225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3584 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 283 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  94.7 
 
 		 283 aa  550  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  53.15 
 
 		 275 aa  305  4.0000000000000004e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  50.55 
 
 		 271 aa  281  1e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  48.79 
 
 		 278 aa  276  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  44.76 
 
 		 271 aa  241  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  41.76 
 
 		 272 aa  219  5e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  36.19 
 
 		 266 aa  136  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  44.35 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  32.42 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  42.61 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  28.31 
 
 		 267 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  28.44 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  42.11 
 
 		 258 aa  99.4  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  28.44 
 
 		 255 aa  96.3  5e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  27.75 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 257 aa  92.8  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  29.52 
 
 		 262 aa  92  9e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  35 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  37.17 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  37.04 
 
 		 377 aa  89.4  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  36.28 
 
 		 265 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  37.61 
 
 		 343 aa  88.6  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  30.41 
 
 		 222 aa  87.8  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  27.38 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  38.05 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.56 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  35.4 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 325 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  27.56 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  30.73 
 
 		 243 aa  85.5  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  35.34 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  26.34 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  33.61 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  24.69 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  26.29 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  35.14 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  34.21 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  32.74 
 
 		 271 aa  82  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  35.25 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  35.59 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  33.91 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  32.74 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  33.63 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  39.36 
 
 		 487 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  24.45 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  34.51 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  33.63 
 
 		 285 aa  78.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  25.24 
 
 		 265 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  28.35 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  37.23 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  32.03 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  31.9 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  31.53 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  33.63 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  30.84 
 
 		 269 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  22.27 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  30.84 
 
 		 269 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  34.34 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  30.84 
 
 		 269 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  25.38 
 
 		 253 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  26.64 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  26.21 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  32.71 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  28.23 
 
 		 488 aa  73.9  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  32.98 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  28.23 
 
 		 488 aa  73.9  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  34.04 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  30.63 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  24.44 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2219  tetratricopeptide domain-containing protein  35.09 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85463  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  34.34 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  31.86 
 
 		 333 aa  72.4  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  34.34 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  24.34 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  29.06 
 
 		 350 aa  71.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  33.63 
 
 		 269 aa  72  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  28.23 
 
 		 505 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  33.02 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  25.35 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  31.71 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  30.63 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  26.15 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  30.63 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  30.63 
 
 		 270 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  30.63 
 
 		 272 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>