247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5020 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00123  glucose dehydrogenase  46.27 
 
 		 796 aa  719    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833605  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3478  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  46.27 
 
 		 796 aa  718    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1444  glucose dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  52.75 
 
 		 803 aa  783    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.244266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4277  Pyrrolo-quinoline quinone  52.24 
 
 		 803 aa  780    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1081  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  52.37 
 
 		 803 aa  771    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3100  quinoprotein glucose dehydrogenase  47.77 
 
 		 791 aa  725    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.236384 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4196  glucose dehydrogenase  53.11 
 
 		 747 aa  766    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2574  quinoprotein  46.18 
 
 		 791 aa  671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3930  quinoprotein  52.17 
 
 		 807 aa  810    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000484282 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1237  quinoprotein glucose dehydrogenase  45.49 
 
 		 844 aa  738    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4577  quinoprotein glucose dehydrogenase  53.9 
 
 		 803 aa  815    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2673  quinoprotein glucose dehydrogenase  52.44 
 
 		 781 aa  769    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0980  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  53.76 
 
 		 779 aa  827    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.804184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4361  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  52.62 
 
 		 803 aa  778    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.691425  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0992  Pyrrolo-quinoline quinone  49.81 
 
 		 779 aa  749    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00168374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0595  quinoprotein glucose dehydrogenase  53.38 
 
 		 776 aa  774    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0132  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.27 
 
 		 796 aa  719    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.556262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0342  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  59.86 
 
 		 868 aa  914    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1505  quinoprotein glucose dehydrogenase  48.52 
 
 		 809 aa  705    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.900806  normal  0.427809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40050  Quinoprotein glucose dehydrogenase  53.08 
 
 		 801 aa  730    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0173  quinoprotein glucose dehydrogenase  47.54 
 
 		 799 aa  705    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0193  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.08 
 
 		 747 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00122  hypothetical protein  46.27 
 
 		 796 aa  719    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.793225  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3525  quinoprotein glucose dehydrogenase  50 
 
 		 852 aa  790    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34970  glucose dehydrogenase  54.59 
 
 		 803 aa  797    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00222942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1775  Pyrrolo-quinoline quinone  45.55 
 
 		 854 aa  711    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0188  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.13 
 
 		 796 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.683326 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3535  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  46.27 
 
 		 796 aa  719    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3111  quinoprotein glucose dehydrogenase  50.32 
 
 		 752 aa  693    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243036  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3086  glucose dehydrogenase  50.13 
 
 		 775 aa  753    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.596873  normal  0.134716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0411  quinoprotein glucose dehydrogenase  65.22 
 
 		 856 aa  1065    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0856  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  54.2 
 
 		 779 aa  810    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337612  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0201  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.48 
 
 		 747 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5562  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  48.43 
 
 		 800 aa  708    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2843  glucose dehydrogenase  53.65 
 
 		 777 aa  796    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0128  glucose dehydrogenase  46.27 
 
 		 796 aa  718    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0126  glucose dehydrogenase  46.27 
 
 		 796 aa  719    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3089  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  51 
 
 		 800 aa  762    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.17686  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0184  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.08 
 
 		 747 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.23859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1330  quinoprotein glucose dehydrogenase  52.44 
 
 		 781 aa  774    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1211  quinoprotein glucose dehydrogenase  52.5 
 
 		 777 aa  775    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471268  normal  0.152671 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0672  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.9 
 
 		 796 aa  750    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.570981  normal  0.18059 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0791  quinoprotein glucose dehydrogenase  53.27 
 
 		 806 aa  757    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0294  Pyrrolo-quinoline quinone  53.45 
 
 		 776 aa  832    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2951  glucose dehydrogenase  54.72 
 
 		 803 aa  803    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.734246  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0185  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.08 
 
 		 747 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.266992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0134  quinoprotein glucose dehydrogenase  46.27 
 
 		 796 aa  718    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7581  quinoprotein glucose dehydrogenase  52.22 
 
 		 799 aa  758    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5020  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  100 
 
 		 812 aa  1628    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1527  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  45.63 
 
 		 809 aa  616  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0260789 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4849  Pyrrolo-quinoline quinone  42.03 
 
 		 803 aa  587  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97652  hitchhiker  0.0000763384 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1469  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  41.1 
 
