99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0419 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0419  transcriptional regulators, LysR family protein  100 
 
 		 177 aa  364  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0271253 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  85.31 
 
 		 297 aa  315  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 315 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  112  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 300 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 310 aa  67.8  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.04 
 
 		 321 aa  67  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 295 aa  61.6  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 307 aa  61.2  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 303 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 320 aa  57.8  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 297 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 305 aa  57  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  25.73 
 
 		 313 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.32 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 314 aa  54.7  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  25.15 
 
 		 313 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 318 aa  52.4  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 307 aa  52.4  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 302 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 306 aa  52  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  26.39 
 
 		 301 aa  52  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 309 aa  51.6  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  22.6 
 
 		 305 aa  50.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 306 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  22.6 
 
 		 305 aa  50.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 311 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  24.03 
 
 		 311 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 301 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 301 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 301 aa  48.9  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 310 aa  48.9  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 302 aa  48.5  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 298 aa  47.8  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 298 aa  47.8  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 302 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 298 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 295 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 325 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 345 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 298 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 308 aa  46.6  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 308 aa  46.6  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  23.31 
 
 		 308 aa  46.2  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 307 aa  45.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 305 aa  45.1  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 304 aa  45.4  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 298 aa  44.7  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3018  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 316 aa  44.7  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0614588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 298 aa  44.7  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  20.37 
 
 		 316 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  21.24 
 
 		 318 aa  43.5  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 317 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 300 aa  43.9  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  20.71 
 
 		 301 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 317 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 289 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  21.34 
 
 		 311 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 307 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 307 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  24.69 
 
 		 298 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  22.75 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 296 aa  43.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 292 aa  43.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 315 aa  43.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  17.82 
 
 		 317 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  20.99 
 
 		 302 aa  43.5  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 301 aa  42.4  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 332 aa  42.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  42.4  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 316 aa  42.4  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  25.37 
 
 		 331 aa  42.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  17.92 
 
 		 317 aa  42.4  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 305 aa  42  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 323 aa  42  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  42.4  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  42  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  23.47 
 
 		 294 aa  42.4  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 294 aa  42  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 295 aa  42  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 303 aa  41.6  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  19.08 
 
 		 317 aa  41.6  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 304 aa  41.6  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 295 aa  41.6  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 301 aa  41.2  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 300 aa  41.2  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 298 aa  41.6  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 325 aa  41.2  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  41.2  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 316 aa  40.8  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 302 aa  40.8  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 316 aa  41.2  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>