190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0388 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 325 aa  660    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  35.29 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 		 335 aa  142  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  30.54 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  50.42 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  44.04 
 
 		 258 aa  98.6  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  40 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  35.53 
 
 		 278 aa  94  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  40.74 
 
 		 267 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  38.26 
 
 		 264 aa  90.1  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 283 aa  86.3  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  36.61 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  35.4 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  33.57 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  31.37 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  36.21 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  34.82 
 
 		 267 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  35 
 
 		 275 aa  79  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  35.9 
 
 		 255 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  34.85 
 
 		 266 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  38.94 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  29.9 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  32.82 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.07 
 
 		 236 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  34.55 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  35.92 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  36.54 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  36.54 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  35.04 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  34.23 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  34.17 
 
 		 272 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  30.65 
 
 		 348 aa  70.5  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  23.94 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  33.05 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  26.19 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  33.61 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  33.61 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  33.61 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  33.94 
 
 		 339 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  29.37 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.52 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  34.51 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  35.35 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  31.62 
 
 		 343 aa  65.9  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  30 
 
 		 248 aa  65.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  31.73 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  30.51 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  28.64 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  34.62 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  33.96 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  30.56 
 
 		 341 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 		 336 aa  63.9  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  30.83 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  32.43 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  31.78 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  32.99 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3402  Tol-Pal system YbgF  35.35 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.517203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  30.43 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 257 aa  62.4  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  23.27 
 
 		 262 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  28.05 
 
 		 285 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  28.26 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  31.73 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  27.61 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  31.73 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  31.73 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  32.67 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  27.83 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  31.3 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  30 
 
 		 329 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  27.12 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  29.63 
 
 		 245 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  27.27 
 
 		 258 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1108  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.49 
 
 		 272 aa  58.9  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.866947  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  30 
 
 		 345 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  26.09 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  29.81 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  35.16 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  30.69 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  28.7 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>