More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2188 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001308  ANIA_00887  Putative urea carboxylase (EC 6.3.4.6)(Urea amidolyase)(Lactam utilization protein lamA) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P38095]  39.36 
 
 		 1241 aa  837    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.547459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2606  urea carboxylase  62.88 
 
 		 1172 aa  1496    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0287573 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3888  urea amidolyase related protein  55.71 
 
 		 677 aa  708    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0446544  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4243  urea amidolyase-related protein  52.41 
 
 		 1226 aa  1228    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2361  urea amidolyase related protein  57.56 
 
 		 1200 aa  1338    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2680  urea carboxylase  53.59 
 
 		 1200 aa  1237    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3792  urea amidolyase related protein  54.07 
 
 		 1228 aa  1213    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6105  urea carboxylase  71.13 
 
 		 1179 aa  1713    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.164711  normal  0.417784 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3977  Urea amidolyase-related protein  55.11 
 
 		 1488 aa  818    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0074  allophanate hydrolase subunit 2  57.72 
 
 		 1201 aa  1325    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.755435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0798  urea carboxylase  57.27 
 
 		 1208 aa  1375    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.467421  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4883  allophanate hydrolase subunit 2  57.74 
 
 		 1233 aa  1293    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104085  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2502  propionyl-coenzyme A carboxylase alpha polypeptide  69.81 
 
 		 1243 aa  1063    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1338  allophanate hydrolase subunit 2  53.22 
 
 		 1210 aa  1253    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0387482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4449  urea carboxylase  56.79 
 
 		 1238 aa  1278    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0766  urea carboxylase  52.12 
 
 		 1201 aa  1194    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3900  urea carboxylase  70.4 
 
 		 1179 aa  1624    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.201135 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1887  biotin carboxylation domain-containing protein  53.18 
 
 		 1205 aa  1158    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1588  urea carboxylase  83.77 
 
 		 1182 aa  2036    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1792  allophanate hydrolase subunit 2  53.77 
 
 		 1206 aa  1297    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.73882  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0943  allophanate hydrolase subunit 2  56.46 
 
 		 1212 aa  1357    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.648902  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2163  urea carboxylase  51.89 
 
 		 1204 aa  1241    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.278684  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  46.8 
 
 		 1822 aa  1102    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3979  urea carboxylase  54.82 
 
 		 1203 aa  1237    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0606  allophanate hydrolase subunit 2  56.3 
 
 		 1197 aa  1295    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0957568  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1222  Urea carboxylase  71.3 
 
 		 1180 aa  1685    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5228  urea carboxylase  57.73 
 
 		 1203 aa  1345    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1419  Urea carboxylase  51.85 
 
 		 1207 aa  1207    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2727  biotin carboxylation domain-containing protein  60.37 
 
 		 1162 aa  1310    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.321905  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1127  putative allophanate hydrolase  54.08 
 
 		 1209 aa  1269    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1105  urea carboxylase  51 
 
 		 1208 aa  1192    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2304  urea carboxylase  57.66 
 
 		 1209 aa  1369    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4531  allophanate hydrolase subunit 2  81.86 
 
 		 1183 aa  1994    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1384  Urea amidolyase-related protein  57.47 
 
 		 1205 aa  1314    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578782  normal  0.0177378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3722  urea carboxylase  70.5 
 
 		 1176 aa  1670    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.848646  normal  0.673189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2188  allophanate hydrolase subunit 2  100 
 
 		 1183 aa  2400    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2502  urea carboxylase  52.01 
 
 		 1204 aa  1225    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2393  urea carboxylase  53.7 
 
 		 1201 aa  1237    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1358  biotin carboxylation domain-containing protein  52.43 
 
 		 1231 aa  1231    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.306676  normal  0.336229 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3089  urea carboxylase  56.19 
 
 		 1204 aa  1350    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.176139  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6430  urea carboxylase  58.24 
 
 		 1205 aa  1342    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.646743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0045  urea carboxylase  53.76 
 
 		 1197 aa  1242    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5558  allophanate hydrolase subunit 2  58.16 
 