 		 818 aa  572  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128704  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2568  glucose dehydrogenase  41.88 
 
 		 788 aa  572  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2352  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  40.15 
 
 		 805 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2712  Pyrrolo-quinoline quinone  40.55 
 
 		 801 aa  547  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.142999  normal  0.96435 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2294  PQQ dehydrogenase family protein  41.55 
 
 		 769 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2205  Pyrrolo-quinoline quinone  40.03 
 
 		 805 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2746  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  40.19 
 
 		 809 aa  543  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113463  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1963  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone)  39.08 
 
 		 794 aa  544  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2382  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  40.12 
 
 		 807 aa  542  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.220002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3569  quinate dehydrogenase (pyrroloquinoline-quinone), putative  39.77 
 
 		 805 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2956  PQQ-dependent dehydrogenase glucose/quinate/shikimate family protein  40.23 
 
 		 805 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0315407  normal  0.148249 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2577  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.46 
 
 		 840 aa  537  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.263585 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2415  Pyrrolo-quinoline quinone  38.46 
 
 		 811 aa  536  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00299347  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3825  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  38.91 
 
 		 800 aa  532  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1682  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  50.98 
 
 		 837 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404284  normal  0.183517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2024  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.75 
 
 		 784 aa  522  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.963256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5965  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.52 
 
 		 798 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.558391 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5248  pyrroloquinoline-quinone-dependent quinate dehydrogenase  39 
 
 		 809 aa  516  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.685305  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3417  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.95 
 
 		 772 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1961  Pyrrolo-quinoline quinone  39.21 
 
 		 783 aa  506  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.567557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3145  membrane-bound PQQ-dependent dehydrogenase, glucose/quinate/shikimate family  39.79 
 
 		 772 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3055  Pyrrolo-quinoline quinone  42.02 
 
 		 853 aa  494  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000520854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3211  Pyrrolo-quinoline quinone  39.71 
 
 		 837 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2593  quinoprotein glucose dehydrogenase  43.94 
 
 		 639 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.238471  normal  0.0735284 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2831  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.56 
 
 		 828 aa  492  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871062  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2112  Pyrrolo-quinoline quinone  35.66 
 
 		 814 aa  488  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1054  quinoprotein glucose dehydrogenase  41.78 
 
 		 669 aa  456  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3539  quinoprotein glucose dehydrogenase  40.52 
 
 		 724 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.331402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3339  GntR domain-containing protein  39.02 
 
 		 854 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466737  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2610  Pyrrolo-quinoline quinone  37.42 
 
 		 676 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.453201 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0170  quinoprotein glucose dehydrogenase  32.4 
 
 		 680 aa  340  5.9999999999999996e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810213  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4957  Pyrrolo-quinoline quinone  28.65 
 
 		 698 aa  252  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.897916 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1900  quinoprotein glucose dehydrogenase  31.82 
 
 		 720 aa  230  6e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  28.49 
 
 		 705 aa  230  9e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2704  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.54 
 
 		 731 aa  218  5e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2867  Pyrrolo-quinoline quinone  29.17 
 
 		 614 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0638606 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5932  quinate/shikimate dehydrogenase, putative  28.51 
 
 		 671 aa  211  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2450  PQQ-dependent enzyme-like protein  32.2 
 
 		 718 aa  202  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0062  Pyrrolo-quinoline quinone  35.03 
 
 		 704 aa  202  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1611  Glycerol dehydrogenase (acceptor)  31.18 
 
 		 722 aa  196  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1594  glucose dehydrogenase  28.44 
 
 		 651 aa  195  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  31.14 
 
 		 747 aa  186  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1014  Quinoprotein glucose dehydrogenase  33.33 
 
 		 732 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101534  normal  0.630139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  30.52 
 
 		 701 aa  182  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1378  Quinoprotein glucose dehydrogenase  32.26 
 
 		 769 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.618452 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1570  Pyrrolo-quinoline quinone  27.4 
 
 		 568 aa  170  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0635613  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3007  Pyrrolo-quinoline quinone  25.39 
 
 		 573 aa  168  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4524  Pyrrolo-quinoline quinone  27.44 
 
 		 612 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.223128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5419  Pyrrolo-quinoline quinone  26.1 
 
 		 576 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>