217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2084 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  100 
 
 		 254 aa  508  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  60.9 
 
 		 261 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  64.5 
 
 		 245 aa  297  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  61 
 
 		 241 aa  291  5e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  60.55 
 
 		 240 aa  290  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000257088  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  60.94 
 
 		 250 aa  287  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  60.55 
 
 		 249 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000911459  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  60.55 
 
 		 249 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000201827  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  60.55 
 
 		 249 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000756054  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  60 
 
 		 242 aa  279  3e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  60.94 
 
 		 250 aa  278  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  59.77 
 
 		 249 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2729  tol-pal system protein YbgF  59.22 
 
 		 243 aa  276  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000699161  hitchhiker  0.0000235132 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  61.72 
 
 		 250 aa  274  8e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000582291  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  61.72 
 
 		 250 aa  274  8e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000167584  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  58.98 
 
 		 249 aa  274  8e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  39.43 
 
 		 263 aa  181  7e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  38.79 
 
 		 251 aa  175  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  36.98 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  38.13 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  38.13 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  38.13 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  40.87 
 
 		 263 aa  168  9e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  40.48 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  40.48 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  40.48 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  40.48 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  40.48 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  40.48 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  40.48 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  40.48 
 
 		 263 aa  165  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  40.08 
 
 		 262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  40.68 
 
 		 254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610917  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  40.08 
 
 		 262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  39.66 
 
 		 262 aa  161  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  39.66 
 
 		 262 aa  161  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  39.58 
 
 		 258 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  39.68 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  40.25 
 
 		 258 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  39.27 
 
 		 264 aa  159  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  40.08 
 
 		 262 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  38.08 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  38.46 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  38.02 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  42.5 
 
 		 188 aa  148  8e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  38.71 
 
 		 250 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  34.88 
 
 		 265 aa  124  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02682  Tetratricopeptide TPR_2  42.35 
 
 		 176 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000113893  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  34.26 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  33.93 
 
 		 322 aa  106  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  37.5 
 
 		 273 aa  105  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  29.13 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  33.19 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  33.01 
 
 		 270 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  33.17 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  29.26 
 
 		 257 aa  99.4  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  34.65 
 
 		 248 aa  99  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  35.47 
 
 		 272 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  32.59 
 
 		 249 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  31.92 
 
 		 249 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  30.88 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  29.72 
 
 		 243 aa  94.4  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  31.47 
 
 		 254 aa  92.8  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  40.68 
 
 		 271 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  40.68 
 
 		 268 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  39.83 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  29.91 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  39.83 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  33.98 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  33.98 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  29.95 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  29.95 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  29.95 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  30.05 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  30.05 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  30.05 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  30.05 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  30.05 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  30.05 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  30.05 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  29.03 
 
 		 249 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  28.69 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  25.94 
 
 		 271 aa  85.9  6e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  30.05 
 
 		 249 aa  85.1  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  28.46 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  25.56 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  36.89 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  31.15 
 
 		 268 aa  83.6  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  24.23 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  28.08 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  35.04 
 
 		 487 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  27.93 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  24.23 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  27.23 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  28.26 
 
 		 269 aa  79.7  0.00000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 265 aa  78.6  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  30.59 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  35.45 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  29.49 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  38.46 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>