111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0006 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0006  hypothetical protein  100 
 
 		 283 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000521994  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4492  TPR repeat-containing protein  28.18 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365477 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4481  hypothetical protein  29.71 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4500  hypothetical protein  29.14 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4345  hypothetical protein  29.14 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  29.46 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0551  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.88 
 
 		 1001 aa  55.8  0.0000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.874554  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1172  Tetratricopeptide domain protein  23.46 
 
 		 1005 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1517  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.81 
 
 		 1000 aa  54.7  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261003  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  27.08 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  24.35 
 
 		 573 aa  53.5  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  30.28 
 
 		 255 aa  53.1  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 248 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  33.75 
 
 		 275 aa  52.8  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  27.78 
 
 		 272 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  33.82 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  23.64 
 
 		 243 aa  52  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  34.78 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  28.21 
 
 		 269 aa  51.6  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  28.4 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  27.36 
 
 		 249 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  31.25 
 
 		 278 aa  50.8  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  26.73 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  22.82 
 
 		 262 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 270 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  29.63 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  32.84 
 
 		 283 aa  49.7  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 252 aa  49.3  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  24.53 
 
 		 249 aa  48.9  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  25.85 
 
 		 232 aa  49.3  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  24.24 
 
 		 268 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  29.31 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  34.85 
 
 		 287 aa  48.9  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  23.79 
 
 		 573 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  24.24 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  26.47 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  26.47 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  24.24 
 
 		 268 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  26.47 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  24.24 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  28.57 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  27.38 
 
 		 263 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  28.57 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  26.73 
 
 		 274 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 312 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  26.35 
 
 		 261 aa  47.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  25.17 
 
 		 239 aa  47.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  26.35 
 
 		 261 aa  47.4  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  27.68 
 
 		 249 aa  47.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  24.76 
 
 		 261 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  25.58 
 
 		 285 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  24.76 
 
 		 261 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5521  Tetratricopeptide repeat protein  26.09 
 
 		 607 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0375374  normal  0.605341 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  26.79 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  26.79 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  26.79 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  26.79 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  26.79 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  24.53 
 
 		 252 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  26.79 
 
 		 234 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  26.83 
 
 		 264 aa  46.2  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  26.83 
 
 		 266 aa  45.8  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  26.23 
 
 		 279 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  22.32 
 
 		 252 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  25.69 
 
 		 268 aa  45.4  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  25.93 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  26.73 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  30.36 
 
 		 267 aa  45.4  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  25.93 
 
 		 258 aa  45.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  22.04 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2038  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 1024 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.144797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  24.78 
 
 		 248 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  24.24 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1710  ComL family lipoprotein  24.56 
 
 		 258 aa  43.9  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00105287  normal  0.877489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2643  TPR repeat-containing protein  22.47 
 
 		 246 aa  43.9  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  26.02 
 
 		 249 aa  43.9  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.69 
 
 		 566 aa  43.9  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  29.76 
 
 		 248 aa  43.9  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  27.93 
 
 		 279 aa  43.5  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2960  cellulose binding, type IV  31.75 
 
 		 952 aa  43.5  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  26.47 
 
 		 377 aa  43.5  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  30.88 
 
 		 325 aa  43.5  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  26.32 
 
 		 249 aa  43.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3586  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.51 
 
 		 1077 aa  43.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  24.24 
 
 		 274 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>