250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3055 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3055  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
853 aa  1721    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000520854  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3825  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  58.83 
 
 
800 aa  937    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2831  quinoprotein glucose dehydrogenase  53.75 
 
 
828 aa  823    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871062  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2112  Pyrrolo-quinoline quinone  51.9 
 
 
814 aa  832    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2577  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  54.26 
 
 
840 aa  852    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.263585 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5965  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  59.53 
 
 
798 aa  918    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.558391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2610  Pyrrolo-quinoline quinone  60.12 
 
 
676 aa  802    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.453201 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3539  quinoprotein glucose dehydrogenase  64.59 
 
 
724 aa  847    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.331402  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3339  GntR domain-containing protein  69.3 
 
 
854 aa  905    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466737  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4849  Pyrrolo-quinoline quinone  43.68 
 
 
803 aa  627  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97652  hitchhiker  0.0000763384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2024  quinoprotein glucose dehydrogenase  43.61 
 
 
784 aa  615  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.963256  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3417  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  42.58 
 
 
772 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2294  PQQ dehydrogenase family protein  42.89 
 
 
769 aa  594  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1961  Pyrrolo-quinoline quinone  42.01 
 
 
783 aa  579  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.567557  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3930  quinoprotein  40.88 
 
 
807 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000484282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4577  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.98 
 
 
803 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0672  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.42 
 
 
796 aa  578  1.0000000000000001e-163  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.570981  normal  0.18059 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3100  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.61 
 
 
791 aa  563  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.236384 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3145  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  42.18 
 
 
772 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1505  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.38 
 
 
809 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.900806  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4277  Pyrrolo-quinoline quinone  40.7 
 
 
803 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4361  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  40.29 
 
 
803 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.691425  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1444  glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  39.85 
 
 
803 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.244266  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2843  glucose dehydrogenase  39.6 
 
 
777 aa  554  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48538  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7581  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.69 
 
 
799 aa  554  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2951  glucose dehydrogenase  40.56 
 
 
803 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.734246  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0294  Pyrrolo-quinoline quinone  39.8 
 
 
776 aa  549  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0173  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.2 
 
 
799 aa  550  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1963  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  37.23 
 
 
794 aa  549  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3211  Pyrrolo-quinoline quinone  38.52 
 
 
837 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156633  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34970  glucose dehydrogenase  40.73 
 
 
803 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00222942  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5562  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  39.6 
 
 
800 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0791  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.37 
 
 
806 aa  549  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0128  glucose dehydrogenase  39.32 
 
 
796 aa  546  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00123  glucose dehydrogenase  39.19 
 
 
796 aa  545  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833605  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3478  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.19 
 
 
796 aa  544  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3535  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  39.19 
 
 
796 aa  545  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1081  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  39.73 
 
 
803 aa  545  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0188  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.24 
 
 
796 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.683326 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00122  hypothetical protein  39.19 
 
 
796 aa  545  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.793225  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0134  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.19 
 
 
796 aa  544  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1469  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.18 
 
 
818 aa  544  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128704  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0126  glucose dehydrogenase  39.19 
 
 
796 aa  545  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0132  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.19 
 
 
796 aa  545  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4196  glucose dehydrogenase  40.54 
 
 
747 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0980  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  40.17 
 
 
779 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.804184  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0595  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.71 
 
 
776 aa  540  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1211  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.02 
 
 
777 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471268  normal  0.152671 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40050  Quinoprotein glucose dehydrogenase  40.32 
 
 
801 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2415  Pyrrolo-quinoline quinone  36.67 
 
 
811 aa  536  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00299347  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3086  glucose dehydrogenase  39.08 
 
 
775 aa  537  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.596873  normal  0.134716 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3089  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.8 
 
 
800 aa  537  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.17686  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2746  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  36.88 
 
 
809 aa  535  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113463  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2673  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.15 
 
 
781 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2382  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.77 
 
 
807 aa  526  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220002  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5020  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.19 
 
 
812 aa  527  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1330  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.02 
 
 
781 aa  527  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0992  Pyrrolo-quinoline quinone  39.38 
 
 
779 aa  526  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00168374  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5248  pyrroloquinoline-quinone-dependent quinate dehydrogenase  37.72 
 
 
809 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.685305  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2712  Pyrrolo-quinoline quinone  38.53 
 
 
801 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142999  normal  0.96435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2205  Pyrrolo-quinoline quinone  38.11 
 
 
805 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596534  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1237  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.81 
 
 
844 aa  520  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2352  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  38.32 
 
 
805 aa  522  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140873  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3569  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone), putative  38.27 
 
 
805 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2568  glucose dehydrogenase  39.16 
 
 
788 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0184  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.01 
 
 
747 aa  518  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.23859  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0201  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.87 
 
 
747 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0193  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.01 
 
 
747 aa  518  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52734  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0185  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.01 
 
 
747 aa  518  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.266992  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0411  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.77 
 
 
856 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0856  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.53 
 
 
779 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337612  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2956  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  38.32 
 
 
805 aa  515  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0315407  normal  0.148249 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1775  Pyrrolo-quinoline quinone  36.75 
 
 
854 aa  510  1e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3525  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.82 
 
 
852 aa  505  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0342  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  37.79 
 
 
868 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3111  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.75 
 
 
752 aa  479  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2574  quinoprotein  37.37 
 
 
791 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2593  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.18 
 
 
639 aa  465  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.238471  normal  0.0735284 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1527  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  36.96 
 
 
809 aa  452  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0260789 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1054  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.68 
 
 
669 aa  443  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1682  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  43.7 
 
 
837 aa  432  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404284  normal  0.183517 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0170  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.21 
 
 
680 aa  388  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810213  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0062  Pyrrolo-quinoline quinone  35.42 
 
 
704 aa  320  5e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1611  Glycerol dehydrogenase (acceptor)  32.58 
 
 
722 aa  317  6e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  32.29 
 
 
701 aa  305  2.0000000000000002e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1900  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.38 
 
 
720 aa  295  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  31.82 
 
 
698 aa  293  7e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5932  quinate/shikimate dehydrogenase, putative  29.73 
 
 
671 aa  243  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1594  glucose dehydrogenase  29.83 
 
 
651 aa  241  5e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2450  PQQ-dependent enzyme-like protein  33.14 
 
 
718 aa  236  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264561  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.26 
 
 
731 aa  225  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.65 
 
 
747 aa  210  9e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1014  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.49 
 
 
732 aa  210  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101534  normal  0.630139 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  31.81 
 
 
769 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  32.75 
 
 
705 aa  193  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4984  Pyrrolo-quinoline quinone  27.12 
 
 
612 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.257884 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  26.33 
 
 
577 aa  180  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5037  Pyrrolo-quinoline quinone  27.12 
 
 
613 aa  177  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2605  Pyrrolo-quinoline quinone  26.16 
 
 
563 aa  157  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308464  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4524  Pyrrolo-quinoline quinone  32.07 
 
 
612 aa  154  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>