More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1588 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001308  ANIA_00887  Putative urea carboxylase (EC 6.3.4.6)(Urea amidolyase)(Lactam utilization protein lamA) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P38095]  39.13 
 
 
1241 aa  824    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.547459  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4017  urea carboxylase  70.7 
 
 
1176 aa  1651    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.877001  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6430  urea carboxylase  59 
 
 
1205 aa  1366    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.646743  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4243  urea amidolyase-related protein  52.37 
 
 
1226 aa  1246    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0710  urea carboxylase  50.5 
 
 
1212 aa  1056    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000013863 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6517  urea carboxylase  71.49 
 
 
1179 aa  1710    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3977  Urea amidolyase-related protein  54.52 
 
 
1488 aa  818    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0074  allophanate hydrolase subunit 2  57.62 
 
 
1201 aa  1319    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.755435  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1594  urea amidolyase related protein  55.45 
 
 
663 aa  705    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0766  urea carboxylase  52.15 
 
 
1201 aa  1202    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5228  urea carboxylase  58.5 
 
 
1203 aa  1358    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120809  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4883  allophanate hydrolase subunit 2  57.89 
 
 
1233 aa  1313    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104085  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2502  urea carboxylase  53.05 
 
 
1204 aa  1253    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0045  urea carboxylase  54.96 
 
 
1197 aa  1276    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2680  urea carboxylase  53.75 
 
 
1200 aa  1265    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6105  urea carboxylase  71.67 
 
 
1179 aa  1721    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.164711  normal  0.417784 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1338  allophanate hydrolase subunit 2  53.18 
 
 
1210 aa  1256    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0387482  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1821  biotin carboxylation domain-containing protein  53.39 
 
 
1205 aa  1179    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.234186  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2361  urea amidolyase related protein  57.24 
 
 
1200 aa  1320    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3728  urea carboxylase  53.46 
 
 
1220 aa  1183    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0435399  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3792  urea amidolyase related protein  55.03 
 
 
1228 aa  1244    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1792  allophanate hydrolase subunit 2  54.31 
 
 
1206 aa  1327    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.73882  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3979  urea carboxylase  55.35 
 
 
1203 aa  1264    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0943  allophanate hydrolase subunit 2  56.48 
 
 
1212 aa  1367    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.648902  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3900  urea carboxylase  70.2 
 
 
1179 aa  1603    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.201135 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  47.05 
 
 
1822 aa  1101    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0606  allophanate hydrolase subunit 2  55.59 
 
 
1197 aa  1286    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0957568  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1588  urea carboxylase  100 
 
 
1182 aa  2390    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0904  Urea carboxylase  53.06 
 
 
1204 aa  1123    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.332628  normal  0.0380086 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1358  biotin carboxylation domain-containing protein  52.07 
 
 
1231 aa  1236    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.306676  normal  0.336229 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1127  putative allophanate hydrolase  53.58 
 
 
1209 aa  1278    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2727  biotin carboxylation domain-containing protein  61.02 
 
 
1162 aa  1325    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.321905  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1105  urea carboxylase  50.87 
 
 
1208 aa  1193    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4531  allophanate hydrolase subunit 2  80.37 
 
 
1183 aa  1951    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3888  urea amidolyase related protein  56.02 
 
 
677 aa  729    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0446544  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2748  urea carboxylase  52.81 
 
 
1204 aa  1216    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2606  urea carboxylase  63.4 
 
 
1172 aa  1510    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0287573 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1384  Urea amidolyase-related protein  58.31 
 
 
1205 aa  1337    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578782  normal  0.0177378 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2163  urea carboxylase  53.43 
 
 
1204 aa  1271    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.278684  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2188  allophanate hydrolase subunit 2  83.74 
 
 
1183 aa  2022    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1892  Urea carboxylase  61.99 
 
 
1205 aa  1473    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.434507  normal  0.299649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3722  urea carboxylase  70.62 
 
