251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4196 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00123  glucose dehydrogenase  47.31 
 
 
796 aa  681    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833605  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3478  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  47.31 
 
 
796 aa  681    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1444  glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  66.35 
 
 
803 aa  1046    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.244266  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2951  glucose dehydrogenase  70.27 
 
 
803 aa  1112    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.734246  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4196  glucose dehydrogenase  100 
 
 
747 aa  1527    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3930  quinoprotein  96.26 
 
 
807 aa  1437    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000484282 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1237  quinoprotein glucose dehydrogenase  47.25 
 
 
844 aa  736    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0980  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  54.13 
 
 
779 aa  815    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.804184  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4277  Pyrrolo-quinoline quinone  65.94 
 
 
803 aa  1040    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4577  quinoprotein glucose dehydrogenase  69.49 
 
 
803 aa  1113    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5020  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  52.18 
 
 
812 aa  759    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2673  quinoprotein glucose dehydrogenase  49.8 
 
 
781 aa  729    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0132  quinoprotein glucose dehydrogenase  47.31 
 
 
796 aa  681    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4361  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  66.35 
 
 
803 aa  1046    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.691425  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3100  quinoprotein glucose dehydrogenase  49.67 
 
 
791 aa  733    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.236384 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1682  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  47.13 
 
 
837 aa  677    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404284  normal  0.183517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1505  quinoprotein glucose dehydrogenase  50.33 
 
 
809 aa  716    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.900806  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0193  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.66 
 
 
747 aa  686    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52734  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0173  quinoprotein glucose dehydrogenase  49.06 
 
 
799 aa  704    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0201  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.79 
 
 
747 aa  689    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0856  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  53.6 
 
 
779 aa  811    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337612  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2843  glucose dehydrogenase  52.19 
 
 
777 aa  778    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48538  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0294  Pyrrolo-quinoline quinone  54.55 
 
 
776 aa  794    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3525  quinoprotein glucose dehydrogenase  49.24 
 
 
852 aa  746    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0126  glucose dehydrogenase  47.31 
 
 
796 aa  681    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34970  glucose dehydrogenase  70.95 
 
 
803 aa  1095    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00222942  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0128  glucose dehydrogenase  47.31 
 
 
796 aa  680    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126967  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40050  Quinoprotein glucose dehydrogenase  52.46 
 
 
801 aa  748    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3089  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  51.65 
 
 
800 aa  743    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.17686  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4849  Pyrrolo-quinoline quinone  44.71 
 
 
803 aa  636    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97652  hitchhiker  0.0000763384 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3086  glucose dehydrogenase  49.87 
 
 
775 aa  751    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.596873  normal  0.134716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0411  quinoprotein glucose dehydrogenase  51.18 
 
 
856 aa  791    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0134  quinoprotein glucose dehydrogenase  47.31 
 
 
796 aa  681    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5562  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  48.86 
 
 
800 aa  700    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0188  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.79 
 
 
796 aa  687    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.683326 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1775  Pyrrolo-quinoline quinone  46.37 
 
 
854 aa  729    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1081  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  66.53 
 
 
803 aa  1041    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0992  Pyrrolo-quinoline quinone  50.68 
 
 
779 aa  739    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00168374  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0184  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.66 
 
 
747 aa  686    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.23859  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1330  quinoprotein glucose dehydrogenase  49.67 
 
 
781 aa  733    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1211  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.59 
 
 
777 aa  717    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471268  normal  0.152671 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0672  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.73 
 
 
796 aa  711    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.570981  normal  0.18059 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0791  quinoprotein glucose dehydrogenase  52.88 
 
 
806 aa  788    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3535  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  47.31 
 
 
796 aa  681    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0595  quinoprotein glucose dehydrogenase  54.28 
 
 
776 aa  796    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0342  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  46.51 
 
 
868 aa  684    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3111  quinoprotein glucose dehydrogenase  51.99 
 
 
752 aa  751    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243036  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0185  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.66 
 
