106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1172 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1172  Tetratricopeptide domain protein  100 
 
 		 1005 aa  2027    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2327  TPR repeat-containing protein  31.38 
 
 		 1023 aa  493  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.930727  normal  0.708749 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00175  TPR-domain containing protein  30.91 
 
 		 1006 aa  476  1e-133  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2246  TPR repeat-containing protein  30.55 
 
 		 1004 aa  462  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2038  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 		 1024 aa  434  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.144797 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0551  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.55 
 
 		 1001 aa  427  1e-118  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.874554  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1052  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 1019 aa  382  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.273667 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1962  hypothetical protein  27.32 
 
 		 1031 aa  360  9.999999999999999e-98  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1538  TPR repeat-containing protein  27.86 
 
 		 1012 aa  337  7e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0101738  normal  0.837321 
 
 
-
 
NC_002950  PG1651  TPR domain-containing protein  21.76 
 
 		 995 aa  161  5e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.874566 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1517  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  22.98 
 
 		 1000 aa  145  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261003  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  32.08 
 
 		 272 aa  65.5  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  30.19 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 269 aa  63.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 269 aa  63.2  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 269 aa  63.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  30.95 
 
 		 263 aa  60.1  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  31.07 
 
 		 266 aa  60.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  28.03 
 
 		 321 aa  60.1  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  29.7 
 
 		 254 aa  59.7  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 258 aa  59.3  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 258 aa  59.3  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  27.85 
 
 		 263 aa  57  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1849  hypothetical protein  27.27 
 
 		 297 aa  55.5  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.26456  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 262 aa  55.1  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  27.22 
 
 		 263 aa  55.1  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 262 aa  54.7  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 262 aa  54.7  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 262 aa  54.7  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 262 aa  54.7  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  29.9 
 
 		 251 aa  53.9  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  28.85 
 
 		 236 aa  54.3  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  28.32 
 
 		 264 aa  54.3  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  23.21 
 
 		 1979 aa  53.1  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0626  tetratricopeptide TPR_2  21.12 
 
 		 2059 aa  53.9  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00762464 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  26.67 
 
 		 261 aa  52.8  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0006  hypothetical protein  24.22 
 
 		 283 aa  52.4  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000521994  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  27.37 
 
 		 222 aa  52  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  35.58 
 
 		 252 aa  50.8  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  36.54 
 
 		 252 aa  51.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  25.51 
 
 		 272 aa  51.2  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  29.59 
 
 		 285 aa  51.2  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  26.26 
 
 		 271 aa  50.4  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  24.18 
 
 		 248 aa  50.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  26.73 
 
 		 240 aa  49.7  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000257088  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1699  TPR repeat-containing protein  28.52 
 
 		 409 aa  49.7  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.52405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  23.44 
 
 		 4079 aa  49.3  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  25 
 
 		 241 aa  49.3  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  28.12 
 
 		 261 aa  48.9  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  29.79 
 
 		 259 aa  48.5  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  28.72 
 
 		 274 aa  48.9  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 		 261 aa  48.9  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0901  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 409 aa  48.9  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 242 aa  48.9  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 		 257 aa  48.5  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  25.77 
 
 		 254 aa  48.1  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  26.26 
 
 		 271 aa  48.5  0.0007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1484  soluble lytic murein transglycosylase, putative  22.12 
 
 		 747 aa  48.1  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180895  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  24.77 
 
 		 276 aa  47.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  26.67 
 
 		 250 aa  47.8  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000582291  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  26.67 
 
 		 250 aa  47.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000167584  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  26.67 
 
 		 250 aa  47.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 249 aa  47.4  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000756054  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  41.07 
 
 		 243 aa  47.8  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  25.47 
 
 		 249 aa  47.8  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 		 274 aa  47.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  26.67 
 
 		 249 aa  47.4  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000201827  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 249 aa  47.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  30.34 
 
 		 272 aa  47.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  26.67 
 
 		 249 aa  47.4  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000911459  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  30.34 
 
 		 272 aa  47.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3586  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  20.93 
 
 		 1077 aa  47  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  26.67 
 
 		 250 aa  47  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  26.81 
 
 		 260 aa  47  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  32.58 
 
 		 243 aa  46.6  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  24.49 
 
 		 268 aa  47  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  28.43 
 
 		 304 aa  46.2  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  24.51 
 
 		 565 aa  46.2  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 265 aa  46.2  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0195  TPR repeat-containing protein  21.86 
 
 		 931 aa  45.8  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2055  DNA uptake lipoprotein-like protein  28.44 
 
 		 255 aa  45.8  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000188643  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  21.1 
 
 		 543 aa  45.8  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1464  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.9 
 
 		 296 aa  45.8  0.004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.111167  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  24.04 
 
 		 242 aa  45.4  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  21.95 
 
 		 285 aa  45.4  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  23.76 
 
 		 245 aa  45.4  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  24.77 
 
 		 268 aa  45.4  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 264 aa  45.4  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  26.6 
 
 		 271 aa  45.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  26 
 
 		 312 aa  45.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  26.6 
 
 		 268 aa  45.1  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  30.36 
 
 		 255 aa  44.7  0.008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0915  TPR repeat-containing protein  25.39 
 
 		 324 aa  44.7  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051049 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>