 
1176 aa  1657    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.848646  normal  0.673189 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1887  biotin carboxylation domain-containing protein  53.39 
 
 
1205 aa  1175    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2304  urea carboxylase  57.08 
 
 
1209 aa  1355    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198231  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2393  urea carboxylase  54 
 
 
1201 aa  1272    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3089  urea carboxylase  56.95 
 
 
1204 aa  1365    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.176139  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5558  allophanate hydrolase subunit 2  59.45 
 
 
1205 aa  1364    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.453459  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1840  allophanate hydrolase  53.39 
 
 
1205 aa  1175    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1222  Urea carboxylase  71.68 
 
 
1180 aa  1671    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26806  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0036  biotin carboxylation domain-containing protein  56.74 
 
 
1203 aa  1322    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.879734 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5923  biotin carboxylation region  59.45 
 
 
1205 aa  1364    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.559652  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4449  urea carboxylase  57.37 
 
 
1238 aa  1289    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2502  propionyl-coenzyme A carboxylase alpha polypeptide  66.05 
 
 
1243 aa  1642    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0703  urea amidolyase related protein  53.35 
 
 
1209 aa  1249    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0798  urea carboxylase  57.03 
 
 
1208 aa  1379    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.467421  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3669  urea amidolyase related protein  53.25 
 
 
1234 aa  1192    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1419  Urea carboxylase  53.38 
 
 
1207 aa  1249    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1803  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  48.3 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.220445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2772  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  45.83 
 
 
671 aa  412  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.187116 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2561  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.37 
 
 
445 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5537800000000004e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2811  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.14 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387379 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2370  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.37 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.17472  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2328  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.37 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.611182  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2286  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.37 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1318  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  49.67 
 
 
668 aa  408  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.185641  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2548  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.37 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0015  biotin carboxylase  49.77 
 
 
673 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2512  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.14 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1223  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  49.34 
 
 
668 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.116496  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2604  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.37 
 
 
445 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.189257  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2549  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.14 
 
 
445 aa  405  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.569347  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0018  biotin carboxylase  49.77 
 
 
673 aa  405  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2356  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.14 
 
 
445 aa  405  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.488234  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0052  biotin carboxylase  48.21 
 
 
662 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0487  propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  45.31 
 
 
655 aa  404  1e-111  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3756  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  49.01 
 
 
682 aa  403  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0388867  normal  0.0417354 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4238  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.02 
 
 
670 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0434  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  50.89 
 
 
659 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2515  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  49.12 
 
 
682 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370768  normal  0.591821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2379  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  48.35 
 
 
682 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.315609  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4902  putative acyl-CoA carboxylase biotin-carrying subunit  45.06 
 
 
671 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.928975  normal  0.0609126 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1840  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  45.93 
 
 
450 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1878  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  49.44 
 
 
673 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241293  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2043  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  48.13 
 
 
682 aa  399  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114869  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0815  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  48.59 
 
 
673 aa  398  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.450975  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0723  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  48.28 
 
 
681 aa  398  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.124518  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0039  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  49.21 
 
 
655 aa  399  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.540073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1853  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.91 
 
 
682 aa  398  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0175  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  48.54 
 
 
449 aa  398  1e-109  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1874  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  49 
 
 
669 aa  395  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3585  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.66 
 
 
671 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.930093  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6137  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  50 
 
 
667 aa  396  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768375  normal  0.18157 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00721  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  45.5 
 
 
449 aa  394  1e-108  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.249054  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0062  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  45.72 
 
 
448 aa  396  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1147  3-methylcrotonoyl-CoA carboxylase, alpha subunit  44.9 
 
 
667 aa  393  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.221564 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4726  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.22 
 
 
675 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.248111  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2889  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  49.55 
 
 
660 aa  396  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.894613  normal  0.421393 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30510  acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  50.7 
 
 
665 aa  394  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.434229 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2788  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.84 
 
 
673 aa  395  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.683073  normal  0.298513 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1020  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  49.44 
 
 
670 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>