248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5248 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3569  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone), putative  67.25 
 
 
805 aa  1093    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2568  glucose dehydrogenase  54.26 
 
 
788 aa  824    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2712  Pyrrolo-quinoline quinone  67.04 
 
 
801 aa  1098    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142999  normal  0.96435 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5248  pyrroloquinoline-quinone-dependent quinate dehydrogenase  100 
 
 
809 aa  1634    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.685305  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2415  Pyrrolo-quinoline quinone  68.26 
 
 
811 aa  1136    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00299347  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2746  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  65.47 
 
 
809 aa  1068    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113463  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3145  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  44.55 
 
 
772 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2956  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  67.25 
 
 
805 aa  1088    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0315407  normal  0.148249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2352  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  67.27 
 
 
805 aa  1086    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140873  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1963  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  53.37 
 
 
794 aa  837    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3417  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  44.89 
 
 
772 aa  662    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2205  Pyrrolo-quinoline quinone  67.25 
 
 
805 aa  1105    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596534  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2294  PQQ dehydrogenase family protein  42.53 
 
 
769 aa  620  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3930  quinoprotein  41.36 
 
 
807 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000484282 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4849  Pyrrolo-quinoline quinone  39.88 
 
 
803 aa  569  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97652  hitchhiker  0.0000763384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2024  quinoprotein glucose dehydrogenase  41 
 
 
784 aa  565  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.963256  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4577  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.9 
 
 
803 aa  546  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1961  Pyrrolo-quinoline quinone  40.2 
 
 
783 aa  538  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.567557  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2951  glucose dehydrogenase  39.12 
 
 
803 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.734246  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1444  glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  38.01 
 
 
803 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.244266  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4196  glucose dehydrogenase  40.9 
 
 
747 aa  524  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4361  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  38.01 
 
 
803 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.691425  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4277  Pyrrolo-quinoline quinone  37.59 
 
 
803 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0173  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.68 
 
 
799 aa  521  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34970  glucose dehydrogenase  39.14 
 
 
803 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00222942  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3100  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.45 
 
 
791 aa  521  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.236384 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3825  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.85 
 
 
800 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40050  Quinoprotein glucose dehydrogenase  39.67 
 
 
801 aa  516  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1505  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.7 
 
 
809 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.900806  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0672  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.5 
 
 
796 aa  516  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.570981  normal  0.18059 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3478  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.96 
 
 
796 aa  512  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0791  quinoprotein glucose dehydrogenase  39 
 
 
806 aa  515  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0134  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.96 
 
 
796 aa  512  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1081  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  38.55 
 
 
803 aa  515  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00123  glucose dehydrogenase  37 
 
 
796 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833605  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5562  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  38.49 
 
 
800 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3535  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  37 
 
 
796 aa  511  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0132  quinoprotein glucose dehydrogenase  37 
 
 
796 aa  511  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00122  hypothetical protein  37 
 
 
796 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.793225  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0126  glucose dehydrogenase  37 
 
 
796 aa  511  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0128  glucose dehydrogenase  37.82 
 
 
796 aa  512  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126967  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2843  glucose dehydrogenase  40.41 
 
 
777 aa  507  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48538  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5965  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.92 
 
 
798 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.558391 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2577  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.11 
 
 
840 aa  505  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.263585 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0980  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.71 
 
 
779 aa  502  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.804184  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5020  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.16 
 
 
812 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0992  Pyrrolo-quinoline quinone  38.92 
 
 
779 aa  499  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00168374  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0188  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.33 
 
 
796 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.683326 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2382  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  36.66 
 
 
807 aa  498  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220002  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7581  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.42 
 
 
799 aa  498  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0294  Pyrrolo-quinoline quinone  37.56 
 
 
776 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2112  Pyrrolo-quinoline quinone  36.26 
 
 
814 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3089  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.87 
 
 
800 aa  495  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.17686  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3055  Pyrrolo-quinoline quinone  37.13 
 
 
853 aa  491  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000520854  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0595  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.44 
 
 
776 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1469  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  36.84 
 
 
818 aa  490  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128704  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3525  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.1 
 
 
852 aa  489  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0856  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.5 
 
 
779 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337612  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0411  quinoprotein glucose dehydrogenase  35.09 
 
 
856 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3211  Pyrrolo-quinoline quinone  36.89 
 
 
837 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156633  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3086  glucose dehydrogenase  36.67 
 
 
775 aa  474  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.596873  normal  0.134716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1211  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.95 
 
 
777 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471268  normal  0.152671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0201  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.37 
 
 
747 aa  472  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0184  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.11 
 
 
747 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.23859  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0185  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.11 
 
 
747 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.266992  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0193  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.11 
 
 
747 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52734  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1237  quinoprotein glucose dehydrogenase  35.64 
 
 
844 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1330  quinoprotein glucose dehydrogenase  35.79 
 
 
781 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2673  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.28 
 
 
781 aa  466  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1775  Pyrrolo-quinoline quinone  34.32 
 
 
854 aa  463  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2574  quinoprotein  35.56 
 
 
791 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2831  quinoprotein glucose dehydrogenase  35.88 
 
 
828 aa  459  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871062  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3111  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.63 
 
 
752 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243036  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0342  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  36.01 
 
 
868 aa  442  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3339  GntR domain-containing protein  37.86 
 
 
854 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466737  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1527  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  36.52 
 
 
809 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0260789 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2593  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.67 
 
 
639 aa  417  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.238471  normal  0.0735284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2610  Pyrrolo-quinoline quinone  35.59 
 
 
676 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.453201 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3539  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.53 
 
 
724 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.331402  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1054  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.11 
 
 
669 aa  395  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1682  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  40.62 
 
 
837 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404284  normal  0.183517 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0170  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.14 
 
 
680 aa  319  1e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810213  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0062  Pyrrolo-quinoline quinone  28.97 
 
 
704 aa  244  6e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1611  Glycerol dehydrogenase (acceptor)  32.9 
 
 
722 aa  226  2e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5932  quinate/shikimate dehydrogenase, putative  29.67 
 
 
671 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1594  glucose dehydrogenase  28.97 
 
 
651 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1900  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.34 
 
 
720 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2450  PQQ-dependent enzyme-like protein  31.09 
 
 
718 aa  199  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264561  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1014  Quinoprotein glucose dehydrogenase  30.79 
 
 
732 aa  193  9e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101534  normal  0.630139 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  29.61 
 
 
698 aa  190  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  29.67 
 
 
701 aa  185  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  28.8 
 
 
731 aa  182  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  29.07 
 
 
705 aa  178  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  29.32 
 
 
747 aa  177  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  26.61 
 
 
577 aa  174  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  29.46 
 
 
769 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5419  Pyrrolo-quinoline quinone  25.66 
 
 
576 aa  160  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  24.96 
 
 
570 aa  148  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  26.07 
 
 
554 aa  147  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0851  Pyrrolo-quinoline quinone  27.08 
 
 
558 aa  142  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>