267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0311 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  50.28 
 
 
731 aa  687    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  50.58 
 
 
698 aa  694    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  48.72 
 
 
769 aa  661    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  50.7 
 
 
747 aa  689    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
705 aa  1451    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2450  PQQ-dependent enzyme-like protein  65.59 
 
 
718 aa  952    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264561  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0062  Pyrrolo-quinoline quinone  53 
 
 
704 aa  701    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  53.55 
 
 
701 aa  732    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1014  Quinoprotein glucose dehydrogenase  48.32 
 
 
732 aa  644    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101534  normal  0.630139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1900  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.64 
 
 
720 aa  608  9.999999999999999e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1611  Glycerol dehydrogenase (acceptor)  46.14 
 
 
722 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1594  glucose dehydrogenase  39.48 
 
 
651 aa  302  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5932  quinate/shikimate dehydrogenase, putative  38.48 
 
 
671 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0672  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.82 
 
 
796 aa  274  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.570981  normal  0.18059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3569  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone), putative  28.83 
 
 
805 aa  272  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00123  glucose dehydrogenase  30.34 
 
 
796 aa  271  4e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833605  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3478  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  30.34 
 
 
796 aa  271  4e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0134  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.34 
 
 
796 aa  271  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0132  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.34 
 
 
796 aa  271  4e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0126  glucose dehydrogenase  30.34 
 
 
796 aa  271  4e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3535  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  30.34 
 
 
796 aa  271  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00122  hypothetical protein  30.34 
 
 
796 aa  271  4e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.793225  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2205  Pyrrolo-quinoline quinone  28.71 
 
 
805 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596534  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2352  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  28.71 
 
 
805 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140873  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0128  glucose dehydrogenase  30.34 
 
 
796 aa  266  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3100  quinoprotein glucose dehydrogenase  31.73 
 
 
791 aa  265  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.236384 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2593  quinoprotein glucose dehydrogenase  34.03 
 
 
639 aa  264  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.238471  normal  0.0735284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0201  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.06 
 
 
747 aa  263  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0188  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.06 
 
 
796 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.683326 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0184  quinoprotein glucose dehydrogenase  29.92 
 
 
747 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.23859  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0185  quinoprotein glucose dehydrogenase  29.92 
 
 
747 aa  262  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.266992  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0193  quinoprotein glucose dehydrogenase  29.92 
 
 
747 aa  262  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52734  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7581  quinoprotein glucose dehydrogenase  29.75 
 
 
799 aa  260  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1054  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.81 
 
 
669 aa  248  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2746  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  29.28 
 
 
809 aa  238  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113463  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3211  Pyrrolo-quinoline quinone  29.78 
 
 
837 aa  237  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156633  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2568  glucose dehydrogenase  34.57 
 
 
788 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3417  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  29.11 
 
 
772 aa  233  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1963  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  31.86 
 
 
794 aa  233  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4849  Pyrrolo-quinoline quinone  29.81 
 
 
803 aa  231  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97652  hitchhiker  0.0000763384 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2843  glucose dehydrogenase  34.62 
 
 
777 aa  229  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48538  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5020  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  28.29 
 
 
812 aa  228  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0595  quinoprotein glucose dehydrogenase  34.72 
 
 
776 aa  223  8e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0294  Pyrrolo-quinoline quinone  32.33 
 
 
776 aa  223  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5562  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  33.33 
 
 
800 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3111  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.05 
 
 
752 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243036  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3086  glucose dehydrogenase  27.88 
 
 
775 aa  218  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.596873  normal  0.134716 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0856  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.71 
 
 
779 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337612  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0980  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  34.3 
 
 
779 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.804184  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2294  PQQ dehydrogenase family protein  32.76 
 
 
769 aa  217  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0173  quinoprotein glucose dehydrogenase  34.61 
 
 
799 aa  216  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3930  quinoprotein  32.87 
 
 
807 aa  213  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000484282 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1505  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.13 
 
 
809 aa  212  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.900806  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4577  quinoprotein glucose dehydrogenase  31.27 
 
 
803 aa  211  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3089  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.12 
 
 
800 aa  211  5e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.17686  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2382  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  30.96 
 
 
807 aa  209  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220002  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4196  glucose dehydrogenase  32.66 
 
 
747 aa  209  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3055  Pyrrolo-quinoline quinone  32.75 
 
 
853 aa  209  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000520854  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3145  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  31.37 
 
 
772 aa  208  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40050  Quinoprotein glucose dehydrogenase  32.98 
 
 
801 aa  208  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2712  Pyrrolo-quinoline quinone  30.61 
 
 
801 aa  207  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142999  normal  0.96435 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2415  Pyrrolo-quinoline quinone  30.86 
 
 
811 aa  206  9e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00299347  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2673  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.7 
 
 
781 aa  204  6e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0791  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.08 
 
 
806 aa  203  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1330  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.59 
 
 
781 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2951  glucose dehydrogenase  31.56 
 
 
803 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.734246  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2956  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  30.37 
 
 
805 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0315407  normal  0.148249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34970  glucose dehydrogenase  31.56 
 
 
803 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00222942  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1211  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.53 
 
 
777 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471268  normal  0.152671 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4361  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  30.1 
 
 
803 aa  197  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.691425  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4277  Pyrrolo-quinoline quinone  30.1 
 
 
803 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1444  glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  29.9 
 
 
803 aa  195  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.244266  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5248  pyrroloquinoline-quinone-dependent quinate dehydrogenase  29.07 
 
 
809 aa  194  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.685305  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1469  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  30.27 
 
 
818 aa  193  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128704  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2610  Pyrrolo-quinoline quinone  32.04 
 
 
676 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.453201 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5965  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  29.81 
 
 
798 aa  190  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.558391 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1961  Pyrrolo-quinoline quinone  32.12 
 
 
783 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.567557  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0170  quinoprotein glucose dehydrogenase  28.86 
 
 
680 aa  188  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810213  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1775  Pyrrolo-quinoline quinone  30.66 
 
 
854 aa  188  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1081  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  28.46 
 
 
803 aa  187  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3825  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  30.23 
 
 
800 aa  187  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0342  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  30.37 
 
 
868 aa  187  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2024  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.22 
 
 
784 aa  186  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.963256  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1237  quinoprotein glucose dehydrogenase  29.52 
 
 
844 aa  186  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3339  GntR domain-containing protein  30.17 
 
 
854 aa  183  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466737  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0992  Pyrrolo-quinoline quinone  29.68 
 
 
779 aa  181  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00168374  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2574  quinoprotein  29.52 
 
 
791 aa  176  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1527  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  29.74 
 
 
809 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0260789 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3539  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.28 
 
 
724 aa  175  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.331402  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2577  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  27.3 
 
 
840 aa  173  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.263585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3525  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.05 
 
 
852 aa  172  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1682  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  35.74 
 
 
837 aa  170  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404284  normal  0.183517 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2112  Pyrrolo-quinoline quinone  27.37 
 
 
814 aa  163  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0411  quinoprotein glucose dehydrogenase  31.23 
 
 
856 aa  158  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.67 
 
 
576 aa  157  6e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3007  Pyrrolo-quinoline quinone  30.23 
 
 
573 aa  147  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2831  quinoprotein glucose dehydrogenase  26.57 
 
 
828 aa  145  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871062  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  26.57 
 
 
577 aa  144  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0808  Pyrrolo-quinoline quinone  27.45 
 
 
585 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.260733 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0969  Pyrrolo-quinoline quinone  33.02 
 
 
541 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.870363  normal  0.326123 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>