275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1900 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1900  quinoprotein glucose dehydrogenase  100 
 
 
720 aa  1449    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  45.55 
 
 
731 aa  649    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2450  PQQ-dependent enzyme-like protein  50 
 
 
718 aa  635    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264561  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0062  Pyrrolo-quinoline quinone  51.4 
 
 
704 aa  655    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1611  Glycerol dehydrogenase (acceptor)  47 
 
 
722 aa  626  1e-178  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1014  Quinoprotein glucose dehydrogenase  44.41 
 
 
732 aa  612  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101534  normal  0.630139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  46.47 
 
 
701 aa  605  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  48.64 
 
 
705 aa  598  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  45.45 
 
 
769 aa  596  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  45.23 
 
 
747 aa  597  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  45.35 
 
 
698 aa  589  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5932  quinate/shikimate dehydrogenase, putative  40.67 
 
 
671 aa  349  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2593  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.33 
 
 
639 aa  316  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.238471  normal  0.0735284 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1594  glucose dehydrogenase  38.57 
 
 
651 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1054  quinoprotein glucose dehydrogenase  39.48 
 
 
669 aa  291  3e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0294  Pyrrolo-quinoline quinone  32.4 
 
 
776 aa  276  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2843  glucose dehydrogenase  31.24 
 
 
777 aa  259  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48538  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1211  quinoprotein glucose dehydrogenase  31.03 
 
 
777 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471268  normal  0.152671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4849  Pyrrolo-quinoline quinone  36.15 
 
 
803 aa  254  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97652  hitchhiker  0.0000763384 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0595  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.16 
 
 
776 aa  253  9.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1963  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  33.85 
 
 
794 aa  249  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2673  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.04 
 
 
781 aa  248  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1330  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.04 
 
 
781 aa  248  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5020  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  31.82 
 
 
812 aa  240  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3055  Pyrrolo-quinoline quinone  34.97 
 
 
853 aa  238  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000520854  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2382  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  35.75 
 
 
807 aa  235  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220002  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3089  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  37.03 
 
 
800 aa  233  7.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.17686  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2712  Pyrrolo-quinoline quinone  31.82 
 
 
801 aa  233  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142999  normal  0.96435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0672  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.82 
 
 
796 aa  231  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.570981  normal  0.18059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2205  Pyrrolo-quinoline quinone  31.35 
 
 
805 aa  231  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596534  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3569  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone), putative  31.74 
 
 
805 aa  230  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2956  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  31.18 
 
 
805 aa  230  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0315407  normal  0.148249 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2568  glucose dehydrogenase  33.41 
 
 
788 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5965  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.95 
 
 
798 aa  229  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.558391 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0173  quinoprotein glucose dehydrogenase  34.59 
 
 
799 aa  229  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7581  quinoprotein glucose dehydrogenase  35.73 
 
 
799 aa  229  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0170  quinoprotein glucose dehydrogenase  31.53 
 
 
680 aa  228  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810213  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5562  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  34.38 
 
 
800 aa  227  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4577  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.23 
 
 
803 aa  227  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0188  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.85 
 
 
796 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.683326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0791  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.16 
 
 
806 aa  226  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0201  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.85 
 
 
747 aa  225  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2352  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  30.95 
 
 
805 aa  226  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140873  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0128  glucose dehydrogenase  33.48 
 
 
796 aa  224  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3100  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.46 
 
 
791 aa  225  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.236384 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1505  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.61 
 
 
809 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.900806  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0193  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.64 
 
 
747 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52734  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0185  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.64 
 
 
747 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.266992  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0184  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.64 
 
 
747 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.23859  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3339  GntR domain-containing protein  34.31 
 
 
854 aa  224  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466737  normal  0.260715 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00123  glucose dehydrogenase  33.48 
 
 
796 aa  223  8e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833605  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3478  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.48 
 
 
796 aa  223  8e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0132  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.48 
 
 
796 aa  223  8e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3535  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  33.48 
 
 
796 aa  223  8e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0126  glucose dehydrogenase  33.48 
 
 
796 aa  223  8e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00122  hypothetical protein  33.48 
 
 
796 aa  223  8e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.793225  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0134  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.48 
 
 
796 aa  223  8e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2294  PQQ dehydrogenase family protein  34.42 
 
 
769 aa  223  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3825  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  35.29 
 
 
800 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1469  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.05 
 
 
818 aa  221  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128704  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1775  Pyrrolo-quinoline quinone  33.19 
 
 
854 aa  221  3e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3930  quinoprotein  33.89 
 
 
807 aa  221  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000484282 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1527  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  31.42 
 
 
809 aa  219  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0260789 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0980  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.48 
 
 
779 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.804184  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4196  glucose dehydrogenase  33.62 
 
 
747 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5248  pyrroloquinoline-quinone-dependent quinate dehydrogenase  32.29 
 
 
809 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.685305  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40050  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.33 
 
 
801 aa  214  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0411  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.49 
 
 
856 aa  214  4.9999999999999996e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3111  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.33 
 
 
752 aa  213  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243036  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2024  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.98 
 
 
784 aa  210  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.963256  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2415  Pyrrolo-quinoline quinone  31.07 
 
 
811 aa  210  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00299347  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2951  glucose dehydrogenase  31.69 
 
 
803 aa  210  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.734246  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0856  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  32.45 
 
 
779 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337612  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34970  glucose dehydrogenase  31.94 
 
 
803 aa  209  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00222942  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2746  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  32.54 
 
 
809 aa  207  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113463  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3211  Pyrrolo-quinoline quinone  33.6 
 
 
837 aa  207  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156633  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1961  Pyrrolo-quinoline quinone  33.55 
 
 
783 aa  206  9e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.567557  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3417  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.19 
 
 
772 aa  205  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2577  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  32.04 
 
 
840 aa  205  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.263585 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3086  glucose dehydrogenase  31.65 
 
 
775 aa  204  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.596873  normal  0.134716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1444  glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  31.46 
 
 
803 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.244266  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4361  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  29.53 
 
 
803 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.691425  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3145  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  32.06 
 
 
772 aa  200  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4277  Pyrrolo-quinoline quinone  29.26 
 
 
803 aa  200  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0992  Pyrrolo-quinoline quinone  31.22 
 
 
779 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00168374  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1081  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  29.57 
 
 
803 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1237  quinoprotein glucose dehydrogenase  30.72 
 
 
844 aa  199  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2112  Pyrrolo-quinoline quinone  30.21 
 
 
814 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0342  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  31.67 
 
 
868 aa  198  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2610  Pyrrolo-quinoline quinone  30.74 
 
 
676 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.453201 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2574  quinoprotein  31.86 
 
 
791 aa  197  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3539  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.65 
 
 
724 aa  190  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.331402  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2831  quinoprotein glucose dehydrogenase  29.32 
 
 
828 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871062  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3525  quinoprotein glucose dehydrogenase  29.14 
 
 
852 aa  180  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.61 
 
 
576 aa  169  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1570  Pyrrolo-quinoline quinone  28.27 
 
 
568 aa  169  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0635613  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1682  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  33.72 
 
 
837 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404284  normal  0.183517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  31.28 
 
 
702 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4524  Pyrrolo-quinoline quinone  28.67 
 
 
612 aa  160  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4984  Pyrrolo-quinoline quinone  28.32 
 
 
612 aa  160  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.257884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>