  urea carboxylase  27.44 
 
 		 1179 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4883  allophanate hydrolase subunit 2  29.39 
 
 		 1233 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104085  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0710  urea carboxylase  27.9 
 
 		 1212 aa  86.3  6e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013863 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4449  urea carboxylase  27.74 
 
 		 1238 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4243  urea amidolyase-related protein  27.04 
 
 		 1226 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1384  Urea amidolyase-related protein  27.08 
 
 		 1205 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578782  normal  0.0177378 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3450  hypothetical protein  31.65 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3095  allophanate hydrolase subunit 1  30.8 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5228  urea carboxylase  26.51 
 
 		 1203 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3669  urea amidolyase related protein  30.7 
 
 		 1234 aa  83.6  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0710  Allophanate hydrolase subunit 1  23.64 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00179377  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5558  allophanate hydrolase subunit 2  28.29 
 
 		 1205 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.453459  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5923  biotin carboxylation region  28.29 
 
 		 1205 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.559652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3792  urea amidolyase related protein  31.13 
 
 		 1228 aa  82.8  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0766  urea carboxylase  26.07 
 
 		 1201 aa  82.4  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2163  urea carboxylase  27.7 
 
 		 1204 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.278684  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6430  urea carboxylase  28.41 
 
 		 1205 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.646743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3979  urea carboxylase  28.1 
 
 		 1203 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02000  conserved hypothetical protein TIGR00370  25.1 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3430  allophanate hydrolase subunit 1  28.63 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.381456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0904  Urea carboxylase  27.05 
 
 		 1204 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.332628  normal  0.0380086 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1666  hypothetical protein  22.78 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.947071  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2748  urea carboxylase  27.08 
 
 		 1204 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1700  hypothetical protein  22.78 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2361  urea amidolyase related protein  28.64 
 
 		 1200 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1172  hypothetical protein  22.39 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2047  allophanate hydrolase subunit 1  31.31 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.684193  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1821  biotin carboxylation domain-containing protein  26.88 
 
 		 1205 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.234186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1840  allophanate hydrolase  26.88 
 
 		 1205 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1887  biotin carboxylation domain-containing protein  26.88 
 
 		 1205 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1270  Allophanate hydrolase subunit 1  24.79 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1419  Urea carboxylase  27.65 
 
 		 1207 aa  74.3  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3728  urea carboxylase  27.69 
 
 		 1220 aa  73.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0435399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1950  Allophanate hydrolase subunit 1  27.44 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000391255  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0036  biotin carboxylation domain-containing protein  25.26 
 
 		 1203 aa  72.8  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879734 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0449  hypothetical protein  29.92 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0230  hypothetical protein  29.8 
 
 		 259 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0266  putative allophanate hydrolase, subunit 1  29.92 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251765  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1814  Allophanate hydrolase subunit 1  26.94 
 
 		 241 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21016  normal  0.134293 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0074  allophanate hydrolase subunit 2  26.48 
 
 		 1201 aa  71.6  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.755435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06200  conserved hypothetical protein TIGR00370  28.06 
 
 		 203 aa  71.6  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.288812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1214  allophanate hydrolase subunit 1  31.61 
 
 		 218 aa  72  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.491442  normal  0.0321852 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0254  putative allophanate hydrolase, subunit 1  29.92 
 
 		 256 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2502  urea carboxylase  27.35 
 
 		 1204 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>