 
747 aa  686    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.266992  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00122  hypothetical protein  47.31 
 
 
796 aa  681    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.793225  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7581  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.91 
 
 
799 aa  684    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1527  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  46.94 
 
 
809 aa  629  1e-179  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0260789 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2574  quinoprotein  44.76 
 
 
791 aa  621  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2568  glucose dehydrogenase  43.66 
 
 
788 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1963  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  44.21 
 
 
794 aa  586  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1469  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  42.49 
 
 
818 aa  581  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128704  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2382  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  41.1 
 
 
807 aa  559  1e-158  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220002  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2577  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  41.52 
 
 
840 aa  555  1e-157  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.263585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2712  Pyrrolo-quinoline quinone  41.16 
 
 
801 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142999  normal  0.96435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2024  quinoprotein glucose dehydrogenase  42.11 
 
 
784 aa  550  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.963256  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2746  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  41.33 
 
 
809 aa  551  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113463  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2352  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  41.46 
 
 
805 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140873  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2415  Pyrrolo-quinoline quinone  39.61 
 
 
811 aa  546  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00299347  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2205  Pyrrolo-quinoline quinone  41.67 
 
 
805 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596534  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2956  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  41.45 
 
 
805 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0315407  normal  0.148249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3569  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone), putative  41.26 
 
 
805 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1961  Pyrrolo-quinoline quinone  41.37 
 
 
783 aa  538  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.567557  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5248  pyrroloquinoline-quinone-dependent quinate dehydrogenase  40.29 
 
 
809 aa  532  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.685305  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2294  PQQ dehydrogenase family protein  40.37 
 
 
769 aa  532  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3055  Pyrrolo-quinoline quinone  39.97 
 
 
853 aa  530  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000520854  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3211  Pyrrolo-quinoline quinone  40.18 
 
 
837 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156633  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5965  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.61 
 
 
798 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.558391 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3417  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  41.05 
 
 
772 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3145  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  40.42 
 
 
772 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3825  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.87 
 
 
800 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2112  Pyrrolo-quinoline quinone  39.08 
 
 
814 aa  499  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2831  quinoprotein glucose dehydrogenase  38.06 
 
 
828 aa  489  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871062  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3339  GntR domain-containing protein  40.82 
 
 
854 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466737  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2593  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.21 
 
 
639 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.238471  normal  0.0735284 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3539  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.44 
 
 
724 aa  482  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.331402  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1054  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.58 
 
 
669 aa  462  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2610  Pyrrolo-quinoline quinone  39.34 
 
 
676 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.453201 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0170  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.15 
 
 
680 aa  330  7e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  34.07 
 
 
731 aa  228  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1594  glucose dehydrogenase  29.88 
 
 
651 aa  226  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2450  PQQ-dependent enzyme-like protein  34.8 
 
 
718 aa  224  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264561  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1611  Glycerol dehydrogenase (acceptor)  32.84 
 
 
722 aa  221  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0062  Pyrrolo-quinoline quinone  34.88 
 
 
704 aa  219  1e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5932  quinate/shikimate dehydrogenase, putative  29.07 
 
 
671 aa  219  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1900  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.62 
 
 
720 aa  216  8e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1014  Quinoprotein glucose dehydrogenase  35.14 
 
 
732 aa  210  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101534  normal  0.630139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  32.98 
 
 
747 aa  204  7e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2867  Pyrrolo-quinoline quinone  26.19 
 
 
614 aa  198  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0638606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  32.66 
 
 
705 aa  196  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  32.24 
 
 
701 aa  195  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  30.52 
 
 
698 aa  194  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  32.02 
 
 
769 aa  187  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4524  Pyrrolo-quinoline quinone  28.88 
 
 
612 aa  184  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4984  Pyrrolo-quinoline quinone  28.84 
 
 
612 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.257884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5037  Pyrrolo-quinoline quinone  28.39 
 
 
613 aa  180  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  26.64 
 
 
709 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>