 		 1205 aa  1335    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.453459  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1840  allophanate hydrolase  53.18 
 
 		 1205 aa  1158    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2748  urea carboxylase  52.72 
 
 		 1204 aa  1199    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0904  Urea carboxylase  52.3 
 
 		 1204 aa  1102    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.332628  normal  0.0380086 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0710  urea carboxylase  49.75 
 
 		 1212 aa  1038    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013863 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0036  biotin carboxylation domain-containing protein  56.73 
 
 		 1203 aa  1306    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879734 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0703  urea amidolyase related protein  53.38 
 
 		 1209 aa  1222    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6517  urea carboxylase  70.36 
 
 		 1179 aa  1691    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1821  biotin carboxylation domain-containing protein  53.26 
 
 		 1205 aa  1161    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.234186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3728  urea carboxylase  52.42 
 
 		 1220 aa  1164    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0435399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1892  Urea carboxylase  61.79 
 
 		 1205 aa  1463    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.434507  normal  0.299649 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3669  urea amidolyase related protein  51.71 
 
 		 1234 aa  1155    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5923  biotin carboxylation region  58.16 
 
 		 1205 aa  1335    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.559652  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1594  urea amidolyase related protein  53.48 
 
 		 663 aa  692    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4017  urea carboxylase  70.84 
 
 		 1176 aa  1668    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.877001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1803  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  49.21 
 
 		 445 aa  416  1e-114  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.220445  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1840  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.29 
 
 		 450 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2561  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  48.05 
 
 		 445 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5537800000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0015  biotin carboxylase  49.89 
 
 		 673 aa  404  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2549  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.29 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.569347  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2370  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  48.05 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.17472  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2286  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.83 
 
 		 445 aa  403  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2604  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.83 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.189257  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3756  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  48.79 
 
 		 682 aa  405  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0388867  normal  0.0417354 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2548  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  48.05 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2811  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.83 
 
 		 445 aa  405  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387379 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2441  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  49.32 
 
 		 450 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2512  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.83 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2356  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.6 
 
 		 445 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.488234  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0018  biotin carboxylase  49.89 
 
 		 673 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4238  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  44.12 
 
 		 670 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2328  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  47.83 
 
 		 445 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.611182  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0175  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  48.54 
 
 		 449 aa  400  9.999999999999999e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2515  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  48.9 
 
 		 682 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370768  normal  0.591821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1853  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.74 
 
 		 682 aa  403  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2043  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  47.74 
 
 		 682 aa  403  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2788  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  49.57 
 
 		 673 aa  399  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.683073  normal  0.298513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0052  biotin carboxylase  47.64 
 
 		 662 aa  398  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2379  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  47.58 
 
 		 682 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.315609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0487  propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  45.76 
 
 		 655 aa  399  1e-109  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1223  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  48.8 
 
 		 668 aa  398  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.116496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1020  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  50.33 
 
 		 670 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1874  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  48.81 
 
 		 669 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0539  carbamoyl-phosphate synthase subunit L  45.29 
 
 		 656 aa  394  1e-108  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0434  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  50 
 
 		 659 aa  394  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6137  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  49.78 
 
 		 667 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768375  normal  0.18157 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0815  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  48.26 
 
 		 673 aa  394  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.450975  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2167  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  47.05 
 
 		 682 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.283926 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4535  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  50.56 
 
 		 662 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30510  acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  49.32 
 
 		 665 aa  394  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.434229 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6229  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  49.12 
 
 		 643 aa  394  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0039  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  48.88 
 
 		 655 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.540073  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2772  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  44.66 
 
 		 671 aa  395  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187116 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4726  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.88 
 
 		 675 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.248111  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1792  hypothetical protein  47.74 
 
 		 654 aa  393  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4003  Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  47.35 
 
 		 667 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.666441  normal  0.37304 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4902  putative acyl-CoA carboxylase biotin-carrying subunit  43.65 
 
 		 671 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.928975  normal  0.0609126 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2693  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  46.75 
 
 		 691 aa  392  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.25688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>